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万見
- PDB-5c9u: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis malate synthase i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c9u
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis malate synthase in complex with 2-(2-(2,4-dichlorophenyl)hydrazinyl)-2-oxoacetic acid
要素Malate synthase G
キーワードTRANSFERASE / Fragment / Complex / acetyl-transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / coenzyme A metabolic process / glyoxylate cycle / glyoxylate catabolic process / fibronectin binding ...host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / coenzyme A metabolic process / glyoxylate cycle / glyoxylate catabolic process / fibronectin binding / laminin binding / tricarboxylic acid cycle / peptidoglycan-based cell wall / cell surface / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Malate synthase G, alpha-beta insertion domain / : / : / Malate synthase, N-terminal domain / Malate synthase, C-terminal / Malate synthase G / Malate synthase, domain III / Malate synthase, domain 3 / Malate synthase, N-terminal and TIM-barrel domains ...: / Malate synthase G, alpha-beta insertion domain / : / : / Malate synthase, N-terminal domain / Malate synthase, C-terminal / Malate synthase G / Malate synthase, domain III / Malate synthase, domain 3 / Malate synthase, N-terminal and TIM-barrel domains / Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4 / Malate synthase, C-terminal superfamily / Malate synthase / Malate synthase superfamily / Malate synthase, TIM barrel domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4Z1 / Malate synthase G
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Huang, H.-L. / Sacchettini, J.C.
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Mycobacterium tuberculosis Malate Synthase Structures with Fragments Reveal a Portal for Substrate/Product Exchange.
著者: Huang, H.L. / Krieger, I.V. / Parai, M.K. / Gawandi, V.B. / Sacchettini, J.C.
#1: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure-guided discovery of phenyl-diketo acids as potent inhibitors of M. tuberculosis malate synthase.
著者: Krieger, I.V. / Freundlich, J.S. / Gawandi, V.B. / Roberts, J.P. / Sun, Q. / Owen, J.L. / Fraile, M.T. / Huss, S.I. / Lavandera, J.L. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Biochemical and structural studies of malate synthase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Smith, C.V. / Huang, C.C. / Miczak, A. / Russell, D.G. / Sacchettini, J.C. / Honer zu Bentrup, K.
履歴
登録2015年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22017年1月11日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate synthase G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7544
ポリマ－80,4571
非ポリマー2983
水11,169620
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area26910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.740, 78.740, 224.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Malate synthase G


分子量: 80456.734 Da / 分子数: 1 / 変異: C619A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: glcB, Rv1837c, MTCY1A11.06 / プラスミド: p6HisF11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P9WK17, malate synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-4Z1 / [2-(2,4-dichlorophenyl)hydrazinyl](oxo)acetic acid


分子量: 249.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6Cl2N2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, magnesium chloride, tris / PH範囲: 7.0-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.949→44.681 Å / Num. obs: 49254 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 18.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000HKL-2000データ削減
SCALEPACKHKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N8I

1n8i


解像度: 1.95→44.68 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 2514 5.1 %
Rwork0.182 --
obs0.185 49250 93.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→44.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5460 0 17 620 6097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095578
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1517585
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8592032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061001
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9487-1.98620.27771340.20272609X-RAY DIFFRACTION95
1.9862-2.02680.23281570.19212730X-RAY DIFFRACTION100
2.0268-2.07080.28311510.18432713X-RAY DIFFRACTION100
2.0708-2.1190.25541260.1772716X-RAY DIFFRACTION100
2.119-2.1720.23671470.17732705X-RAY DIFFRACTION100
2.172-2.23070.25131650.17832734X-RAY DIFFRACTION100
2.2307-2.29630.24031470.17712718X-RAY DIFFRACTION100
2.2963-2.37050.23091460.16982736X-RAY DIFFRACTION100
2.3705-2.45520.22751500.17262712X-RAY DIFFRACTION99
2.4552-2.55350.22151360.17292753X-RAY DIFFRACTION99
2.5535-2.66970.2611560.17482703X-RAY DIFFRACTION99
2.6697-2.81040.25221620.18172705X-RAY DIFFRACTION98
2.8104-2.98640.23251430.18492705X-RAY DIFFRACTION97
2.9864-3.2170.25481470.17842650X-RAY DIFFRACTION95
3.217-3.54060.24461280.17892522X-RAY DIFFRACTION90
3.5406-4.05260.22141220.18012166X-RAY DIFFRACTION77
4.0526-5.10470.2011810.17711865X-RAY DIFFRACTION64
5.1047-44.69260.22191160.20552294X-RAY DIFFRACTION75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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