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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dcu | ||||||||||||
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タイトル | Iridoid synthase from Catharanthus roseus - ternary complex with NADP+ and triethylene glycol carboxylic acid | ||||||||||||
![]() | Iridoid synthase | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Iridoid synthase / short chain dehydrogenase / NADPH-dependent / Catharanthus roseus | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() (S)-8-oxocitronellyl enol synthase / monoterpenoid biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Caputi, L. / Kries, H. / Stevenson, C.E.M. / Kamileen, M.O. / Sherden, N.H. / Geu-Flores, F. / Lawson, D.M. / O'Connor, S.E. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural determinants of reductive terpene cyclization in iridoid biosynthesis. 著者: Kries, H. / Caputi, L. / Stevenson, C.E. / Kamileen, M.O. / Sherden, N.H. / Geu-Flores, F. / Lawson, D.M. / O'Connor, S.E. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 331.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 270.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 23 - 391 / Label seq-ID: 3 - 371
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41771.969 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-388 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The crystallised protein contained residues 23-388 of the wild-type amino acid sequence. The sequence differed from database entry K7WDL7 by an Asp to Asn change at position 87. The N- ...詳細: The crystallised protein contained residues 23-388 of the wild-type amino acid sequence. The sequence differed from database entry K7WDL7 by an Asp to Asn change at position 87. The N-terminus retained two residues from the nickel affinity cleavage site. The C-terminus had an additional three vector-derived residues. 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pOPIN-F / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月9日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.4→86.32 Å / Num. obs: 149766 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 1249645 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2V6G 解像度: 1.4→86.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / WRfactor Rfree: 0.172 / WRfactor Rwork: 0.148 / FOM work R set: 0.8783 / SU B: 2.005 / SU ML: 0.04 / SU R Cruickshank DPI: 0.055 / SU Rfree: 0.0571 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 60.16 Å2 / Biso mean: 19.9 Å2 / Biso min: 9.94 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→86.32 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 46448 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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