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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5941 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the small subunit of the mammalian mitochondrial ribosome | |||||||||
マップデータ | mammalian mito-ribosome small subunit structure | |||||||||
試料 |
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キーワード | mammalian mito-ribosome small subunit structure | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / peptide biosynthetic process / mitochondrial ribosome binding / mitochondrial ribosome assembly / positive regulation of mitochondrial translation / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / Mitochondrial protein degradation ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / peptide biosynthetic process / mitochondrial ribosome binding / mitochondrial ribosome assembly / positive regulation of mitochondrial translation / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / Mitochondrial protein degradation / ribosomal small subunit binding / kinase activity / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cell population proliferation / tRNA binding / rRNA binding / mitochondrial inner membrane / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kaushal PS / Sharma MR / Booth TM / Haque E / Tung C / Sanbonmatsu K / Spremulli L / Agrawal RK | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014 タイトル: Cryo-EM structure of the small subunit of the mammalian mitochondrial ribosome. 著者: Prem S Kaushal / Manjuli R Sharma / Timothy M Booth / Emdadul M Haque / Chang-Shung Tung / Karissa Y Sanbonmatsu / Linda L Spremulli / Rajendra K Agrawal / 要旨: The mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are responsible for synthesizing 13 membrane proteins that form essential components of the complexes involved in oxidative phosphorylation or ...The mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are responsible for synthesizing 13 membrane proteins that form essential components of the complexes involved in oxidative phosphorylation or ATP generation for the eukaryotic cell. The mammalian 55S mitoribosome contains significantly smaller rRNAs and a large mass of mitochondrial ribosomal proteins (MRPs), including large mito-specific amino acid extensions and insertions in MRPs that are homologous to bacterial ribosomal proteins and an additional 35 mito-specific MRPs. Here we present the cryo-EM structure analysis of the small (28S) subunit (SSU) of the 55S mitoribosome. We find that the mito-specific extensions in homologous MRPs generally are involved in inter-MRP contacts and in contacts with mito-specific MRPs, suggesting a stepwise evolution of the current architecture of the mitoribosome. Although most of the mito-specific MRPs and extensions of homologous MRPs are situated on the peripheral regions, they also contribute significantly to the formation of linings of the mRNA and tRNA paths, suggesting a tailor-made structural organization of the mito-SSU for the recruitment of mito-specific mRNAs, most of which do not possess a 5' leader sequence. In addition, docking of previously published coordinates of the large (39S) subunit (LSU) into the cryo-EM map of the 55S mitoribosome reveals that mito-specific MRPs of both the SSU and LSU are involved directly in the formation of six of the 15 intersubunit bridges. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5941.map.gz | 186.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5941-v30.xml emd-5941.xml | 11 KB 11 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_5941.gif 80_5941.gif | 51.9 KB 3.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5941 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5941 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5941_validation.pdf.gz | 315.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5941_full_validation.pdf.gz | 315.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5941_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5941 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5941 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5941.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 196.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | mammalian mito-ribosome small subunit structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.17 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : small subunit of mito-ribosome
全体 | 名称: small subunit of mito-ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: small subunit of mito-ribosome
超分子 | 名称: small subunit of mito-ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse / 集合状態: 1 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 1.18 MDa |
-超分子 #1: mito-ribosomal small subunit
超分子 | 名称: mito-ribosomal small subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 28S mito-ribosome / 詳細: Single particle Cryo-EM of mito-ribosome / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: liver / Organelle: mitochondrion |
分子量 | 理論値: 1.18 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.86 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 20 mM HEPES-KOH, pH 7.6, 20 mM MgCl2, 40 mM KCl, 20 mM DTT |
グリッド | 詳細: 300 mesh Quantifoil holey carbon copper grid, carbon support, glow discharged in a plasma cleaner |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FS |
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温度 | 最低: 80 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
日付 | 2009年10月10日 |
撮影 | カテゴリ: FILM フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k) デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 0.5 µm / 実像数: 866553 / 平均電子線量: 9 e/Å2 / カメラ長: 800 / Od range: 1.4 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 59717 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.4 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |