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万見
- PDB-5dri: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis malate synthase i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dri
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis malate synthase in complex with 2-hydroxy-4-(1H-indol-5-yl)-4-oxobut-2-enoic acid inhibitor
要素Malate synthase G
キーワードTRANSFERASE / Acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / glyoxylate catabolic process / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / coenzyme A metabolic process / glyoxylate cycle / fibronectin binding ...host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / glyoxylate catabolic process / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / coenzyme A metabolic process / glyoxylate cycle / fibronectin binding / tricarboxylic acid cycle / laminin binding / peptidoglycan-based cell wall / magnesium ion binding / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Malate synthase G / : / Malate synthase G, alpha-beta insertion domain / Malate synthase, domain III / Malate synthase, domain 3 / Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4 / Malate synthase / Malate synthase superfamily / Malate synthase, C-terminal superfamily / Malate synthase, N-terminal and TIM-barrel domains ...Malate synthase G / : / Malate synthase G, alpha-beta insertion domain / Malate synthase, domain III / Malate synthase, domain 3 / Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4 / Malate synthase / Malate synthase superfamily / Malate synthase, C-terminal superfamily / Malate synthase, N-terminal and TIM-barrel domains / : / : / Malate synthase, TIM barrel domain / Malate synthase, N-terminal domain / Malate synthase, C-terminal / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5EQ / Malate synthase G / Malate synthase G
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Krieger, I.V. / Huang, H.-L. / Sacchettini, J.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1024055 米国
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Mycobacterium tuberculosis Malate Synthase Structures with Fragments Reveal a Portal for Substrate/Product Exchange.
著者: Huang, H.L. / Krieger, I.V. / Parai, M.K. / Gawandi, V.B. / Sacchettini, J.C.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2003
タイトル: Biochemical and structural studies of malate synthase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Smith, C.V. / Huang, C.C. / Miczak, A. / Russell, D.G. / Sacchettini, J.C. / Honer zu Bentrup, K.
#2: ジャーナル: Chem. Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure-guided discovery of phenyl-diketo acids as potent inhibitors of M. tuberculosis malate synthase.
著者: Krieger, I.V. / Freundlich, J.S. / Gawandi, V.B. / Roberts, J.P. / Gawandi, V.B. / Sun, Q. / Owen, J.L. / Fraile, M.T. / Huss, S.I. / Lavandera, J.L. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2015年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22017年1月11日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate synthase G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7123
ポリマ－80,4571
非ポリマー2562
水7,656425
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.296, 79.296, 224.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Malate synthase G


分子量: 80456.734 Da / 分子数: 1 / 変異: C619A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: glcB, MRA_1848 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: A5U3K4, UniProt: P9WK17*PLUS, malate synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-5EQ / (2Z)-2-hydroxy-4-(1H-indol-5-yl)-4-oxobut-2-enoic acid


分子量: 231.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, magnesium chloride, tris / PH範囲: 7.0-8.5 / Temp details: Varies between 289-291

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月20日
放射モノクロメーター: Graphite crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.91 Å / Num. all: 18603 / Num. obs: 17325 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 12.9 % / Rsym value: 0.0437 / Net I/σ(I): 20.02
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.2485 / Mean I/σ(I) obs: 4.58 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
SCALEPACKHKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N8I

1n8i


解像度: 2.8→44.907 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2956 899 5.19 %Random selection
Rwork0.1712 ---
obs0.1776 17321 93.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5419 0 18 425 5862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0787527
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6972025
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072858
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004990
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.97540.34621540.19082813X-RAY DIFFRACTION99
2.9754-3.20510.35191670.18172845X-RAY DIFFRACTION100
3.2051-3.52750.29631610.17062837X-RAY DIFFRACTION99
3.5275-4.03770.27861500.15582775X-RAY DIFFRACTION95
4.0377-5.0860.28051450.15152520X-RAY DIFFRACTION86
5.086-44.91250.28141220.192632X-RAY DIFFRACTION83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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