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- PDB-5a7j: Crystal structure of INPP5B in complex with benzene 1,2,4,5- tetr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a7j
タイトルCrystal structure of INPP5B in complex with benzene 1,2,4,5- tetrakisphosphate
要素TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / SGC / SIGNALLING / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM STOCKHOLM / MAGNESIUM BINDING / PROTEIN-INHBITOR COMPLEX / INHIBITOR / PHOSPHOINOSITIDES SIGNALLING
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / flagellated sperm motility / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol dephosphorylation / regulation of protein processing / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol ...Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / flagellated sperm motility / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol dephosphorylation / regulation of protein processing / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / phagocytic vesicle membrane / early endosome membrane / spermatogenesis / in utero embryonic development / Golgi apparatus / signal transduction / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
INPP5B, PH domain / Type II inositol 1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase PH domain / : / : / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-like, ASH domain / OCRL1/INPP5B, INPP5c domain / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Deoxyribonuclease I; Chain A ...INPP5B, PH domain / Type II inositol 1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase PH domain / : / : / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-like, ASH domain / OCRL1/INPP5B, INPP5c domain / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Rho GTPase activation protein / 4-Layer Sandwich / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K2Y / Type II inositol 1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tresaugues, L. / Mills, S.J. / Silvander, C. / Cozier, G. / Potter, B.V.L. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of Type-II Inositol Polyphosphate 5-Phosphatase Inpp5B with Synthetic Inositol Polyphosphate Surrogates Reveal New Mechanistic Insights for the Inositol 5-Phosphatase Family.
著者: Mills, S.J. / Silvander, C. / Cozier, G. / Tresaugues, L. / Nordlund, P. / Potter, B.V.L.
履歴
登録2015年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年10月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE
B: TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8039
ポリマ－72,4022
非ポリマー1,4007
水1,36976
1
A: TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7593
ポリマ－36,2011
非ポリマー5582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0436
ポリマ－36,2011
非ポリマー8425
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.261, 94.442, 78.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.72408, 0.00399, -0.68971), (0.00345, -0.99999, -0.00216), (-0.68971, -0.00082, -0.72408)
ベクター: 37.93526, -38.67537, 94.85277)

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要素

#1: タンパク質 TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE / 75 KDA INOSITOL POLYPHOSPHATE-5-PHOSPHATASE / PHOSPHOINOSITIDE 5-PHOSPHATASE / 5PTASE / TYPE II ...75 KDA INOSITOL POLYPHOSPHATE-5-PHOSPHATASE / PHOSPHOINOSITIDE 5-PHOSPHATASE / 5PTASE / TYPE II INOSITOL 1 / 4 / 5-TRISPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE / ISOFORM 2


分子量: 36201.086 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 339-643 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CLONED WITH A C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: MAMMALIAN GENE COLLECTION (MGC) / プラスミド: PNIC-CH2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 PRARE / 参照: UniProt: P32019, phosphoinositide 5-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-K2Y / (2,4,5-triphosphonooxyphenyl) dihydrogen phosphate


分子量: 462.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O16P4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M LI2SO4, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5 AND 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.48 Å / Num. obs: 16223 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 52.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N9V

3n9v


解像度: 2.9→48.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9009 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8422 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: REMARK 3 NULL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2503 813 5 %RANDOM
Rwork0.1996 ---
obs0.2022 16222 99.67 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.2119 Å20 Å27.4842 Å2
2---1.6898 Å20 Å2
3---6.9017 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4955 0 78 76 5109
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.1 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3101 144 4.93 %
Rwork0.2143 2777 -
all0.2192 2921 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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