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- PDB-5dpx: 1,2,4-Triazole-3-thione compounds as inhibitors of L1, di-zinc me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dpx
タイトル1,2,4-Triazole-3-thione compounds as inhibitors of L1, di-zinc metallo-beta-lactamases.
要素Metallo-beta-lactamase L1 type 3
キーワードHYDROLASE / METALLO / ZN / LACTAMASE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(2-methylphenyl)-3H-1,2,4-triazole-3-thione / Metallo-beta-lactamase L1 type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Nauton, L. / Garau, G. / Khan, R. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2017
タイトル: 1,2,4-Triazole-3-thione Compounds as Inhibitors of Dizinc Metallo-beta-lactamases.
著者: Sevaille, L. / Gavara, L. / Bebrone, C. / De Luca, F. / Nauton, L. / Achard, M. / Mercuri, P. / Tanfoni, S. / Borgianni, L. / Guyon, C. / Lonjon, P. / Turan-Zitouni, G. / Dzieciolowski, J. / ...著者: Sevaille, L. / Gavara, L. / Bebrone, C. / De Luca, F. / Nauton, L. / Achard, M. / Mercuri, P. / Tanfoni, S. / Borgianni, L. / Guyon, C. / Lonjon, P. / Turan-Zitouni, G. / Dzieciolowski, J. / Becker, K. / Benard, L. / Condon, C. / Maillard, L. / Martinez, J. / Frere, J.M. / Dideberg, O. / Galleni, M. / Docquier, J.D. / Hernandez, J.F.
#1: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2004
タイトル: Update Of The Standard Numbering Scheme For Class B Beta-Lactamases
著者: Garau, G. / Garcia-Saez, I. / Bebrone, C. / Anne, C. / Mercuri, P. / Galleni, M. / Frere, J.-M. / Dideberg, O.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1995
タイトル: The 3-D Structure Of A Zinc Metallo-Beta-Lactamase From Bacillus Cereus Reveals A New Type Of Protein Fold
著者: Carfi, A. / Pares, S. / Duee, E. / Galleni, M. / Duez, C. / Frere, J.-M. / Dideberg, O.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural Insights Into The Design Of Inhibitors For The L1 Metallo-Beta-Lactamase From Stenotrophomonas Maltophilia.
著者: Nauton, L. / Kahn, R. / Garau, G. / Hernandez, J.F. / Dideberg, O.
履歴
登録2015年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase L1 type 3
B: Metallo-beta-lactamase L1 type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,50512
ポリマ－57,4812
非ポリマー1,02410
水9,332518
1
A: Metallo-beta-lactamase L1 type 3
B: Metallo-beta-lactamase L1 type 3
ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1 type 3
B: Metallo-beta-lactamase L1 type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,01124
ポリマ－114,9624
非ポリマー2,04920
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area10850 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area40100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.040, 105.040, 196.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-728-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase L1 type 3 / B3 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type III / Metallo-beta-lactamase L1 type III / Penicillinase


分子量: 28740.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
細胞内の位置: PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P52700, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-L3B / 5-(2-methylphenyl)-3H-1,2,4-triazole-3-thione


分子量: 189.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7N3S
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.93 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 1.8M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES, PH7.75, 1.5% V/V PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP.
PH範囲: 7.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月15日 / 詳細: Xenocs multilayers mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→19.85 Å / Num. obs: 53574 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.385 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2057: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HB9

2hb9


解像度: 1.85→19.851 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2066 2000 3.73 %Random selection
Rwork0.167 ---
obs0.1684 53574 96.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4004 0 50 518 4572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064220
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9815775
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2092473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005762
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.89630.2641370.21683525X-RAY DIFFRACTION94
1.8963-1.94750.22541370.19893559X-RAY DIFFRACTION95
1.9475-2.00470.23611380.18623527X-RAY DIFFRACTION95
2.0047-2.06940.24021390.17483601X-RAY DIFFRACTION95
2.0694-2.14330.20831400.16273597X-RAY DIFFRACTION96
2.1433-2.2290.20921390.15043601X-RAY DIFFRACTION96
2.229-2.33030.18561410.15033654X-RAY DIFFRACTION96
2.3303-2.45290.21171420.15613645X-RAY DIFFRACTION97
2.4529-2.60630.20741420.16443678X-RAY DIFFRACTION97
2.6063-2.8070.23261450.17113709X-RAY DIFFRACTION98
2.807-3.08850.20951460.16693771X-RAY DIFFRACTION98
3.0885-3.53330.19341470.16153776X-RAY DIFFRACTION98
3.5333-4.44330.18371490.15023870X-RAY DIFFRACTION99
4.4433-19.85180.18821580.17774061X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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