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万見
- PDB-5ccw: Structure of the complex of a human telomeric DNA with Au(caffein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ccw
タイトルStructure of the complex of a human telomeric DNA with Au(caffein-2-ylidene)2
要素human telomeric DNA
キーワードDRUG/DNA / DRUG-DNA COMPLEX / G-QUADRUPLEX
機能・相同性Au(caffein-2-ylidene)2 / : / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Bazzicalupi, C. / Gratteri, P. / Messori, L. / Papi, F.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Determinants for Tight and Selective Binding of a Medicinal Dicarbene Gold(I) Complex to a Telomeric DNA G-Quadruplex: a Joint ESI MS and XRD Investigation.
著者: Bazzicalupi, C. / Ferraroni, M. / Papi, F. / Massai, L. / Bertrand, B. / Messori, L. / Gratteri, P. / Casini, A.
履歴
登録2015年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: human telomeric DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2066
ポリマ－7,2881
非ポリマー1,9185
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.129, 51.286, 58.768
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-103-

51O

21A-213-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 human telomeric DNA


分子量: 7287.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-51O / Au(caffein-2-ylidene)2


分子量: 613.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24AuN8O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG400, lithium sulphate, sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→38.64 Å / Num. all: 5821 / Num. obs: 5821 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 12.8 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 15.36
反射 シェル解像度: 1.89→2.01 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 87.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å36.73 Å
Translation2 Å36.73 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R6R

3r6r


解像度: 1.89→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / WRfactor Rfree: 0.2589 / WRfactor Rwork: 0.215 / FOM work R set: 0.6627 / SU B: 6.89 / SU ML: 0.178 / SU R Cruickshank DPI: 0.1763 / SU Rfree: 0.1584 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2601 295 5.1 %RANDOM
Rwork0.2253 ---
obs0.2271 5512 97.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.63 Å2 / Biso mean: 46.575 Å2 / Biso min: 25.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.84 Å20 Å2-0 Å2
2---6.32 Å20 Å2
3---2.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 426 95 22 543
Biso mean--35.68 46.27 -
残基数----21
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.012581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1331.467904
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02310
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9114.776580
LS精密化 シェル解像度: 1.892→1.941 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.652 19 -
Rwork0.488 308 -
all-327 -
obs--78.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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