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- PDB-5ecx: Klebsiella pneumoniae DfrA1 complexed with NADPH and 6-ethyl-5-(3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ecx
タイトルKlebsiella pneumoniae DfrA1 complexed with NADPH and 6-ethyl-5-(3-(6-(pyridin-4-yl)benzo[d][1,3]dioxol-4-yl)but-1-yn-1-yl)pyrimidine-2,4-diamine
要素Dehydrofolate reductase type I
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE Inhibitor / Antifolates / dfrA1 / plasmid borne resistance / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine biosynthetic process / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5N1 / GLYOXYLIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lombardo, M.N. / Anderson, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI104841 米国
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of Trimethoprim-Resistant DfrA1 Rationalize Potent Inhibition by Propargyl-Linked Antifolates.
著者: Lombardo, M.N. / G-Dayanandan, N. / Wright, D.L. / Anderson, A.C.
履歴
登録2015年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Data collection
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehydrofolate reductase type I
B: Dehydrofolate reductase type I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6128
ポリマ－35,1842
非ポリマー2,4286
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.070, 76.070, 113.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dehydrofolate reductase type I / DfrA1 / Dihydrofolate reductase


分子量: 17592.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: dfrA1 / プラスミド: pET-41a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / Variant (発現宿主): De3 / 参照: UniProt: A4GRC7

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非ポリマー , 5種, 80分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-5N1 / 6-ethyl-5-[(3~{S})-3-(6-pyridin-4-yl-1,3-benzodioxol-4-yl)but-1-ynyl]pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 387.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21N5O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸


分子量: 74.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.52 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20 mM imidazole, 300 mM calcium chloride and 15 % PEG 6,000
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→38.04 Å / Num. obs: 28273 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル最高解像度: 1.95 Å / 冗長度: 5.45 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化解像度: 1.95→38.035 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2656 1983 7.01 %
Rwork0.2154 --
obs0.2188 28273 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.035 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2482 0 165 74 2721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082779
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2513801
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7591047
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.99880.33331420.2991853X-RAY DIFFRACTION100
1.9988-2.05280.33051420.29371857X-RAY DIFFRACTION100
2.0528-2.11320.34371390.26891853X-RAY DIFFRACTION100
2.1132-2.18140.34791410.26421856X-RAY DIFFRACTION100
2.1814-2.25940.34511370.26591849X-RAY DIFFRACTION100
2.2594-2.34980.35891420.25821857X-RAY DIFFRACTION100
2.3498-2.45680.39441430.27321887X-RAY DIFFRACTION100
2.4568-2.58620.33691440.2821859X-RAY DIFFRACTION100
2.5862-2.74820.35181420.28131864X-RAY DIFFRACTION100
2.7482-2.96040.33441430.25591880X-RAY DIFFRACTION99
2.9604-3.25810.31531420.23581880X-RAY DIFFRACTION100
3.2581-3.72920.21891400.21221890X-RAY DIFFRACTION99
3.7292-4.69710.19921440.16551903X-RAY DIFFRACTION99
4.6971-38.04220.21961420.18112002X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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