PDB-5dtk: Fragments bound to the OXA-48 beta-lactamase: Compound 17

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dtk

タイトル

Fragments bound to the OXA-48 beta-lactamase: Compound 17

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / inhibitor / complex / fragment / lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.60000241571 Å

データ登録者

Lund, B.A. / Christopeit, T. / Leiros, H.-K.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Screening and Design of Inhibitor Scaffolds for the Antibiotic Resistance Oxacillinase-48 (OXA-48) through Surface Plasmon Resonance Screening.
著者: Lund, B.A. / Christopeit, T. / Guttormsen, Y. / Bayer, A. / Leiros, H.K.

履歴

登録	2015年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5dtk_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
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CIF形式データ	5dtk_validation.cif.gz	75.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5dtsC 5dttC 5dvaC 3hbrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6p96-d 5oe2-1 5dts-4 5dva-2 4s2k-1 5dts-2 7ass-2 6v1o-2 4s2k-2 5haq-d 6q5b-1 4s2j-1 5oft-d 6uvk-2 5oe2-2 1389 6v1o-1 4s2p-d 5oe0-d 3hbr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

124 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	45.523, 124.310, 108.742
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.263, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 30439.725 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-5F3 / 3,5-di(pyridin-4-yl)benzoic acid / 3,5-ジ(4-ピリジニル)安息香酸分子量: 276.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₂N₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.82 % / 解説: Plate-like appearance, but some thickness.
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 8-12% PEG8000, 4% butanol / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.478→49.38 Å / Num. obs: 195258 / % possible obs: 98.02 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 16.0316230801 Å² / R_merge(I) obs: 0.08237 / Net I/σ(I): 9.67
反射シェル	解像度: 1.478→1.531 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 1.033 / Mean I/σ(I) obs: 0.82 / % possible all: 85.02

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
PHASER	2.5.6	位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HBR

3hbr

解像度: 1.60000241571→49.3793661959 Å / SU ML: 0.154609913625 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35792690821 / 位相誤差: 17.9583134376
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.172474668469	1687	1.07524140349 %	Random selection
R_work	0.145573684921	155208	-	-
obs	0.145862928729	156895	99.7799556095 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.0672524111 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.60000241571→49.3793661959 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7944	0	138	1279	9361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00844393936441	8457
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.949369669528	11456
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0579356964116	1189
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00651653492992	1568
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.5010754664	3141

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6471	0.322030110532	141	0.278456419957	12937	X-RAY DIFFRACTION	99.7254842153
1.6471-1.7003	0.241060486004	140	0.244764156075	12883	X-RAY DIFFRACTION	99.7778118296
1.7003-1.761	0.236345978984	140	0.211936093313	12883	X-RAY DIFFRACTION	99.5794463985
1.761-1.8315	0.234056009459	140	0.196058748265	12898	X-RAY DIFFRACTION	99.778066886
1.8315-1.9149	0.193495979964	140	0.169345927046	12893	X-RAY DIFFRACTION	99.8467785183
1.9149-2.0159	0.15979582995	140	0.148841610089	12897	X-RAY DIFFRACTION	99.8238897397
2.0159-2.1422	0.15797991237	141	0.133826901995	12970	X-RAY DIFFRACTION	99.7717068716
2.1422-2.3075	0.151218734852	141	0.125705282755	12900	X-RAY DIFFRACTION	99.8315853939
2.3075-2.5398	0.13477084961	141	0.123364616472	12965	X-RAY DIFFRACTION	99.9085226406
2.5398-2.9072	0.167280177682	140	0.125585748765	12924	X-RAY DIFFRACTION	99.85477337
2.9072-3.6626	0.175188561009	141	0.128856298588	12998	X-RAY DIFFRACTION	99.9011557178
3.6626-49.4029	0.152628556465	142	0.133110980872	13060	X-RAY DIFFRACTION	99.5625942685

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.77266133711	0.584189761321	-2.72192508902	2.73568934371	0.108428612963	3.85325731653	0.167626722112	-0.21005925841	0.272999510506	0.214248388379	-0.0494647453251	-0.11003284544	-0.303284071923	0.299172246146	-0.135889213519	0.155869909468	-0.0388921574786	-0.0230633873984	0.139566367183	-0.0223777605067	0.149482716145	9.47833341539	52.6371089231	164.032472669
2	0.477365785169	0.177402618694	-0.15960565735	0.995613470677	-0.00542194339853	1.10808311692	-0.0237737365846	0.0461455283953	-0.00224019526883	-0.0963460164345	-0.00253895838676	0.0935720330022	0.0571936339913	-0.0678454463495	0.0354906977422	0.145486736251	-0.00550375963736	-0.00178173986776	0.141737560584	-0.00231269155359	0.132837076915	-4.60335477064	37.2685559987	145.736802261
3	0.575109990815	0.390844884311	0.034874202169	1.79176869787	-0.503097057845	1.21408990867	0.0253366018047	-0.0297423852028	0.0447419740016	0.0983393081596	-0.000734710329937	0.185430323279	-0.0610890462412	-0.108651787585	-0.0117214486659	0.10988071403	0.00812921873475	0.0212345949953	0.130421969886	-0.00751832538691	0.140088713075	-6.8834036704	41.676618364	156.738508689
4	1.34340902065	0.592998027175	-0.754702917399	2.39317469009	-0.69850994145	2.17228233039	0.0624636214041	-0.0765452552469	-0.0207300606933	0.106548778257	-0.0773260919064	-0.136533549984	-0.00504304151795	0.199980241403	0.0141636844432	0.0830078389985	0.00136375929528	-0.00117519069369	0.107963576232	-0.00234077863351	0.106245920709	8.55112813919	42.1227961566	158.444699791
5	6.4240196465	-0.834551449483	-2.21831098625	3.55514225251	-0.0473457013855	3.76806621041	0.123379811986	0.168189334641	0.338162839917	-0.32796017569	-0.0332869187278	0.364357728813	-0.185764030723	-0.396880447074	-0.127733704518	0.199435396679	0.0301968107163	-0.0648593984496	0.158325377485	-0.000920195417318	0.206762118483	-5.43398884402	21.8711195184	104.158314927
6	1.95781833642	-1.43248229112	0.193177406468	2.81552806459	-0.20242720434	1.10708427549	-0.0167117674221	-0.0635978245056	0.00270875937151	0.248640465343	-0.00612636644189	0.0875004681441	0.0438123664403	-0.0248714207065	0.0390852056443	0.209800320826	-0.0166163190888	-0.00463146852576	0.124827479881	-0.025322812537	0.120295343428	4.28652323972	16.7474272438	119.389217742
7	2.62060336471	0.140188559277	-1.48180994403	0.934185959471	-0.64142446846	2.46215546158	-0.15067905412	-0.250485947144	0.11150529455	0.709120006374	0.0900059039855	0.149260968649	0.432695504375	-0.192480616302	0.0926188514785	0.469861934763	0.00384569314834	0.0574267754088	0.235487408014	0.00264753368434	0.163933751044	5.91017100485	-0.923555923279	129.863054958
8	0.625399797552	-0.391895592628	-0.0225373870097	1.71462765754	0.524662313149	1.33616854671	-0.0255060629206	-0.136334887251	-0.0273920288751	0.550834821019	-0.0105150062544	-0.019695891192	0.17704265848	0.0249723616451	0.0520811155891	0.306883068321	0.00826266133501	0.000506428084361	0.151116510873	-0.00398713730692	0.121963729904	7.43541134998	9.69445734935	126.753213519
9	0.793374249947	-0.348819057208	-0.0651156685781	1.92267243752	0.630677036162	1.16640077867	0.0253693906645	-0.00744628093163	0.0179475366786	0.0612722411398	-0.0623821104526	0.109141845453	0.0143596991351	-0.0946313338139	0.0446209365286	0.161813018047	-0.0162243398866	-0.00334938832697	0.1104576458	-0.00789022100951	0.114748953445	3.07279255867	12.3324139125	113.473300587
10	2.768589378	-0.366597714805	-1.27205091915	3.21414343887	-0.483000202063	7.95805957126	0.0647343786756	0.243689318722	-0.244981519647	-0.243717882722	-0.134444596923	0.443668989047	0.333697984993	-0.640517929073	0.0775650001297	0.152551416706	-0.0236923015167	-0.0461290973715	0.212198827591	-0.0715094033163	0.287016226771	-10.1910151667	11.7546050273	106.921287009
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23	3.56466625449	-1.90551242363	-0.884892106669	3.0033269696	-0.318936770448	4.13778216573	-0.00310253391331	-0.138520065428	0.154616166454	0.487892504473	-0.107691575003	-0.177556304563	-0.19874569235	0.145071015004	0.116424560884	0.287017848902	-0.038057087892	-0.00657362249378	0.131116939079	-0.000875132845866	0.123433033387	1.93485185763	26.4676773488	179.836839085
24	2.7071609341	1.02533798912	0.459731153663	2.7762986441	1.35554396116	2.84992466175	0.0829799150705	-0.114932707563	0.0339670008688	0.458540293482	-0.0629877694562	0.262797772033	-0.0490307962163	-0.252835406238	-0.0189964048027	0.268336496184	-0.0113013359258	0.0750636829365	0.144118382829	0.0280738826294	0.141192083696	-11.7439578263	15.1670728115	180.071217989
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26	2.54907953198	-0.140250080477	-0.456300514489	3.72653224075	0.538362464373	6.93379951432	0.0963142641409	0.0447254728629	0.0397707913608	0.0846560133088	-0.0309908001945	-0.319409302766	-0.144230265575	0.360680216729	-0.0631333076712	0.148165266591	-0.0167482753132	-0.00143007083583	0.180002725383	0.0624034014201	0.248613872534	15.7465608926	13.9667665866	164.916714931

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 58 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 155 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 156 through 194 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 195 through 265 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 23 through 58 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 59 through 82 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 83 through 102 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 103 through 155 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 156 through 243 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 244 through 265 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 23 through 58 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 59 through 82 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 83 through 102 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 103 through 119 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 120 through 141 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 142 through 194 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 195 through 243 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 244 through 265 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 23 through 38 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 39 through 58 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 59 through 82 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 83 through 102 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 103 through 119 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 120 through 141 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 142 through 243 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 244 through 265 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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