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万見
- PDB-5f2b: Expanding Nature's Catalytic Repertoire -Directed Evolution of an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f2b
タイトルExpanding Nature's Catalytic Repertoire -Directed Evolution of an Artificial Metalloenzyme for In Vivo Metathesis
要素Streptavidin
キーワードbiotin-binding protein / beta barrel / metathesis / organometallic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / : / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / : / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9RU / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Heinisch, T. / Jeschek, M. / Reuter, R. / Trindler, C. / Panke, S. / Ward, T.R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Directed evolution of artificial metalloenzymes for in vivo metathesis.
著者: Jeschek, M. / Reuter, R. / Heinisch, T. / Trindler, C. / Klehr, J. / Panke, S. / Ward, T.R.
履歴
登録2015年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年10月5日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4143
ポリマ－16,5981
非ポリマー8162
水99155
1
A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,65512
ポリマ－66,3924
非ポリマー3,2638
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.465, 57.465, 173.564
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-323-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Streptavidin


分子量: 16598.053 Da / 分子数: 1 / 変異: V47A,N49K,T114Q,A119G,K121R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-9RU / [1-[4-[[5-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]methyl]-2,6-dimethyl-phenyl]-3-(2,4,6-trimethylphenyl)-4,5-dihydroimidazol-1-ium-2-yl]-bis(chloranyl)ruthenium


分子量: 719.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H41Cl2N5O2RuS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→54.553 Å / Num. obs: 16547 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 208507 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.7-1.73132.0181.3109008370.5090.577100
9-40.779.80.06135.214871510.9970.01999.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.03 Å40.77 Å
Translation5.03 Å40.77 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.15データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QCB

2qcb


解像度: 1.7→54.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.2017 / WRfactor Rwork: 0.1378 / FOM work R set: 0.7593 / SU B: 5.793 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.098 / SU Rfree: 0.0905 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2058 760 4.6 %RANDOM
Rwork0.1437 ---
obs0.1465 15764 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 168.39 Å2 / Biso mean: 37.888 Å2 / Biso min: 19.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.32 Å20 Å20 Å2
2---2.32 Å20 Å2
3---4.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→54.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数915 0 53 55 1023
Biso mean--38.27 53.54 -
残基数----122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.02994
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.621.9531361
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.32231884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4585121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.32723.65941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.99915129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.942155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.063.381487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.9633.375486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.3625.063607
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.45231814
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free65.16515
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded25.53951833
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 67 -
Rwork0.275 1119 -
all-1186 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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