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- PDB-5abh: Structure of GH84 with ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5abh
タイトルStructure of GH84 with ligand
要素O-GLCNACASE BT_4395
キーワードHYDROLASE / TIM-BARREL / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


protein O-GlcNAcase / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / protein deglycosylation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Carbohydrate binding module family 32 / Bacterial GH84, post-catalytic domain / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like ...: / : / Carbohydrate binding module family 32 / Bacterial GH84, post-catalytic domain / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YWN / O-GlcNAcase BT_4395
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Bergeron-Brlek, M. / Goodwin-Tindall, J. / Cekic, N. / Varghese, V. / Zandberg, W.F. / Shan, X. / Roth, C. / Chan, S. / Davies, G.J. / Vocadlo, D.J. / Britton, R.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
著者: Bergeron-Brlek, M. / Goodwin-Tindall, J. / Cekic, N. / Roth, C. / Zandberg, W.F. / Shan, X. / Varghese, V. / Chan, S. / Davies, G.J. / Vocadlo, D.J. / Britton, R.
履歴
登録2015年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Structure summary
改定 1.22016年1月27日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-GLCNACASE BT_4395
B: O-GLCNACASE BT_4395
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,7638
ポリマ－167,0152
非ポリマー7486
水11,854658
1
A: O-GLCNACASE BT_4395
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8794
ポリマ－83,5071
非ポリマー3723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: O-GLCNACASE BT_4395
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8844
ポリマ－83,5071
非ポリマー3773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.410, 161.310, 223.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 O-GLCNACASE BT_4395 / BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / BETA-HEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B ...BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / BETA-HEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDASE / GLYCOSIDE HYDROLASE


分子量: 83507.398 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 22-737 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): GOLD
参照: UniProt: Q89ZI2, protein O-GlcNAcase, beta-N-acetylhexosaminidase

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非ポリマー , 5種, 664分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-YWN / 2-[(2R,3S,4R,5R)-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)-1-pentyl-pyrrolidin-2-yl]-N-methyl-ethanamide


分子量: 274.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26N2O4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→129.8 Å / Num. obs: 136504 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.95→130.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 13.589 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25221 6815 5 %RANDOM
Rwork0.2117 ---
obs0.21378 129590 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.257 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.53 Å20 Å20 Å2
2--4.89 Å20 Å2
3----2.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→130.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10915 0 48 658 11621
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01911277
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0210689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3671.95615268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.528324665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6851344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.76124.937553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.555151981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7361553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02112691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.022588
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.891.535397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.891.535396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3882.2876734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2681.6915880
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 521 -
Rwork0.369 9418 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8364-0.17020.00322.4870.37121.8621-0.28310.6422-0.5139-0.57550.40540.23880.6727-0.5586-0.12230.547-0.3862-0.00840.7691-0.03630.192117.080825.5647219.9649
21.24410.2027-0.52650.3576-0.10361.2586-0.01360.13750.10450.03370.08210.0311-0.0321-0.2727-0.06860.0920.0198-0.01980.27090.09520.117221.032643.6407249.5845
31.5592-0.4224-0.5242.4415-0.6062.2775-0.2542-0.28230.64840.35870.10080.0525-0.8958-0.47960.15340.51630.2474-0.31170.3866-0.1940.427726.65255.0478281.6583
42.43460.36040.21343.03861.17933.0316-0.0403-0.27340.4741-0.0664-0.03550.209-0.4371-0.13740.07590.1307-0.00870.00810.2847-0.08730.112616.646828.2849318.0464
51.2733-0.010.14550.7893-0.32011.197-0.05160.0799-0.1774-0.08950.09030.00380.1217-0.1217-0.03870.1237-0.0820.04810.1441-0.02880.118122.054910.0081290.9994
63.4288-1.4261-0.10912.093-0.00881.67630.27070.5061-0.423-0.461-0.1352-0.3410.66090.338-0.13550.5654-0.0851-0.01060.5976-0.05410.259221.08751.9001255.4965
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2A129 - 592
3X-RAY DIFFRACTION3A593 - 715
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5B129 - 592
6X-RAY DIFFRACTION6B593 - 715

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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