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- PDB-5cvu: sinpyl alcohol bound monolignol 4-O-methyltransferase 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cvu
タイトルsinpyl alcohol bound monolignol 4-O-methyltransferase 5
要素(Iso)eugenol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / monolignol 4-O-methyltransferase / sinapyl alcohol / lignin / s-adenosylmethionine
機能・相同性
機能・相同性情報


(iso)eugenol O-methyltransferase / (iso)eugenol O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / Plant O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Plant methyltransferase dimerisation / Plant O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-55B / NITRATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / (Iso)eugenol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Clarkia breweri (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cai, Y. / Liu, C.-J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DEAC0298CH10886 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of sinapyl alcohol bound monolignol 4-O-methyltransferase at 1.60 Angstroms resolution
著者: Cai, Y. / Liu, C.-J.
履歴
登録2015年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (Iso)eugenol O-methyltransferase
B: (Iso)eugenol O-methyltransferase
C: (Iso)eugenol O-methyltransferase
D: (Iso)eugenol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,10521
ポリマ－160,1694
非ポリマー2,93717
水8,557475
1
A: (Iso)eugenol O-methyltransferase
B: (Iso)eugenol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,52210
ポリマ－80,0842
非ポリマー1,4378
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9750 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area26970 Å2
手法PISA
2
C: (Iso)eugenol O-methyltransferase
D: (Iso)eugenol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,58411
ポリマ－80,0842
非ポリマー1,4999
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9220 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area27130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.540, 151.630, 68.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
(Iso)eugenol O-methyltransferase / S-adenosysl-L-methionine:(Iso)eugenol O-methyltransferase / IEMT


分子量: 40042.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clarkia breweri (植物) / 遺伝子: IEMT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O04385, (iso)eugenol O-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-55B / 4-[(1E)-3-hydroxyprop-1-en-1-yl]-2,6-dimethoxyphenol / Sinapyl alcohol / sinapoyl alcohol / (E)-シナピルアルコ-ル


分子量: 210.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14O4
#3: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: MOMT5 was grown via a hanging-drop vapor diffusion method in 22% (w/v) PEG 4000, 0.3 M Mg(NO3)2 (pH 7.2), and 1 mM DTT with 1 mM SAH and 1 mM sinapyl alcohol
PH範囲: 7.0-7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→75.81 Å / Num. obs: 156919 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 5.59 % / Net I/σ(I): 13.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→75.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16804 5957 5.1 %RANDOM
Rwork0.16831 ---
obs0.1683 111293 93.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.381 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20.32 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→75.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10959 0 200 475 11634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.01911428
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0210958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.361.99415533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.553.00125325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0551425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.88624.754427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.728151864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6091528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.21761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02112689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0250.022395
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9281.5485724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9281.5485723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8392.3167141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8392.3167142
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2021.8595704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1931.8535677
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5922.6468366
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.86712.95113235
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.87312.87213060
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.18 387 -
Rwork0.187 7493 -
obs--85.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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