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- PDB-5d7a: Crystal structure of the kinase domain of TRAF2 and NCK-interacti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d7a
タイトルCrystal structure of the kinase domain of TRAF2 and NCK-interacting protein kinase with NCB-0846
要素TRAF2 and NCK-interacting protein kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microvillus assembly / : / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of MAPK cascade / postsynaptic density, intracellular component / cytoskeleton organization / neuron projection morphogenesis / protein localization to plasma membrane / positive regulation of JNK cascade / recycling endosome ...microvillus assembly / : / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of MAPK cascade / postsynaptic density, intracellular component / cytoskeleton organization / neuron projection morphogenesis / protein localization to plasma membrane / positive regulation of JNK cascade / recycling endosome / Wnt signaling pathway / MAPK cascade / presynapse / actin cytoskeleton organization / Oxidative Stress Induced Senescence / protein autophosphorylation / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / apical plasma membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-58C / TRAF2 and NCK-interacting protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ohbayashi, N. / Kukimoto-Niino, M. / Yamada, T. / Shirouzu, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: TNIK inhibition abrogates colorectal cancer stemness
著者: Masuda, M. / Uno, Y. / Ohbayashi, N. / Ohata, H. / Mimata, A. / Kukimoto-Niino, M. / Moriyama, H. / Kashimoto, S. / Inoue, T. / Goto, N. / Okamoto, K. / Shirouzu, M. / Sawa, M. / Yamada, T.
履歴
登録2015年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22016年9月28日Group: Structure summary
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAF2 and NCK-interacting protein kinase
B: TRAF2 and NCK-interacting protein kinase
C: TRAF2 and NCK-interacting protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,6439
ポリマ－105,2293
非ポリマー1,4146
水1267
1
A: TRAF2 and NCK-interacting protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5483
ポリマ－35,0761
非ポリマー4712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TRAF2 and NCK-interacting protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4522
ポリマ－35,0761
非ポリマー3751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TRAF2 and NCK-interacting protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6444
ポリマ－35,0761
非ポリマー5683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)212.620, 124.972, 49.897
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TRAF2 and NCK-interacting protein kinase


分子量: 35076.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNIK, KIAA0551
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q9UKE5, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-58C / cis-4-{[2-(1H-benzimidazol-5-ylamino)quinazolin-8-yl]oxy}cyclohexanol


分子量: 375.424 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21N5O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M Ammonium sulfate 0.1M Bis-tris (5.6) 15% PEG3350 7% Ethyleneglycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.92 Å / Num. obs: 28803 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2X7F

2x7f


解像度: 2.9→46.92 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 1426 4.95 %
Rwork0.1842 --
obs0.1868 28789 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6915 0 99 7 7021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047179
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8229703
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9722711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321042
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031239
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.00360.36921190.29722750X-RAY DIFFRACTION100
3.0036-3.12390.31561490.25112765X-RAY DIFFRACTION100
3.1239-3.2660.27751660.22532653X-RAY DIFFRACTION100
3.266-3.43820.28351780.20672687X-RAY DIFFRACTION100
3.4382-3.65350.20861710.18692684X-RAY DIFFRACTION100
3.6535-3.93540.25351290.17842751X-RAY DIFFRACTION100
3.9354-4.33120.21711300.16462750X-RAY DIFFRACTION100
4.3312-4.95740.20791260.16032769X-RAY DIFFRACTION100
4.9574-6.24350.27371370.18552761X-RAY DIFFRACTION100
6.2435-46.93060.18291210.15982793X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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