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- PDB-5ddw: Crystal structure of aminotransferase CrmG from Actinoalloteichus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ddw
タイトルCrystal structure of aminotransferase CrmG from Actinoalloteichus sp. WH1-2216-6 in complex with the PMP external aldimine adduct with Caerulomycin M
要素CrmG
キーワードTRANSFERASE / Aminotransferase / Caerulomycin M / Caerulomycin Biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Actinoalloteichus sp. WH1-2216-6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Xu, J. / Feng, Z. / Liu, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation of China31500638 中国
Natural Science Foundation of Guangdong Province2014A030310356 中国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Biochemical and Structural Insights into the Aminotransferase CrmG in Caerulomycin Biosynthesis
著者: Zhu, Y. / Xu, J. / Mei, X. / Feng, Z. / Zhang, L. / Zhang, Q. / Zhang, G. / Zhu, W. / Liu, J. / Zhang, C.
履歴
登録2015年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CrmG
B: CrmG
C: CrmG
D: CrmG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,06013
ポリマ－228,8784
非ポリマー2,1829
水7,512417
1
A: CrmG
B: CrmG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4846
ポリマ－114,4392
非ポリマー1,0454
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10170 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area35900 Å2
手法PISA
2
C: CrmG
D: CrmG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,5767
ポリマ－114,4392
非ポリマー1,1375
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10460 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area35570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.788, 83.687, 88.052
Angle α, β, γ (deg.)106.630, 109.090, 95.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLEULEUAA6 - 5226 - 522
21GLYGLYLEULEUBB6 - 5226 - 522
12GLYGLYLEULEUAA6 - 5226 - 522
22GLYGLYLEULEUCC6 - 5226 - 522
13GLUGLUVALVALAA7 - 5217 - 521
23GLUGLUVALVALDD7 - 5217 - 521
14GLYGLYLEULEUBB6 - 5226 - 522
24GLYGLYLEULEUCC6 - 5226 - 522
15GLUGLULEULEUBB7 - 5227 - 522
25GLUGLULEULEUDD7 - 5227 - 522
16GLUGLULEULEUCC7 - 5227 - 522
26GLUGLULEULEUDD7 - 5227 - 522

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
CrmG


分子量: 57219.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinoalloteichus sp. WH1-2216-6 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H8Y6N2
#2: 化合物
ChemComp-5B6 / [5-hydroxy-4-({(E)-[(4-hydroxy-2,2'-bipyridin-6-yl)methylidene]amino}methyl)-6-methylpyridin-3-yl]methyl dihydrogen phosphate


分子量: 430.351 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N4O6P
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Sodium acetate, 0.1M TRIS pH 8.5, 32% PEG3350, 2% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.25 Å / Num. obs: 86965 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 398069 / Scaling rejects: 202
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.3-2.3440.5552.51659741150.760.29687.5
12.6-49.255.70.10816.332115590.9890.04798.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.12データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimlessデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→49.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / WRfactor Rfree: 0.2325 / WRfactor Rwork: 0.1928 / FOM work R set: 0.8209 / SU B: 7.933 / SU ML: 0.188 / SU R Cruickshank DPI: 0.4656 / SU Rfree: 0.2561 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2393 4323 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2001 82633 92.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 136.8 Å2 / Biso mean: 27.183 Å2 / Biso min: 3.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.15 Å20.08 Å2
2--0.1 Å2-0.22 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→49.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15813 0 150 417 16380
Biso mean--30.78 18.67 -
残基数----2045
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01916234
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0215618
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7031.97521991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.611335725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8352037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.37422.855767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.754152694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.12615180
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.22498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0218483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.023773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0522.5368172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0522.5368171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.513.79410201
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A631380.07
12B631380.07
21A628920.07
22C628920.07
31A634280.06
32D634280.06
41B627980.08
42C627980.08
51B632320.07
52D632320.07
61C625160.08
62D625160.08
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 278 -
Rwork0.273 5909 -
all-6187 -
obs--88.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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