+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ake | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ligand complex structure of soluble epoxide hydrolase | ||||||
![]() | BIFUNCTIONAL EPOXIDE HYDROLASE 2 | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oster, L. / Tapani, S. / Xue, Y. / Kack, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Successful Generation of Structural Information for Fragment-Based Drug Discovery. 著者: Oster, L. / Tapani, S. / Xue, Y. / Kack, H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 101.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5ahxSC ![]() 5ai0C ![]() 5ai4C ![]() 5ai5C ![]() 5ai6C ![]() 5ai8C ![]() 5ai9C ![]() 5aiaC ![]() 5aibC ![]() 5aicC ![]() 5ak3C ![]() 5ak4C ![]() 5ak5C ![]() 5ak6C ![]() 5akgC ![]() 5akhC ![]() 5akiC ![]() 5akjC ![]() 5akkC ![]() 5aklC ![]() 5akxC ![]() 5akyC ![]() 5akzC ![]() 5aldC ![]() 5aleC ![]() 5alfC ![]() 5algC ![]() 5alhC ![]() 5aliC ![]() 5aljC ![]() 5alkC ![]() 5allC ![]() 5almC ![]() 5alnC ![]() 5aloC ![]() 5alpC ![]() 5alqC ![]() 5alrC ![]() 5alsC ![]() 5altC ![]() 5aluC ![]() 5alvC ![]() 5alwC ![]() 5alxC ![]() 5alyC ![]() 5alzC ![]() 5am0C ![]() 5am1C ![]() 5am2C ![]() 5am3C ![]() 5am4C ![]() 5am5C C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 62002.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P34913, ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 359分子 ![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/6N0.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/6N0.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-6N0 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 % / 解説: NONE |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU A200-CU / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.26→243.93 Å / Num. obs: 29943 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 37.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 25.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.38 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 5AHX 解像度: 2.26→80.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9386 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU R Cruickshank DPI: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.331 / SU Rfree Blow DPI: 0.221 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.213 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.28 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→80.24 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.26→2.34 Å / Total num. of bins used: 15
|