PDB-5ebk: Trypanothione reductase in complex with 6-(sec-butoxy)-2-((3-chlo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ebk

タイトル

Trypanothione reductase in complex with 6-(sec-butoxy)-2-((3-chlorophenyl)thio)pyrimidin-4-amine

要素

Trypanothione reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

trypanothione-disulfide reductase / trypanothione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.51 Å

データ登録者

Ilari, A. / Angiulli, G.

引用

ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2017
タイトル: Inhibition of Leishmania infantum trypanothione reductase by diaryl sulfide derivatives.
著者: Saccoliti, F. / Angiulli, G. / Pupo, G. / Pescatori, L. / Madia, V.N. / Messore, A. / Colotti, G. / Fiorillo, A. / Scipione, L. / Gramiccia, M. / Di Muccio, T. / Di Santo, R. / Costi, R. / Ilari, A.

履歴

登録	2015年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ebk.cif.gz	395.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ebk.ent.gz	327.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ebk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/5ebk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/5ebk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2jk6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1feb-d 1tyt-d 2jk6-d 1aog-d 1nda-2 2wp6-1 1fea-2 2yau-d 1nda-1 1bzl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Trypanothione reductase

B: Trypanothione reductase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.500, 102.500, 192.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 10 - 480 / Label seq-ID: 30 - 500

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.000465, -0.999998, -0.001705), (-0.999995, -0.000471, 0.003282), (-0.003283, 0.001703, -0.999993)	51.16506, 51.23015, -0.0418

#1: タンパク質	Trypanothione reductase 分子量: 55257.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sandfly 由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア) 遺伝子: TRYR, LINJ_05_0350 / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4HSF7, trypanothione-disulfide reductase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-RDS / 6-sec-Butoxy-2-[(3-chlorophenyl)sulfanyl]-4-pyrimidinamine 分子量: 309.814 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₆ClN₃OS
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.58 Å³/Da / Density meas: 2017200 Mg/m³ / 溶媒含有率: 73.2 % / 解説: Small diamond-shaped yellow crystals
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Ammonium sulphate, Lithium sulphate, Tris HCl / PH範囲: 7.5 - 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.543
1	1	-H, K, -L	2	0.457

反射

解像度: 3.51→48.15 Å / Num. all: 24914 / Num. obs: 127631 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.12 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 8.16

反射シェル

解像度: 3.51→3.72 Å / 冗長度: 5.04 % / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2jk6

2jk6

解像度: 3.51→48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 40.928 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23324	1261	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20821	-	-	-
obs	0.20951	23650	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 112.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.95 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-8.95 Å²	-0 Å²
3-	-	-	17.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.51→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7366	0	251	0	7617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	7783
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7278
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.427	1.947	10553
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.061	2.97	16753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.559	5	971
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.642	24.331	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.447	15	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.716	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.572	5.687	3897
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.557	5.681	3893
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.696	8.51	4859
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.695	8.51	4860
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.721	6.264	3886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.707	6.261	3883
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.993	9.324	5689
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.527	50.235	8713
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.527	50.243	8714
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
4224	loose positional	0.02	5
2758	tight thermal	6.42	0.5
4224	loose thermal	6.8	10

LS精密化シェル

解像度: 3.499→3.589 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	95	-
R_work	0.365	1666	-
obs	-	-	95.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0082	4.9438	-0.4407	8.8744	2.8063	4.2421	0.2768	0.0455	0.406	0.2736	-0.1615	0.2469	-0.1789	-0.3591	-0.1153	0.5267	0.0906	-0.0052	0.6926	0.1561	0.5144	-12.6246	25.8127	21.0391
2	2.4858	-0.8854	-4.3355	0.4037	1.6082	7.6291	-0.127	0.2613	0.0956	0.1527	0.1517	0.0576	0.408	-0.3426	-0.0247	0.6315	0.0477	0.0316	0.6964	0.1359	0.5053	2.9034	15.5891	9.2076
3	10.4171	10.7071	-2.1239	11.2744	-3.1149	4.2134	-0.6522	0.4507	-0.7866	-0.9625	0.4129	-0.8072	0.8882	0.3734	0.2392	0.5983	0.1415	0.0757	0.5933	-0.0274	0.4248	27.4535	18.8203	-2.5261
4	8.6905	-8.0231	-9.558	13.0857	9.73	17.3307	-0.3302	-0.6897	-0.0371	0.5645	0.4723	-0.3957	0.6377	0.3168	-0.1421	0.5658	-0.0239	0.0161	0.474	0.0449	0.4883	8.8314	16.1361	15.6913
5	5.9886	0.0205	0.1321	3.7142	-0.3895	4.9682	0.1498	0.1365	0.1926	-0.0416	0.0183	0.0118	0.3751	-0.1461	-0.1681	0.5379	0.0198	0.021	0.6321	0.1372	0.1955	-12.3475	15.6548	20.3322
6	4.2993	3.4921	-1.1573	13.3148	-1.8936	6.1896	-0.151	0.1249	0.2146	-0.2366	0.1945	0.6492	0.5054	-0.1294	-0.0435	0.4181	0.0321	-0.0756	0.7113	0.0977	0.2676	-17.1248	12.4816	16.39
7	1.8975	-3.1619	1.1096	5.3182	-1.5533	5.1153	-0.0277	-0.0209	-0.0104	0.128	-0.0373	-0.0588	0.3348	-0.4812	0.0651	0.7236	-0.0777	0.0433	0.6866	0.0046	0.2974	3.2956	8.0988	-4.4683
8	6.047	-4.6904	2.0644	5.8738	-2.0771	5.7462	-0.3359	0.2763	0.0233	-0.3936	0.2358	-0.2977	0.0379	-0.4664	0.1001	0.5937	0.0069	0.0465	0.5676	-0.0254	0.2644	8.8536	19.604	-12.6663
9	3.3662	1.5184	-1.5826	11.0262	-2.3541	1.0583	0.3126	0.5121	-0.3964	-0.1936	-0.4128	-0.0807	0.0809	-0.1341	0.1003	0.8732	-0.1014	-0.0119	0.7643	-0.1008	0.4009	6.7045	9.909	-16.973
10	2.0764	-0.3589	0.4975	1.9414	3.3425	6.535	0.1658	-0.1209	-0.9588	0.1024	0.1374	0.1958	0.492	-0.0068	-0.3033	0.8882	-0.1988	0.0041	0.502	0.1226	0.6947	4.1534	4.4365	-11.882
11	4.4898	-1.8958	-2.0648	10.6109	-6.5848	7.1043	0.1625	0.9456	-0.337	-0.3888	-0.0453	1.0789	0.3096	-0.5887	-0.1171	0.4346	-0.007	-0.0374	0.9711	0.1033	0.5409	-20.5193	20.0643	3.9037
12	6.6903	0.4871	0.1498	0.1914	-0.6348	2.7603	0.183	0.1609	0.9955	-0.0505	0.0653	0.1585	0.0807	-0.0702	-0.2483	0.6694	0.0779	-0.0319	0.8832	0.2574	0.6107	-12.9172	28.2364	7.6139
13	2.3021	-0.3711	-3.3968	0.331	-0.3006	8.0766	0.4398	0.1381	0.0432	-0.1242	0.0312	0.266	-0.4937	-0.3724	-0.471	0.5178	-0.0201	-0.0522	0.5409	-0.0336	0.7672	-2.8898	33.8596	-0.2079
14	16.0788	4.6481	0.5338	3.1518	-1.8138	3.0443	-0.5695	0.2181	0.1008	-0.136	0.4486	0.5381	-0.3354	-0.3938	0.1209	0.5914	0.1114	-0.1173	0.7138	0.0409	0.6874	-3.4424	41.5596	-18.1029
15	26.3088	-14.5727	15.0571	8.4605	-8.1371	12.0926	-0.4048	0.2216	0.9408	-0.2194	0.2588	-0.5733	-0.8035	0.091	0.1459	0.7986	-0.1465	0.0833	0.6837	0.049	0.5714	24.6093	33.9325	-12.9949
16	15.7848	-14.1117	2.1679	16.3207	0.1964	3.0913	-0.188	-0.0466	0.3473	-0.2445	0.235	0.0432	-0.0778	-0.3482	-0.047	0.5865	-0.0327	-0.0047	0.5677	0.0924	0.5241	6.5765	40.559	-14.4629
17	9.3226	0.6703	-1.0219	9.39	2.282	5.1392	-0.0799	0.3019	0.2978	0.2272	-0.138	0.6478	-0.4984	0.0389	0.2179	0.4493	0.0442	0.0232	0.5203	0.0434	0.5145	5.6713	39.009	-5.056
18	16.2815	2.1923	-2.7621	7.0579	5.8316	25.7438	-0.2036	-0.4994	1.114	-0.0845	0.874	1.2342	-0.4135	-2.3407	-0.6704	0.4918	0.2368	-0.0075	0.7944	0.2335	0.823	-0.9176	48.831	-4.7597
19	12.3031	3.0317	7.7825	0.772	1.9547	5.0152	0.0413	0.4076	0.24	-0.1139	0.002	0.0206	-0.1879	0.1844	-0.0433	0.9364	0.1174	0.1476	0.6671	0.137	0.5822	13.5303	48.3348	-7.2348
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33	8.2398	-2.8749	-1.1795	5.5093	-1.396	8.2734	0.1155	-0.5774	0.7537	1.1994	-0.3103	-0.3811	-1.1901	0.6349	0.1948	0.8968	-0.0562	-0.0031	0.3243	-0.104	0.3963	32.1244	71.5743	-3.4755
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39	5.3333	5.2141	7.1991	10.2749	5.5948	10.1597	-0.2136	-0.654	0.1119	0.6601	0.2021	0.7371	-0.3617	-1.0655	0.0116	0.7831	0.0513	0.2733	0.8114	0.0501	0.5776	3.5822	36.285	7.4799
40	7.0895	-1.5935	-3.2237	13.3325	-1.0678	1.7203	0.2075	-0.6442	0.475	0.6636	0.016	0.333	-0.1863	0.2556	-0.2235	0.6348	0.1523	0.085	0.7759	-0.2014	0.5611	5.4287	51.068	24.9852

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	33 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	68 - 95
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	96 - 111
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	112 - 139
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	140 - 160
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	161 - 198
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	199 - 242
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	243 - 260
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	261 - 290
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	291 - 317
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	318 - 349
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	350 - 378
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	379 - 394
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	395 - 407
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	408 - 422
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	423 - 445
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	446 - 451
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	452 - 470
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	471 - 486
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	2 - 26
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	27 - 42
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	43 - 72
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	73 - 86
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	87 - 96
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	97 - 117
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	118 - 139
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	140 - 155
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	156 - 181
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	182 - 211
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	212 - 246
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	247 - 290
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	291 - 314
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	315 - 349
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	350 - 367
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	368 - 387
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	388 - 428
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	429 - 454
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	455 - 471
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	472 - 488

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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