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- PDB-5boy: X-RAY Co-structure of MMP-13 with ethyl 5-(1-methyl-1H-imidazol-5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5boy
タイトルX-RAY Co-structure of MMP-13 with ethyl 5-(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)-1H-indole-2-Carboxylate
要素Collagenase 3
キーワードHydrolase/Hydrolase inhibitor / Ridgefield / protease / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


growth plate cartilage development / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / endochondral ossification / bone morphogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / bone mineralization / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation ...growth plate cartilage development / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / endochondral ossification / bone morphogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / bone mineralization / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain ...Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4UE / Collagenase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Farrow, N.A.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2011
タイトル: Fragment-based discovery of indole inhibitors of matrix metalloproteinase-13.
著者: Taylor, S.J. / Abeywardane, A. / Liang, S. / Muegge, I. / Padyana, A.K. / Xiong, Z. / Hill-Drzewi, M. / Farmer, B. / Li, X. / Collins, B. / Li, J.X. / Heim-Riether, A. / Proudfoot, J. / ...著者: Taylor, S.J. / Abeywardane, A. / Liang, S. / Muegge, I. / Padyana, A.K. / Xiong, Z. / Hill-Drzewi, M. / Farmer, B. / Li, X. / Collins, B. / Li, J.X. / Heim-Riether, A. / Proudfoot, J. / Zhang, Q. / Goldberg, D. / Zuvela-Jelaska, L. / Zaher, H. / Li, J. / Farrow, N.A.
履歴
登録2015年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Refinement description
改定 1.22015年10月7日Group: Experimental preparation
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: MOE
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: MOE

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagenase 3
B: Collagenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,51114
ポリマ－38,4712
非ポリマー1,04112
水7,080393
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area16100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.079, 36.051, 95.908
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-559-

HOH

21A-576-

HOH

31B-577-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Collagenase 3 / Matrix metalloproteinase-13 / MMP-13


分子量: 19235.383 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 104-274 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 断片: 104-274 / 遺伝子: MMP13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P45452, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-4UE / ethyl 5-(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)-1H-indole-2-carboxylate


分子量: 269.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H15N3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細404 MOL_POTENCY [IC50 in nM] 2000 CDB_METHOD_ID 18655 BRD_ID ZN2 DICTIONARY 1 0 Other ZN2 ZN ZN Zn ...404 MOL_POTENCY [IC50 in nM] 2000 CDB_METHOD_ID 18655 BRD_ID ZN2 DICTIONARY 1 0 Other ZN2 ZN ZN Zn 2 NNN 1 404 DICTIONARY 20 22 Other 404 O11 O11 O 0 NNN 1 404 C10 C10 C 0 NNN 2 404 O12 O12 O 0 NNN 3 404 C13 C13 C 0 NNN 4 404 C14 C14 C 0 NNN 5 404 C8 C8 C 0 YNN 6 404 N7 N7 N 0 YNN 7 404 C6 C6 C 0 YNN 8 404 C3 C3 C 0 YNN 9 404 C2 C2 C 0 YNN 10 404 C9 C9 C 0 YNN 11 404 C5 C5 C 0 YNN 12 404 C4 C4 C 0 YNN 13 404 C1 C1 C 0 YNN 14 404 C16 C16 C 0 YNN 15 404 N17 N17 N 0 YNN 16 404 C20 C20 C 0 NNN 17 404 C18 C18 C 0 YNN 18 404 N19 N19 N 0 YNN 19 404 C15 C15 C 0 YNN 20 404 O11 C10 DOUB NN 1 404 C10 O12 SING NN 2 404 C10 C8 SING NN 3 404 O12 C13 SING NN 4 404 C13 C14 SING NN 5 404 C8 N7 SING YN 6 404 C8 C9 DOUB YN 7 404 N7 C6 SING YN 8 404 C6 C3 DOUB YN 9 404 C6 C5 SING YN 10 404 C3 C2 SING YN 11 404 C2 C1 DOUB YN 12 404 C9 C5 SING YN 13 404 C5 C4 DOUB YN 14 404 C4 C1 SING YN 15 404 C1 C16 SING NN 16 404 C16 N17 SING YN 17 404 C16 C15 DOUB YN 18 404 N17 C20 SING NN 19 404 N17 C18 SING YN 20 404 C18 N19 DOUB YN 21 404 N19 C15 SING YN 22

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% PEG 4000, 1M Ammonimum Formate, 100 mM Tris pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→67.4202 Å / Num. obs: 22828 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.03→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.161 / Mean I/σ(I) obs: 7.27 / % possible all: 63

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.03→67.4202 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 --
Rwork0.16 --
obs-22828 99.56 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→67.4202 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2644 0 50 393 3087
LS精密化 シェル最高解像度: 2.03 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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