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- PDB-5e1x: Crystal structure of the organohalide sensing RdhR-CbdbA1625 tran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e1x
タイトルCrystal structure of the organohalide sensing RdhR-CbdbA1625 transcriptional regulator in the 3,4-dichlorophenol bound form
要素Transcriptional regulator, MarR family
キーワードTRANSCRIPTION / MarR transcriptional regulator / DNA binding / organohalide binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-dichlorophenol / Transcriptional regulator, MarR family / :
類似検索 - 構成要素
生物種Dehalococcoides mccartyi BTF08 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Quezada, C.P. / Dunstan, M.S. / Fisher, K. / Leys, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research CouncilDEHALORES206080 英国
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structures of RdhRCbdbA1625 provide insight into sensing of chloroaromatic compounds by MarR-type regulators
著者: Quezada, C.P. / Dunstan, M.S. / Fisher, K. / Leys, D.
履歴
登録2015年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, MarR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1792
ポリマ－21,0161
非ポリマー1631
水4,143230
1
A: Transcriptional regulator, MarR family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, MarR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3594
ポリマ－42,0332
非ポリマー3262
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area7790 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area17950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.140, 71.140, 87.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-484-

HOH

21A-486-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, MarR family


分子量: 21016.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dehalococcoides mccartyi BTF08 (バクテリア)
遺伝子: rdhR, btf_1489 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1R817, UniProt: A0A1I9GEQ7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-5JD / 3,4-dichlorophenol / 3,4-ジクロロフェノ-ル


分子量: 163.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4Cl2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystals formed in 0.1M Tris pH 7.5, 0.3M sodium acetate, 15% w/v PEG 4K were flash-cooled in liquid nitrogen by supplementing the mother liquor with 10% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→61.62 Å / Num. obs: 42515 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.46→1.69 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.074 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5E1W

5e1w


解像度: 1.46→61.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 0.958 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19352 2258 5 %RANDOM
Rwork0.17158 ---
obs0.17267 42515 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.537 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20.23 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.46→61.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1374 0 9 230 1613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0191654
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7741.9612258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9855212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.423.19472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.87315331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7041512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1720.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8511.967776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5752.937995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7412.283878
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.27418.5062807
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.462→1.5 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 161 -
Rwork0.234 3068 -
obs--99.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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