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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5daw | ||||||
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タイトル | Fe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase AsqJ in complex with cyclopeptin | ||||||
要素 | Phytanoyl-CoA dioxygenase family protein (AFU_orthologue AFUA_8G00230) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Antibiotics / Biosynthesis / Alkaloids / Viridicatin / Desaturase / Epoxidase / Fragmentation / Cyclopeptin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Groll, M. / Braeuer, A. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016 タイトル: Structure of the Dioxygenase AsqJ: Mechanistic Insights into a One-Pot Multistep Quinolone Antibiotic Biosynthesis. 著者: Brauer, A. / Beck, P. / Hintermann, L. / Groll, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5daw.cif.gz | 138.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5daw.ent.gz | 106.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5daw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/5daw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/5daw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33978.855 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 110-416 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ) 遺伝子: AN9227.2, ANIA_09227 / プラスミド: pET28b(+) / 詳細 (発現宿主): Cleavable SUMO-fusion tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5AR53 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NI / |
#3: 化合物 | ChemComp-AKG / |
#4: 化合物 | ChemComp-58K / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM TRIS/HCl, 1 M LiBr, 27% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月7日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 37570 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 19.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5DAP 解像度: 1.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.767 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.446 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→15 Å
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拘束条件 |
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