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- PDB-5dj5: Crystal structure of rice DWARF14 in complex with synthetic strig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dj5
タイトルCrystal structure of rice DWARF14 in complex with synthetic strigolactone GR24
要素Probable strigolactone esterase D14
キーワードHYDROLASE / alpha/beta
機能・相同性
機能・相同性情報


strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GR2 / Strigolactone esterase D14
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhou, X.E. / Zhao, L.-H. / Yi, W. / Wu, Z.-S. / Liu, Y. / Kang, Y. / Hou, L. / de Waal, P.W. / Li, S. / Jiang, Y. ...Zhou, X.E. / Zhao, L.-H. / Yi, W. / Wu, Z.-S. / Liu, Y. / Kang, Y. / Hou, L. / de Waal, P.W. / Li, S. / Jiang, Y. / Melcher, K. / Xu, H.E.
資金援助 米国, 中国, 10件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK071662 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102545 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104212 米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)NSFC 31300245 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)NSFC 91217311 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2012ZX09301001 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2012CB910403 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2013CB910600 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)XDB08020303 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2013ZX09507001 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2015
タイトル: Destabilization of strigolactone receptor DWARF14 by binding of ligand and E3-ligase signaling effector DWARF3.
著者: Zhao, L.H. / Zhou, X.E. / Yi, W. / Wu, Z. / Liu, Y. / Kang, Y. / Hou, L. / de Waal, P.W. / Li, S. / Jiang, Y. / Scaffidi, A. / Flematti, G.R. / Smith, S.M. / Lam, V.Q. / Griffin, P.R. / Wang, ...著者: Zhao, L.H. / Zhou, X.E. / Yi, W. / Wu, Z. / Liu, Y. / Kang, Y. / Hou, L. / de Waal, P.W. / Li, S. / Jiang, Y. / Scaffidi, A. / Flematti, G.R. / Smith, S.M. / Lam, V.Q. / Griffin, P.R. / Wang, Y. / Li, J. / Melcher, K. / Xu, H.E.
履歴
登録2015年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable strigolactone esterase D14
B: Probable strigolactone esterase D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8033
ポリマ－58,5052
非ポリマー2981
水2,936163
1
A: Probable strigolactone esterase D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5512
ポリマ－29,2531
非ポリマー2981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable strigolactone esterase D14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2531
ポリマ－29,2531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.400, 87.880, 118.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable strigolactone esterase D14 / Protein DWARF-14 / Protein DWARF-88 / Protein HIGH-TILLERING DWARF 2


分子量: 29252.594 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha/beta hydrolase residues 52-318 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: D14, D88, HTD2, Os03g0203200, LOC_Os03g10620 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q10QA5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-GR2 / (3E,3aR,8bS)-3-({[(2R)-4-methyl-5-oxo-2,5-dihydrofuran-2-yl]oxy}methylidene)-3,3a,4,8b-tetrahydro-2H-indeno[1,2-b]furan-2-one / (+)-GR-24


分子量: 298.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG8000, ethylene glycol / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→41.202 Å / Num. all: 17932 / Num. obs: 17932 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.148 / Rsym value: 0.136 / Net I/av σ(I): 5.222 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 121345
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.537.10.6541.11690323700.2560.6544.381.2
2.53-2.687.10.5111.41590322320.20.5115.180.8
2.68-2.8770.3791.91466421030.150.3796.581.5
2.87-3.16.60.2562.91323420140.1050.2568.883
3.1-3.396.20.18241197319400.0770.18211.285.9
3.39-3.795.40.1057.11026118910.0480.10516.192.3
3.79-4.386.30.06511.61146218220.0280.06525.599.2
4.38-5.377.50.05513.71184015760.0210.05530.9100
5.37-7.597.80.06212971012380.0230.06225.3100
7.59-41.2027.20.03421.153957460.0130.03441.499.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IH9

4ih9


解像度: 2.4→39.92 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2235 1254 7.02 %
Rwork0.19 --
obs0.1924 17868 87.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4116 0 22 163 4301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1475811
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7131533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.123672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006753

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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