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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cwx | ||||||
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タイトル | Structure of Xoo1075, a peptide deformylase from Xanthomonas oryzae pv oryzae, in complex with fragment 134 | ||||||
![]() | Peptide deformylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / peptide deformylase / Xanthomonas / fragment / metallopeptidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ngo, H.P.T. / Kang, L.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Xoo1075, a peptide deformylase from Xanthomonas oryzae pv oryzae, in complex with fragment 134 著者: Ngo, H.P.T. / Kang, L.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19097.656 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 42-212 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: KACC10331 / 遺伝子: def, XOO1075 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | ChemComp-56K / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.04 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05M Cadmium sulfate, 0.1M HEPES, 2.0M Sodium acetate trihydrate, pH 7.5 PH範囲: 7.0-8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 14538 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 16.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→30.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 5.356 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.594 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→30.4 Å
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拘束条件 |
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