PDB-5cb5: Structural Insights into the Mechanism of Escherichia coli Ymdb

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 5cb5
• タイトル: Structural Insights into the Mechanism of Escherichia coli Ymdb
• 要素: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase
• キーワード: HYDROLASE / deacetylase / ADPr / OAADPr / macro domain

機能・相同性

分子機能:

O-acetyl-ADP-ribose deacetylase / regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / purine nucleoside binding / purine nucleoside metabolic process / endoribonuclease inhibitor activity / response to antibiotic / enzyme binding

ドメイン・相同性:

O-acetyl-ADP-ribose deacetylase / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

構成要素:

ACETATE ION / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / Chem-ZOD / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

• 生物種: Escherichia coli K12 (大腸菌)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
• データ登録者: Zhang, W. / Wang, C. / Song, Y. / Shao, C. / Zhang, X. / Zang, J.
• 引用: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015; タイトル: Structural insights into the mechanism of Escherichia coli YmdB: A 2'-O-acetyl-ADP-ribose deacetylase; 著者: Zhang, W. / Wang, C. / Song, Y. / Shao, C. / Zhang, X. / Zang, J.

履歴

登録	2015年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

集合体

登録構造単位

R: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

A: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

B: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

C: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

D: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

E: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

F: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

G: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

H: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

I: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

J: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

K: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

L: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

M: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

N: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

O: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

P: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

Q: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 366 kDa, 18 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	365,599	57
ポリマ－	353,541	18
非ポリマー	12,058	39
水	3,855	214

1

R: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,297	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	655	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	0 Å2
ΔGint	0 kcal/mol
Surface area	8210 Å2
手法	PISA

2

A: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,297	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	655	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	190 Å2
ΔGint	-14 kcal/mol
Surface area	8100 Å2
手法	PISA

3

B: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,297	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	655	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	200 Å2
ΔGint	-14 kcal/mol
Surface area	8330 Å2
手法	PISA

4

C: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.4 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,356	4
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	714	3
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	0 Å2
ΔGint	0 kcal/mol
Surface area	8260 Å2
手法	PISA

5

D: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,297	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	655	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	0 Å2
ΔGint	0 kcal/mol
Surface area	8050 Å2
手法	PISA

6

E: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,297	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	655	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	0 Å2
ΔGint	0 kcal/mol
Surface area	8260 Å2
手法	PISA

7

F: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,339	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	697	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	0 Å2
ΔGint	0 kcal/mol
Surface area	7870 Å2
手法	PISA

8

G: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,297	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	655	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	190 Å2
ΔGint	-14 kcal/mol
Surface area	8100 Å2
手法	PISA

9

H: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,297	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	655	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	180 Å2
ΔGint	-13 kcal/mol
Surface area	8160 Å2
手法	PISA

10

I: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,297	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	655	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	190 Å2
ΔGint	-14 kcal/mol
Surface area	8210 Å2
手法	PISA

11

J: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.4 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,356	4
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	714	3
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	180 Å2
ΔGint	-14 kcal/mol
Surface area	8030 Å2
手法	PISA

12

K: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,297	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	655	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	0 Å2
ΔGint	0 kcal/mol
Surface area	8010 Å2
手法	PISA

13

L: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,297	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	655	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	0 Å2
ΔGint	0 kcal/mol
Surface area	7980 Å2
手法	PISA

14

M: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,339	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	697	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	180 Å2
ΔGint	-14 kcal/mol
Surface area	7810 Å2
手法	PISA

15

N: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,297	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	655	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	190 Å2
ΔGint	-14 kcal/mol
Surface area	8070 Å2
手法	PISA

16

O: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,297	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	655	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	210 Å2
ΔGint	-14 kcal/mol
Surface area	8250 Å2
手法	PISA

17

P: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.3 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,297	3
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	655	2
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	180 Å2
ΔGint	-13 kcal/mol
Surface area	8130 Å2
手法	PISA

18

Q: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 20.4 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	20,356	4
ポリマ－	19,641	1
非ポリマー	714	3
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	0 Å2
ΔGint	0 kcal/mol
Surface area	8160 Å2
手法	PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	289.140, 289.140, 114.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	R
2	1	A
1	2	R
2	2	B
1	3	R
2	3	C
1	4	R
2	4	D
1	5	R
2	5	E
1	6	R
2	6	F
1	7	R
2	7	G
1	8	R
2	8	H
1	9	R
2	9	I
1	10	R
2	10	J
1	11	R
2	11	K
1	12	R
2	12	L
1	13	R
2	13	M
1	14	R
2	14	N
1	15	R
2	15	O
1	16	R
2	16	P
1	17	R
2	17	Q
1	18	A
2	18	B
1	19	A
2	19	C
1	20	A
2	20	D
1	21	A
2	21	E
1	22	A
2	22	F
1	23	A
2	23	G
1	24	A
2	24	H
1	25	A
2	25	I
1	26	A
2	26	J
1	27	A
2	27	K
1	28	A
2	28	L
1	29	A
2	29	M
1	30	A
2	30	N
1	31	A
2	31	O
1	32	A
2	32	P
1	33	A
2	33	Q
1	34	B
2	34	C
1	35	B
2	35	D
1	36	B
2	36	E
1	37	B
2	37	F
1	38	B
2	38	G
1	39	B
2	39	H
1	40	B
2	40	I
1	41	B
2	41	J
1	42	B
2	42	K
1	43	B
2	43	L
1	44	B
2	44	M
1	45	B
2	45	N
1	46	B
2	46	O
1	47	B
2	47	P
1	48	B
2	48	Q
1	49	C
2	49	D
1	50	C
2	50	E
1	51	C
2	51	F
1	52	C
2	52	G
1	53	C
2	53	H
1	54	C
2	54	I
1	55	C
2	55	J
1	56	C
2	56	K
1	57	C
2	57	L
1	58	C
2	58	M
1	59	C
2	59	N
1	60	C
2	60	O
1	61	C
2	61	P
1	62	C
2	62	Q
1	63	D
2	63	E
1	64	D
2	64	F
1	65	D
2	65	G
1	66	D
2	66	H
1	67	D
2	67	I
1	68	D
2	68	J
1	69	D
2	69	K
1	70	D
2	70	L
1	71	D
2	71	M
1	72	D
2	72	N
1	73	D
2	73	O
1	74	D
2	74	P
1	75	D
2	75	Q
1	76	E
2	76	F
1	77	E
2	77	G
1	78	E
2	78	H
1	79	E
2	79	I
1	80	E
2	80	J
1	81	E
2	81	K
1	82	E
2	82	L
1	83	E
2	83	M
1	84	E
2	84	N
1	85	E
2	85	O
1	86	E
2	86	P
1	87	E
2	87	Q
1	88	F
2	88	G
1	89	F
2	89	H
1	90	F
2	90	I
1	91	F
2	91	J
1	92	F
2	92	K
1	93	F
2	93	L
1	94	F
2	94	M
1	95	F
2	95	N
1	96	F
2	96	O
1	97	F
2	97	P
1	98	F
2	98	Q
1	99	G
2	99	H
1	100	G
2	100	I
1	101	G
2	101	J
1	102	G
2	102	K
1	103	G
2	103	L
1	104	G
2	104	M
1	105	G
2	105	N
1	106	G
2	106	O
1	107	G
2	107	P
1	108	G
2	108	Q
1	109	H
2	109	I
1	110	H
2	110	J
1	111	H
2	111	K
1	112	H
2	112	L
1	113	H
2	113	M
1	114	H
2	114	N
1	115	H
2	115	O
1	116	H
2	116	P
1	117	H
2	117	Q
1	118	I
2	118	J
1	119	I
2	119	K
1	120	I
2	120	L
1	121	I
2	121	M
1	122	I
2	122	N
1	123	I
2	123	O
1	124	I
2	124	P
1	125	I
2	125	Q
1	126	J
2	126	K
1	127	J
2	127	L
1	128	J
2	128	M
1	129	J
2	129	N
1	130	J
2	130	O
1	131	J
2	131	P
1	132	J
2	132	Q
1	133	K
2	133	L
1	134	K
2	134	M
1	135	K
2	135	N
1	136	K
2	136	O
1	137	K
2	137	P
1	138	K
2	138	Q
1	139	L
2	139	M
1	140	L
2	140	N
1	141	L
2	141	O
1	142	L
2	142	P
1	143	L
2	143	Q
1	144	M
2	144	N
1	145	M
2	145	O
1	146	M
2	146	P
1	147	M
2	147	Q
1	148	N
2	148	O
1	149	N
2	149	P
1	150	N
2	150	Q
1	151	O
2	151	P
1	152	O
2	152	Q
1	153	P
2	153	Q

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	GLN	GLN	R	A	2 - 174	8 - 180
2	1	LYS	LYS	GLN	GLN	A	B	2 - 174	8 - 180
1	2	LYS	LYS	THR	THR	R	A	2 - 172	8 - 178
2	2	LYS	LYS	THR	THR	B	C	2 - 172	8 - 178
1	3	LYS	LYS	GLN	GLN	R	A	2 - 174	8 - 180
2	3	LYS	LYS	GLN	GLN	C	D	2 - 174	8 - 180
1	4	LYS	LYS	LEU	LEU	R	A	2 - 170	8 - 176
2	4	LYS	LYS	LEU	LEU	D	E	2 - 170	8 - 176
1	5	LYS	LYS	GLN	GLN	R	A	2 - 174	8 - 180
2	5	LYS	LYS	GLN	GLN	E	F	2 - 174	8 - 180
1	6	LYS	LYS	GLN	GLN	R	A	2 - 174	8 - 180
2	6	LYS	LYS	GLN	GLN	F	G	2 - 174	8 - 180
1	7	LYS	LYS	GLN	GLN	R	A	2 - 174	8 - 180
2	7	LYS	LYS	GLN	GLN	G	H	2 - 174	8 - 180
1	8	LYS	LYS	GLN	GLN	R	A	2 - 174	8 - 180
2	8	LYS	LYS	GLN	GLN	H	I	2 - 174	8 - 180
1	9	LYS	LYS	GLN	GLN	R	A	2 - 174	8 - 180
2	9	LYS	LYS	GLN	GLN	I	J	2 - 174	8 - 180
1	10	THR	THR	GLN	GLN	R	A	3 - 173	9 - 179
2	10	THR	THR	GLN	GLN	J	K	3 - 173	9 - 179
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2	11	THR	THR	GLN	GLN	K	L	3 - 173	9 - 179
1	12	THR	THR	GLN	GLN	R	A	3 - 173	9 - 179
2	12	THR	THR	GLN	GLN	L	M	3 - 173	9 - 179
1	13	LYS	LYS	GLN	GLN	R	A	2 - 174	8 - 180
2	13	LYS	LYS	GLN	GLN	M	N	2 - 174	8 - 180
1	14	LYS	LYS	GLN	GLN	R	A	2 - 174	8 - 180
2	14	LYS	LYS	GLN	GLN	N	O	2 - 174	8 - 180
1	15	THR	THR	THR	THR	R	A	3 - 172	9 - 178
2	15	THR	THR	THR	THR	O	P	3 - 172	9 - 178
1	16	LYS	LYS	GLN	GLN	R	A	2 - 174	8 - 180
2	16	LYS	LYS	GLN	GLN	P	Q	2 - 174	8 - 180
1	17	LYS	LYS	GLN	GLN	R	A	2 - 174	8 - 180
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2	18	LYS	LYS	THR	THR	B	C	2 - 172	8 - 178
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2	19	LYS	LYS	GLN	GLN	C	D	2 - 174	8 - 180
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2	21	LYS	LYS	GLN	GLN	E	F	2 - 174	8 - 180
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2	22	LYS	LYS	GLN	GLN	F	G	2 - 174	8 - 180
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2	23	LYS	LYS	GLN	GLN	G	H	2 - 174	8 - 180
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1	52	LYS	LYS	GLN	GLN	C	D	2 - 174	8 - 180
2	52	LYS	LYS	GLN	GLN	G	H	2 - 174	8 - 180
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1	70	THR	THR	LEU	LEU	D	E	3 - 170	9 - 176
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2	71	LYS	LYS	LEU	LEU	M	N	2 - 170	8 - 176
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2	72	LYS	LYS	LEU	LEU	N	O	2 - 170	8 - 176
1	73	THR	THR	LEU	LEU	D	E	3 - 170	9 - 176
2	73	THR	THR	LEU	LEU	O	P	3 - 170	9 - 176
1	74	LYS	LYS	LEU	LEU	D	E	2 - 170	8 - 176
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1	75	LYS	LYS	LEU	LEU	D	E	2 - 170	8 - 176
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2	102	THR	THR	GLN	GLN	K	L	3 - 173	9 - 179
1	103	THR	THR	GLN	GLN	G	H	3 - 173	9 - 179
2	103	THR	THR	GLN	GLN	L	M	3 - 173	9 - 179
1	104	LYS	LYS	GLN	GLN	G	H	2 - 174	8 - 180
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2	109	LYS	LYS	GLN	GLN	I	J	2 - 174	8 - 180
1	110	THR	THR	GLN	GLN	H	I	3 - 173	9 - 179
2	110	THR	THR	GLN	GLN	J	K	3 - 173	9 - 179
1	111	THR	THR	GLN	GLN	H	I	3 - 173	9 - 179
2	111	THR	THR	GLN	GLN	K	L	3 - 173	9 - 179
1	112	THR	THR	GLN	GLN	H	I	3 - 173	9 - 179
2	112	THR	THR	GLN	GLN	L	M	3 - 173	9 - 179
1	113	LYS	LYS	GLN	GLN	H	I	2 - 174	8 - 180
2	113	LYS	LYS	GLN	GLN	M	N	2 - 174	8 - 180
1	114	LYS	LYS	GLN	GLN	H	I	2 - 174	8 - 180
2	114	LYS	LYS	GLN	GLN	N	O	2 - 174	8 - 180
1	115	THR	THR	THR	THR	H	I	3 - 172	9 - 178
2	115	THR	THR	THR	THR	O	P	3 - 172	9 - 178
1	116	LYS	LYS	GLN	GLN	H	I	2 - 174	8 - 180
2	116	LYS	LYS	GLN	GLN	P	Q	2 - 174	8 - 180
1	117	LYS	LYS	GLN	GLN	H	I	2 - 174	8 - 180
2	117	LYS	LYS	GLN	GLN	Q	R	2 - 174	8 - 180
1	118	THR	THR	GLN	GLN	I	J	3 - 173	9 - 179
2	118	THR	THR	GLN	GLN	J	K	3 - 173	9 - 179
1	119	THR	THR	GLN	GLN	I	J	3 - 173	9 - 179
2	119	THR	THR	GLN	GLN	K	L	3 - 173	9 - 179
1	120	THR	THR	GLN	GLN	I	J	3 - 173	9 - 179
2	120	THR	THR	GLN	GLN	L	M	3 - 173	9 - 179
1	121	LYS	LYS	GLN	GLN	I	J	2 - 174	8 - 180
2	121	LYS	LYS	GLN	GLN	M	N	2 - 174	8 - 180
1	122	LYS	LYS	GLN	GLN	I	J	2 - 174	8 - 180
2	122	LYS	LYS	GLN	GLN	N	O	2 - 174	8 - 180
1	123	THR	THR	THR	THR	I	J	3 - 172	9 - 178
2	123	THR	THR	THR	THR	O	P	3 - 172	9 - 178
1	124	LYS	LYS	GLN	GLN	I	J	2 - 174	8 - 180
2	124	LYS	LYS	GLN	GLN	P	Q	2 - 174	8 - 180
1	125	LYS	LYS	GLN	GLN	I	J	2 - 174	8 - 180
2	125	LYS	LYS	GLN	GLN	Q	R	2 - 174	8 - 180
1	126	THR	THR	GLN	GLN	J	K	3 - 174	9 - 180
2	126	THR	THR	GLN	GLN	K	L	3 - 174	9 - 180
1	127	THR	THR	GLN	GLN	J	K	3 - 174	9 - 180
2	127	THR	THR	GLN	GLN	L	M	3 - 174	9 - 180
1	128	THR	THR	GLN	GLN	J	K	3 - 173	9 - 179
2	128	THR	THR	GLN	GLN	M	N	3 - 173	9 - 179
1	129	THR	THR	GLN	GLN	J	K	3 - 173	9 - 179
2	129	THR	THR	GLN	GLN	N	O	3 - 173	9 - 179
1	130	THR	THR	THR	THR	J	K	3 - 172	9 - 178
2	130	THR	THR	THR	THR	O	P	3 - 172	9 - 178
1	131	THR	THR	GLN	GLN	J	K	3 - 173	9 - 179
2	131	THR	THR	GLN	GLN	P	Q	3 - 173	9 - 179
1	132	THR	THR	GLN	GLN	J	K	3 - 173	9 - 179
2	132	THR	THR	GLN	GLN	Q	R	3 - 173	9 - 179
1	133	THR	THR	GLN	GLN	K	L	3 - 174	9 - 180
2	133	THR	THR	GLN	GLN	L	M	3 - 174	9 - 180
1	134	THR	THR	GLN	GLN	K	L	3 - 173	9 - 179
2	134	THR	THR	GLN	GLN	M	N	3 - 173	9 - 179
1	135	THR	THR	GLN	GLN	K	L	3 - 173	9 - 179
2	135	THR	THR	GLN	GLN	N	O	3 - 173	9 - 179
1	136	THR	THR	THR	THR	K	L	3 - 172	9 - 178
2	136	THR	THR	THR	THR	O	P	3 - 172	9 - 178
1	137	THR	THR	GLN	GLN	K	L	3 - 173	9 - 179
2	137	THR	THR	GLN	GLN	P	Q	3 - 173	9 - 179
1	138	THR	THR	GLN	GLN	K	L	3 - 173	9 - 179
2	138	THR	THR	GLN	GLN	Q	R	3 - 173	9 - 179
1	139	THR	THR	GLN	GLN	L	M	3 - 173	9 - 179
2	139	THR	THR	GLN	GLN	M	N	3 - 173	9 - 179
1	140	THR	THR	GLN	GLN	L	M	3 - 173	9 - 179
2	140	THR	THR	GLN	GLN	N	O	3 - 173	9 - 179
1	141	THR	THR	THR	THR	L	M	3 - 172	9 - 178
2	141	THR	THR	THR	THR	O	P	3 - 172	9 - 178
1	142	THR	THR	GLN	GLN	L	M	3 - 173	9 - 179
2	142	THR	THR	GLN	GLN	P	Q	3 - 173	9 - 179
1	143	THR	THR	GLN	GLN	L	M	3 - 173	9 - 179
2	143	THR	THR	GLN	GLN	Q	R	3 - 173	9 - 179
1	144	LYS	LYS	GLN	GLN	M	N	2 - 174	8 - 180
2	144	LYS	LYS	GLN	GLN	N	O	2 - 174	8 - 180
1	145	THR	THR	THR	THR	M	N	3 - 172	9 - 178
2	145	THR	THR	THR	THR	O	P	3 - 172	9 - 178
1	146	LYS	LYS	GLN	GLN	M	N	2 - 174	8 - 180
2	146	LYS	LYS	GLN	GLN	P	Q	2 - 174	8 - 180
1	147	LYS	LYS	GLN	GLN	M	N	2 - 174	8 - 180
2	147	LYS	LYS	GLN	GLN	Q	R	2 - 174	8 - 180
1	148	THR	THR	THR	THR	N	O	3 - 172	9 - 178
2	148	THR	THR	THR	THR	O	P	3 - 172	9 - 178
1	149	LYS	LYS	GLN	GLN	N	O	2 - 174	8 - 180
2	149	LYS	LYS	GLN	GLN	P	Q	2 - 174	8 - 180
1	150	LYS	LYS	GLN	GLN	N	O	2 - 174	8 - 180
2	150	LYS	LYS	GLN	GLN	Q	R	2 - 174	8 - 180
1	151	THR	THR	THR	THR	O	P	3 - 172	9 - 178
2	151	THR	THR	THR	THR	P	Q	3 - 172	9 - 178
1	152	THR	THR	THR	THR	O	P	3 - 172	9 - 178
2	152	THR	THR	THR	THR	Q	R	3 - 172	9 - 178
1	153	LYS	LYS	GLN	GLN	P	Q	2 - 174	8 - 180
2	153	LYS	LYS	GLN	GLN	Q	R	2 - 174	8 - 180

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
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43
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47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
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86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
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101
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153

要素

タンパク質 , 1種, 18分子 R A B C D E F G H I J K L M N O P Q

#1: タンパク質

R A B C D E F G H I J K L M N O P Q
O-acetyl-ADP-ribose deacetylase / Regulator of RNase III activity

詳細:

分子量: 19641.176 Da / 分子数: 18 / 変異: N25A, D35A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ymdB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A8D6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

非ポリマー , 5種, 253分子

#2: 化合物

R-201 A-201 B-201 C-201 D-201 E-201 G-201 H-201 I-201 J-201 K-201 L-201 N-201 O-201 P-201 Q-402
ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE

詳細:

分子量: 559.316 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂

#3: 化合物

R-202 A-202 B-202 C-202 D-202 E-202 F-202 G-202 H-202 I-202 J-202 K-202 L-202 M-202 N-202 O-202 P-202 Q-403
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

詳細:

分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 化合物

C-203 J-203 Q-401 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン

詳細:

分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂

#5: 化合物

F-201 M-201 ChemComp-ZOD / [(2R,3R,4R,5R)-5-[[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-2,4-bis(oxidanyl)oxolan-3-yl] ethanoate / アデノシン5′-二りん酸β-(2-O-アセチル-5-デオキシ-β-D-リボフラノ-ス-5-イル)

詳細:

分子量: 601.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₅N₅O₁₅P₂

#6: 水

ChemComp-HOH / water

詳細:

分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 3.89 ų/Da / 溶媒含有率: 68.4 %
• 結晶化: 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
• 検出器: タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月26日
• 放射: プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 133057 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 12.7
• 反射 シェル: 解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.9

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
Coot		モデル構築
HKL-2000		data processing

精密化

構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SPV

1spv

解像度: 2.8→38.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.857 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.813 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.659 / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.29036	6667	5 %	RANDOM
Rwork	0.26153	-	-	-
obs	0.26296	126269	98.85 %	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.947 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	0.04 Å2	0.04 Å2	-0 Å2
2-	-	0.04 Å2	-0 Å2
3-	-	-	-0.14 Å2

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.8→38.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22926	0	756	214	23896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	24162
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	22764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.896	1.989	33153
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.865	3	52044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.385	5	3087
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.852	23.996	951
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.363	15	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.846	15	134
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	3946
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	27415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	5379
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.672	3.871	12405
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.671	3.871	12404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.274	5.798	15471
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.274	5.799	15472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.535	4.053	11756
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.535	4.053	11753
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.047	5.968	17677
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.804	31.499	26271
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.804	31.5	26271
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	R	9303	0.13
1	2	A	9303	0.13
2	1	R	9704	0.12
2	2	B	9704	0.12
3	1	R	9695	0.12
3	2	C	9695	0.12
4	1	R	8953	0.14
4	2	D	8953	0.14
5	1	R	9824	0.11
5	2	E	9824	0.11
6	1	R	9453	0.14
6	2	F	9453	0.14
7	1	R	9697	0.11
7	2	G	9697	0.11
8	1	R	9627	0.12
8	2	H	9627	0.12
9	1	R	9655	0.12
9	2	I	9655	0.12
10	1	R	9371	0.13
10	2	J	9371	0.13
11	1	R	9268	0.12
11	2	K	9268	0.12
12	1	R	9665	0.11
12	2	L	9665	0.11
13	1	R	9667	0.11
13	2	M	9667	0.11
14	1	R	9269	0.13
14	2	N	9269	0.13
15	1	R	9443	0.12
15	2	O	9443	0.12
16	1	R	9741	0.11
16	2	P	9741	0.11
17	1	R	9709	0.12
17	2	Q	9709	0.12
18	1	A	9198	0.13
18	2	B	9198	0.13
19	1	A	9280	0.14
19	2	C	9280	0.14
20	1	A	8756	0.13
20	2	D	8756	0.13
21	1	A	9439	0.12
21	2	E	9439	0.12
22	1	A	9077	0.15
22	2	F	9077	0.15
23	1	A	9205	0.14
23	2	G	9205	0.14
24	1	A	9253	0.14
24	2	H	9253	0.14
25	1	A	9268	0.13
25	2	I	9268	0.13
26	1	A	9024	0.14
26	2	J	9024	0.14
27	1	A	9006	0.13
27	2	K	9006	0.13
28	1	A	9101	0.12
28	2	L	9101	0.12
29	1	A	9269	0.13
29	2	M	9269	0.13
30	1	A	9080	0.14
30	2	N	9080	0.14
31	1	A	9042	0.13
31	2	O	9042	0.13
32	1	A	9316	0.12
32	2	P	9316	0.12
33	1	A	9299	0.13
33	2	Q	9299	0.13
34	1	B	9835	0.11
34	2	C	9835	0.11
35	1	B	9136	0.13
35	2	D	9136	0.13
36	1	B	9768	0.12
36	2	E	9768	0.12
37	1	B	9365	0.15
37	2	F	9365	0.15
38	1	B	9729	0.11
38	2	G	9729	0.11
39	1	B	9714	0.12
39	2	H	9714	0.12
40	1	B	9724	0.12
40	2	I	9724	0.12
41	1	B	9529	0.13
41	2	J	9529	0.13
42	1	B	9285	0.12
42	2	K	9285	0.12
43	1	B	9442	0.12
43	2	L	9442	0.12
44	1	B	9748	0.11
44	2	M	9748	0.11
45	1	B	9347	0.13
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LS精密化 シェル

解像度: 2.798→2.87 Å / Total num. of bins used: 20

	Rfactor	反射数	%反射
Rfree	0.345	445	-
Rwork	0.332	9256	-
obs	-	-	98.73 %