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- PDB-5dug: Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain in Comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dug
タイトルCrystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain in Complex with a Sulfoxide-bridged Oxabicyclic Heptene Sulfonate (SOBHS)-2 analog phenyl (1S,2S,4S,7S)-5,6-bis(4-hydroxy-2-methylphenyl)-7-thiabicyclo[2.2.1]hept-5-ene-2-sulfonate 7-oxide
要素
  • Estrogen receptor
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / transcription factor / ligand binding / protein-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / locomotor rhythm / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / aryl hydrocarbon receptor binding / androgen metabolic process / TFIIB-class transcription factor binding / regulation of lipid metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / steroid binding / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / regulation of cellular response to insulin stimulus / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / SUMOylation of transcription cofactors / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / negative regulation of miRNA transcription / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / stem cell differentiation / transcription coregulator binding / cellular response to estradiol stimulus / response to progesterone / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / circadian regulation of gene expression / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / euchromatin / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / transcription coactivator binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / beta-catenin binding / response to estrogen / RNA polymerase II transcription regulator complex / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / male gonad development / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of fibroblast proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / Circadian Clock / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / HATs acetylate histones / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5FV / Estrogen receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.252 Å
データ登録者Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Cavett, V. / Nowak, J. / Houtman, R. ...Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Cavett, V. / Nowak, J. / Houtman, R. / Carlson, K.E. / Josan, J.S. / Elemento, O. / Katzenellenbogen, J.A. / Zhou, H.B. / Nettles, K.W.
引用ジャーナル: Mol.Syst.Biol. / 年: 2016
タイトル: Predictive features of ligand-specific signaling through the estrogen receptor.
著者: Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Nowak, J. / Wright, N.J. / Houtman, R. / Carlson, K.E. / Josan, J.S. / Elemento, O. / ...著者: Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Nowak, J. / Wright, N.J. / Houtman, R. / Carlson, K.E. / Josan, J.S. / Elemento, O. / Katzenellenbogen, J.A. / Zhou, H.B. / Nettles, K.W.
履歴
登録2015年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9266
ポリマ－61,9334
非ポリマー9932
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.140, 82.146, 58.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 306:330 or resseq 336:458 or resseq 471:548 )
21chain B and (resseq 306:330 or resseq 336:458 or resseq 471:548 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUGLUGLUchain A and (resseq 306:330 or resseq 336:458 or resseq 471:548 )AA306 - 3309 - 33
12PROPROVALVALchain A and (resseq 306:330 or resseq 336:458 or resseq 471:548 )AA336 - 45839 - 161
13GLUGLUARGARGchain A and (resseq 306:330 or resseq 336:458 or resseq 471:548 )AA471 - 548174 - 251
21LEULEUGLUGLUchain B and (resseq 306:330 or resseq 336:458 or resseq 471:548 )BB306 - 3309 - 33
22PROPROVALVALchain B and (resseq 306:330 or resseq 336:458 or resseq 471:548 )BB336 - 45839 - 161
23GLUGLUARGARGchain B and (resseq 306:330 or resseq 336:458 or resseq 471:548 )BB471 - 548174 - 251

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29299.535 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand-binding domain / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1666.943 Da / 分子数: 2 / 断片: Nuclear receptor-interacting peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-5FV / phenyl (1S,2S,4S,7S)-5,6-bis(4-hydroxy-2-methylphenyl)-7-thiabicyclo[2.2.1]hept-5-ene-2-sulfonate 7-oxide


分子量: 496.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H24O6S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.35 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 15% PEG 3350, 0.05M MgCl2, 0.067M NaCl, 0.1M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月8日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube i-beam single crystal asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.252→50 Å / Num. obs: 22491 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.804 / Net I/av σ(I): 27.175 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 85500
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.27-2.313.80.32711111.25999.8
2.31-2.353.80.24211451.231100
2.35-2.43.80.22810991.33899.9
2.4-2.453.80.19811071.30499.9
2.45-2.53.80.17111091.35100
2.5-2.563.80.17611501.34100
2.56-2.623.80.14610931.374100
2.62-2.693.80.13511231.582100
2.69-2.773.80.1211131.44799.9
2.77-2.863.80.11111191.442100
2.86-2.963.80.09711281.65599.9
2.96-3.083.80.0911231.786100
3.08-3.223.80.08511411.949100
3.22-3.393.80.07411142.0699.9
3.39-3.63.80.07111272.4299.9
3.6-3.883.70.06311362.59399.9
3.88-4.273.80.05711122.62399.9
4.27-4.893.80.05711362.64399.9
4.89-6.163.70.05511422.268100
6.16-503.60.04611632.48699.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QA8

2qa8


解像度: 2.252→46.185 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 1937 8.91 %
Rwork0.189 19804 -
obs0.1929 21741 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.61 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 159.39 Å2 / Biso mean: 44.7113 Å2 / Biso min: 7.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1869 Å20 Å22.2935 Å2
2--1.3436 Å20 Å2
3----0.1567 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.252→46.185 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3804 0 68 138 4010
Biso mean--46.14 37.64 -
残基数----487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2825424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8151473
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1707X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
12B1707X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2523-2.30870.32481160.2341051116773
2.3087-2.37110.26461370.21691388152595
2.3711-2.44090.26161270.20791407153495
2.4409-2.51960.23291380.19361432157097
2.5196-2.60970.24621390.20311404154397
2.6097-2.71420.3171300.20971426155696
2.7142-2.83770.28591450.22081409155497
2.8377-2.98730.24221450.20451459160498
2.9873-3.17440.27191400.20811459159999
3.1744-3.41940.27731420.19141450159298
3.4194-3.76340.20681450.18031447159299
3.7634-4.30760.20281460.15861465161199
4.3076-5.42580.18271450.158914941639100
5.4258-46.19490.2151420.19581513165599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.56550.98110.78381.45860.59791.74570.2616-0.68030.50710.5657-0.2969-0.022-0.35340.59780.14260.2731-0.1287-0.0070.3779-0.0770.2135-4.8747-12.57386.6302
20.211-0.03370.07833.8332.78072.06410.9842-0.077-0.27470.4520.04220.07571.65750.1843-0.25271.0786-0.21920.06460.6144-0.28790.6138-26.3816-37.02417.845
36.21063.73361.57712.81032.20375.7127-0.1442-0.0082-0.2872-0.25670.1496-0.0903-0.0906-0.6038-0.05210.1485-0.05430.02280.20080.00910.1399-23.7072-27.82860.138
43.2395-0.28140.37214.5116-0.4643.08160.1588-0.21060.5120.2848-0.02680.0004-0.5886-0.0189-0.02310.24290.00250.06130.1641-0.03520.2437-13.2611-12.5236-3.3137
51.0148-1.53530.81632.3253-1.15431.15720.16020.0504-0.5286-0.1108-0.3285-0.30450.33480.2547-0.45590.37980.13650.01880.30650.14960.4488-5.4528-34.30422.4223
63.0542-1.2268-0.8913.2107-0.74793.4677-0.04340.1489-0.56740.11080.22820.16871.5015-0.2324-0.20620.4055-0.05140.03320.18740.04240.3547-16.6203-36.8003-1.5703
72.2662.58672.39034.96231.57996.21520.0829-0.0976-1.102-0.2066-0.039-0.28050.90480.2867-0.0370.29870.06470.01170.2025-0.01240.2848-5.4506-31.9473-6.1117
85.4313-0.74970.75415.7535-0.79835.7350.29230.23750.5946-0.149-0.4677-0.0935-0.44710.75840.16550.121-0.03490.05420.1567-0.04350.1283-4.6939-14.2733-5.4092
96.4977-1.13761.07080.5187-0.35114.47710.3833-0.17920.71540.1771-0.1987-0.1611-1.13150.92610.23340.0148-0.2116-0.11750.461-0.07610.16216.9742-11.8266-4.2833
103.52040.41570.08792.20610.41132.94280.2915-0.3028-0.4825-0.103-0.1788-0.2080.25170.3636-0.08790.15320.0009-0.02110.23370.01120.1576-1.2852-22.5094-10.6895
116.4082-0.34080.62192.83422.19513.41490.30820.8005-1.3310.6816-0.65640.20690.6727-1.06450.01030.2184-0.2919-0.19160.6175-0.14880.302-24.4232-26.7152-14.0522
126.79752.5019-2.49365.0999-1.06017.15750.2510.330.7722-0.2558-0.340.991-0.5537-0.4309-0.00280.0560.0259-0.10250.26690.0480.2582-26.3944-18.4169-8.6584
137.247-0.98643.07063.10.28344.68710.08890.0446-0.1946-0.1775-0.0075-0.56150.4861.1649-0.00250.30810.05990.07060.74290.03960.363812.2053-21.4257-30.4301
149.3435-2.2798-2.6122.70550.88333.9230.02270.2976-0.90860.4111-0.35310.3962-0.2001-0.029-0.64091.09510.03360.13141.41930.24850.5133-14.1581-10.6858-47.7797
151.30810.3340.22341.8257-0.69770.37980.03690.5214-0.0344-0.73440.30160.55720.2256-1.38430.02020.3972-0.0526-0.07830.8360.08710.2608-14.4494-18.9712-40.2374
165.82292.84751.15034.2150.51787.0336-0.3150.196-0.6268-0.79240.1306-0.76451.18090.5950.13340.38090.06530.09420.37850.00190.32652.2985-26.5002-35.3334
173.96850.5728-0.02722.67941.40642.88720.0627-0.0945-0.5474-0.158-0.3134-0.27140.63520.31640.08450.32980.08590.01570.28390.05150.21880.3582-25.8394-27.255
185.5395-1.8938-5.51414.39881.55276.64560.01241.0666-0.0348-0.6733-0.40460.1794-1.2679-0.77280.15540.35770.0301-0.04070.31580.03940.191-6.1081-7.8491-37.1236
195.5646-0.09160.55425.1837-0.49394.96120.04850.25150.1308-0.36590.19110.5751-0.7379-0.9725-0.14630.44640.1250.02030.46260.09030.2786-13.0587-9.2947-28.7873
204.6525-0.190.88468.1009-0.28285.1703-0.1495-0.13060.15230.15570.1522-0.00520.0740.6830.10940.22810.01380.00490.35320.00810.15044.4309-18.5856-21.969
212.9883.17611.046.82232.51894.6010.07620.08220.00210.1725-0.1084-0.77240.01721.5248-0.45570.2576-0.0691-0.01370.69040.05760.340112.8167-18.1364-14.9574
225.40831.47711.40341.48870.46226.76240.0258-0.18780.3274-0.0783-0.08220.1386-0.5140.15310.07890.23140.00490.01350.20920.00340.1606-2.0508-15.1556-17.2536
231.9632.86992.24335.8452.32084.2726-0.66221.03030.2-0.7264-0.28521.26220.344-1.91290.40450.3776-0.1516-0.08521.068-0.03570.4688-19.1179-24.0513-28.8933
248.5223-1.4191.36654.2685-0.47053.5036-0.3388-0.0835-0.3560.3153-0.12550.88080.3339-1.76670.31380.6335-0.16960.00230.6017-0.12380.5191-13.9637-30.2112-33.5024
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 305:329)A305 - 329
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 330:336)A330 - 336
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 337:356)A337 - 356
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 357:394)A357 - 394
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 395:400)A395 - 400
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 401:420)A401 - 420
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 421:439)A421 - 439
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 440:471)A440 - 471
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 472:501)A472 - 501
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 502:518)A502 - 518
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 519:533)A519 - 533
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 534:548)A534 - 548
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 305:329)B305 - 329
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 330:337)B330 - 337
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 338:351)B338 - 351
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 352:363)B352 - 363
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 364:396)B364 - 396
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 397:410)B397 - 410
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 411:435)B411 - 435
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 436:471)B436 - 471
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 472:501)B472 - 501
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 502:519)B502 - 519
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 520:531)B520 - 531
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 532:549)B532 - 549

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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