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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5etl | ||||||
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タイトル | E. coli 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase complexed with AMPCPP and inhibitor at 1.82 angstrom resolution | ||||||
![]() | 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / inhibitor / complex / ampcpp / pyrophosphokinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dennis, M.L. / Peat, T.S. / Swarbrick, J.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for the Selective Binding of Inhibitors to 6-Hydroxymethyl-7,8-dihydropterin Pyrophosphokinase from Staphylococcus aureus and Escherichia coli. 著者: Dennis, M.L. / Pitcher, N.P. / Lee, M.D. / DeBono, A.J. / Wang, Z.C. / Harjani, J.R. / Rahmani, R. / Cleary, B. / Peat, T.S. / Baell, J.B. / Swarbrick, J.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18312.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Loop 3 residues 86-91 left unmodelled due to poor density. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P26281, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-ATP / #4: 化合物 | ChemComp-5RV / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.89 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.55 詳細: PROTEIN 6.6 MG/ML 1 MM AMPCPP, 1 MM INHIBITOR, 2 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 22% w/v PEG4000, 0.1 M SODIUM HEPES, 0.208 M CALCIUM CHLORIDE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→45.81 Å / Num. obs: 54352 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.86 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 95.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5ETK 解像度: 1.82→45.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.358 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.82→45.81 Å
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拘束条件 |
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