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- PDB-5dyd: Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain in Comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dyd
タイトルCrystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain in Complex with the Cyclofenil Derivative 4,4'-{[(3S)-3-(methylsulfanyl)cyclohexylidene]methanediyl}diphenol
要素
  • Estrogen receptor
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / transcription factor / ligand binding / protein-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / locomotor rhythm / mammary gland branching involved in pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / vagina development / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / regulation of lipid metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / 14-3-3 protein binding / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / steroid binding / nitric-oxide synthase regulator activity / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TBP-class protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / regulation of cellular response to insulin stimulus / ESR-mediated signaling / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / transcription corepressor binding / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of miRNA transcription / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / response to progesterone / nuclear receptor binding / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / circadian regulation of gene expression / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / transcription coactivator binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / beta-catenin binding / response to estrogen / RNA polymerase II transcription regulator complex / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Ovarian tumor domain proteases / Circadian Clock / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / HATs acetylate histones / ATPase binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / fibroblast proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5K1 / Estrogen receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.485 Å
データ登録者Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Cavett, V. / Nowak, J. / Houtman, R. ...Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Cavett, V. / Nowak, J. / Houtman, R. / Carlson, K.E. / Josan, J.S. / Elemento, O. / Katzenellenbogen, J.A. / Zhou, H.B. / Nettles, K.W.
引用ジャーナル: Mol.Syst.Biol. / 年: 2016
タイトル: Predictive features of ligand-specific signaling through the estrogen receptor.
著者: Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Nowak, J. / Wright, N.J. / Houtman, R. / Carlson, K.E. / Josan, J.S. / Elemento, O. / ...著者: Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Nowak, J. / Wright, N.J. / Houtman, R. / Carlson, K.E. / Josan, J.S. / Elemento, O. / Katzenellenbogen, J.A. / Zhou, H.B. / Nettles, K.W.
履歴
登録2015年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5866
ポリマ－61,9334
非ポリマー6532
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area18870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.044, 81.290, 58.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29299.535 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand-binding domain / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1666.943 Da / 分子数: 2 / 断片: Nuclear receptor-interacting peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-5K1 / 4,4'-{[(3S)-3-(methylsulfanyl)cyclohexylidene]methanediyl}diphenol


分子量: 326.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.34 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 15% PEG 3350, 0.05M MgCl2, 0.067M NaCl, 0.1M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月27日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube i-beam single crystal asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 16311 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 0.749 / Net I/av σ(I): 18.04 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 110124
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.546.30.7918070.43399.3
2.54-2.596.50.6888200.43399.3
2.59-2.646.60.5578160.43899.3
2.64-2.696.70.5348030.47697.9
2.69-2.756.40.4427890.4797.5
2.75-2.825.90.3938000.45394.6
2.82-2.896.60.3478070.47398.2
2.89-2.967.20.2768160.4899.3
2.96-3.057.20.2558240.52199.3
3.05-3.157.10.2178130.53499.6
3.15-3.2670.1898220.52899.9
3.26-3.3970.148240.62299.4
3.39-3.5570.1288140.67399.8
3.55-3.736.90.1058260.79199.6
3.73-3.976.50.0868020.94497.8
3.97-4.276.20.0828111.08996
4.27-4.77.20.0818131.12399.5
4.7-5.387.20.0778371.18799.3
5.38-6.786.80.0798241.06598.6
6.78-506.70.068432.1397.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1690精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B1V

2b1v


解像度: 2.485→46.121 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 1546 10.03 %
Rwork0.2037 --
obs0.2087 15415 92.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.485→46.121 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3604 0 46 34 3684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033725
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6565051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3041311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003623
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4854-2.56560.32771200.29421051X-RAY DIFFRACTION76
2.5656-2.65730.32781300.27731161X-RAY DIFFRACTION87
2.6573-2.76370.3451300.2611145X-RAY DIFFRACTION85
2.7637-2.88940.29131290.24911208X-RAY DIFFRACTION89
2.8894-3.04170.29821500.24921280X-RAY DIFFRACTION94
3.0417-3.23230.27551390.23371323X-RAY DIFFRACTION97
3.2323-3.48180.27481450.22791305X-RAY DIFFRACTION98
3.4818-3.8320.2561460.19341348X-RAY DIFFRACTION98
3.832-4.38610.2141490.1711318X-RAY DIFFRACTION97
4.3861-5.52460.24591530.18051357X-RAY DIFFRACTION99
5.5246-46.12920.22611550.18071373X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0899-3.03221.25843.717-0.24541.67040.88521.60830.5752-1.4593-0.72870.1161-0.9742-1.2521-0.35630.90590.4472-0.06071.18740.17180.57440.698417.432-5.5958
29.7945-5.04490.29359.0316-0.68292.69750.45381.0415-0.2681-0.2898-0.6828-0.9663-0.53930.36790.51940.57280.1040.08980.648-0.04230.528419.4201-2.46-6.8728
36.2148-1.212-1.50385.72210.8987.70440.25070.25680.63740.0723-0.0217-0.4979-0.51130.1143-0.25710.37720.00510.08360.39490.02810.374216.83068.0162.1647
47.6302-0.3192-2.90896.72161.94257.9032-0.39620.3001-1.68710.67530.00130.38171.84610.26810.40060.9963-0.04790.26490.563-0.07930.645814.1497-10.88050.2237
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67.56340.5151-2.34275.8896-0.10463.36450.2120.22010.42-0.6243-0.26610.2401-0.8696-1.15120.14910.56840.22440.08740.79290.07530.3827-0.197911.47443.6819
74.9308-0.082-1.58952.86741.64985.6580.0491-0.3695-0.43380.1956-0.1923-0.14230.5766-0.08420.17370.5701-0.03620.06220.4340.05540.277612.69742.939610.5154
86.50020.83150.41494.51510.98268.19-0.1514-0.8691-0.12510.437-0.06350.14360.179-0.90830.17660.55570.11890.19210.3784-0.070.4968-3.50857.07436.0328
95.3375-0.02280.04774.12721.01438.553-0.8497-0.3195-0.91280.29240.37510.27451.0917-0.21670.23040.80640.02240.18740.4297-0.01610.47321.2247-1.334734.3644
104.09820.6066-2.77535.9816-0.10179.4135-0.0833-0.1907-0.06230.4862-0.14630.1410.2370.21320.05690.50550.04230.05740.44650.0110.27564.16386.8530.7585
116.16530.4342-1.59964.08951.04499.03410.35740.01990.35580.1201-0.0759-0.3052-1.13050.155-0.10420.6206-0.04340.07560.53060.00590.36334.151412.419125.6326
127.1617-4.5179-1.35116.86462.92986.92990.8984-0.3834-0.9649-2.17010.4635-0.43610.41330.8417-0.8261.46420.16490.23251.45610.28991.22440.151-11.527515.2671
138.2517-2.12340.69713.5826-0.34428.7278-0.11020.40390.1212-0.2237-0.17720.1956-0.1575-0.9480.22350.4233-0.02120.11960.4984-0.03230.2294-2.27556.856117.8227
142.51070.49182.33587.74630.57662.31930.21160.2218-1.52060.64630.7019-0.68110.01351.12840.0650.88560.18180.01770.81430.03110.999514.9875-5.612833.088
159.7041-2.1028-2.01572.1116-1.01081.98610.8482.18340.0432-0.4022-1.3139-0.2264-1.56570.59970.56380.864-0.00640.22691.00690.03511.049124.940317.89960.2808
163.7422-0.86255.1359.0984-0.82296.9272-0.8351-0.5841-1.58070.13680.10580.6051.8741-0.5674-0.59381.60230.00070.25720.65080.06160.80240.7158-12.631435.3337
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 306 through 321 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 322 through 338 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 339 through 394 )
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 308 through 340 )
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13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 472 through 529 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 530 through 548 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 688 through 696 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 688 through 696 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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