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万見
- PDB-5acn: STRUCTURE OF ACTIVATED ACONITASE. FORMATION OF THE (4FE-4S) CLUST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5acn
タイトルSTRUCTURE OF ACTIVATED ACONITASE. FORMATION OF THE (4FE-4S) CLUSTER IN THE CRYSTAL
要素ACONITASE
キーワードLYASE(CARBON-OXYGEN)
機能・相同性
機能・相同性情報


aconitate hydratase / aconitate hydratase activity / tricarboxylic acid cycle / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrion / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aconitase, mitochondrial-like / Aconitase, domain 2 / Aconitase; Domain 2 / Aconitase, Domain 2 / Aconitase; domain 3 / Aconitase, domain 3 / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha, subdomain 1/3 / Aconitase family, 4Fe-4S cluster binding site / Aconitase, iron-sulfur domain ...Aconitase, mitochondrial-like / Aconitase, domain 2 / Aconitase; Domain 2 / Aconitase, Domain 2 / Aconitase; domain 3 / Aconitase, domain 3 / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha, subdomain 1/3 / Aconitase family, 4Fe-4S cluster binding site / Aconitase, iron-sulfur domain / Aconitase family (aconitate hydratase) / Aconitase family signature 1. / Aconitase family signature 2. / Aconitase; domain 4 / Aconitase, domain 4 / Aconitase A/isopropylmalate dehydratase small subunit, swivel domain / Aconitase C-terminal domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase, swivel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / TRICARBALLYLIC ACID / Aconitate hydratase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Robbins, A.H. / Stout, C.D.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1989
タイトル: Structure of activated aconitase: formation of the [4Fe-4S] cluster in the crystal.
著者: Robbins, A.H. / Stout, C.D.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1989
タイトル: The Structure of Aconitase
著者: Robbins, A.H. / Stout, C.D.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985
タイトル: Iron-Sulfur Cluster in Aconitase. Crystallographic Evidence for a Three-Iron Center
著者: Robbins, A.H. / Stout, C.D.
履歴
登録1990年1月16日処理サイト: BNL
改定 1.01990年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACONITASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3574
ポリマ－82,7891
非ポリマー5683
水7,332407
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.600, 72.000, 72.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: RESIDUE 325 IS A CIS PROLINE.
2: THE DENSITY FOR THE FOLLOWING REGIONS IS WEAK AND THE FINAL REBUILDING STEPS USED STEREOCHEMICAL CONSIDERATIONS -N-TERMINAL PCA ILE 433 THROUGH GLU 437 THR 488 THROUGH LYS 494 LYS 522 THROUGH GLN ...2: THE DENSITY FOR THE FOLLOWING REGIONS IS WEAK AND THE FINAL REBUILDING STEPS USED STEREOCHEMICAL CONSIDERATIONS -N-TERMINAL PCA ILE 433 THROUGH GLU 437 THR 488 THROUGH LYS 494 LYS 522 THROUGH GLN 527 C-TERMINAL GLN 752 THROUGH LYS 754
3: RESIDUE 647 IS ARG FROM THE DNA SEQUENCE, (H. ZALKIN, PRIVATE COMMUNICATION) BUT CANNOT BE ACCOMODATED AS SUCH IN THE STRUCTURE. IT HAS BEEN MODELLED AS SER, BASED ON THE EXTENT OF THE SIDE CHAIN DENSITY.

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要素

#1: タンパク質 ACONITASE


分子量: 82789.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P16276, aconitate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#4: 化合物 ChemComp-TRC / TRICARBALLYLIC ACID / トリカルバリル酸


分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE STRUCTURE CONSISTS OF FOUR DOMAINS, THE FIRST THREE ARE TIGHTLY ASSOCIATED AND THE FOURTH ...THE STRUCTURE CONSISTS OF FOUR DOMAINS, THE FIRST THREE ARE TIGHTLY ASSOCIATED AND THE FOURTH ASSOCIATES WITH THE FIRST THREE TO FORM A CLEFT TO THE PUTATIVE ACTIVE SITE. THE FOUR DOMAINS CONSIST OF RESIDUES 1-201, 202-319, 320-512, AND 537-754. RESIDUES 513 TO 536 FORM AN EXTENSIVE LINKER PEPTIDE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: referred to J.Biol.Chem. 257.9061-9063
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13.7 Mammonium sulfate1drop
20.5 MTris-HCl1drop
32.2 Mammonium sulfate1reservoir
40.5 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 47583 / Num. measured all: 350360 / Rmerge(I) obs: 0.106

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.1→5 Å / Rfactor Rwork: 0.215
詳細: RESIDUE 647 IS ARG FROM THE DNA SEQUENCE, (H. ZALKIN, PRIVATE COMMUNICATION) BUT CANNOT BE ACCOMODATED AS SUCH IN THE STRUCTURE. IT HAS BEEN MODELLED AS SER, BASED ON THE EXTENT OF THE SIDE ...詳細: RESIDUE 647 IS ARG FROM THE DNA SEQUENCE, (H. ZALKIN, PRIVATE COMMUNICATION) BUT CANNOT BE ACCOMODATED AS SUCH IN THE STRUCTURE. IT HAS BEEN MODELLED AS SER, BASED ON THE EXTENT OF THE SIDE CHAIN DENSITY. SUBSEQUENT TO PUBLICATION, THE N-TERMINUS HAS BEEN SHOWN TO BE PCA, WHICH REQUIRES THAT ALL SEQUENCE NUMBERS BE REDUCED BY ONE. THUS, THE CYSTEINE LIGANDS TO THE FE4S4 CLUSTER ARE 358, 421, AND 424, RATHER THAN THE PUBLISHED 359,422 AND 425. THE SEQUENCE NUMBERS USED IN THIS ENTRY REFLECT THE N-TERMINAL PCA. THE DENSITY FOR THE FOLLOWING REGIONS IS WEAK AND THE FINAL REBUILDING STEPS USED STEREOCHEMICAL CONSIDERATIONS -N-TERMINAL PCA ILE 433 THROUGH GLU 437 THR 488 THROUGH LYS 494 LYS 522 THROUGH GLN 527 C-TERMINAL GLN 752 THROUGH LYS 754
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5823 0 24 407 6254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. reflection all: 43288 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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