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Yorodumi- PDB-5d2r: Inhibitor Bound Cell Shape Determinant Protein Csd4 from Helicoba... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5d2r | ||||||
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Title | Inhibitor Bound Cell Shape Determinant Protein Csd4 from Helicobacter pylori | ||||||
Components | Conserved hypothetical secreted protein | ||||||
Keywords | hydrolase/hydrolase inhibitor / mixed alpha beta sandwich / carboxypeptidase / M14 / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Chan, A.C. / Murphy, M.E. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2016 Title: A Bacterial Cell Shape-Determining Inhibitor. Authors: Liu, Y. / Frirdich, E. / Taylor, J.A. / Chan, A.C. / Blair, K.M. / Vermeulen, J. / Ha, R. / Murphy, M.E. / Salama, N.R. / Gaynor, E.C. / Tanner, M.E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5d2r.cif.gz | 268.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5d2r.ent.gz | 218 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5d2r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5d2r_validation.pdf.gz | 728.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5d2r_full_validation.pdf.gz | 728.6 KB | Display | |
Data in XML | 5d2r_validation.xml.gz | 19.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5d2r_validation.cif.gz | 29.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/5d2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/5d2r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4wckS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 50178.609 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (bacteria) / Strain: G27 / Gene: HPG27_353 / Plasmid: pET15b(mod) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B5ZAD9 | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-IOD / #4: Chemical | ChemComp-56W / ( | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 13-18% PEG 3350, 0.015 mM Tris pH 8 and 0.4 M NaI |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08B1-1 / Wavelength: 0.9796 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Sep 25, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→39.03 Å / Num. obs: 41021 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 24.89 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 0.947 / Net I/σ(I): 15.24 / Num. measured all: 297447 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4WCK Resolution: 1.9→39.028 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.79 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 177.26 Å2 / Biso mean: 37.7862 Å2 / Biso min: 10.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→39.028 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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