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万見
- EMDB-5923: Architecture and assembly of the archaeal Cdc48-20S proteasome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5923
タイトルArchitecture and assembly of the archaeal Cdc48-20S proteasome
マップデータSingle-particle reconstruction of the archaeal Cdc48-20S proteasome
試料
  • 試料: Archaeal proteasome Cdc48-20S
  • タンパク質・ペプチド: Cdc48
  • タンパク質・ペプチド: 20S alpha subunit
  • タンパク質・ペプチド: 20S beta subunit
キーワードArchaeal proteasome / Cdc48 / architecture / single-particle EM
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome alpha subunit, archaeal / AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / : ...Proteasome alpha subunit, archaeal / AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
VCP-like ATPase / Proteasome subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 42.0 Å
データ登録者Barthelme D / Chen JZ / Grabenstatter J / Baker TA / Sauer RT
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Architecture and assembly of the archaeal Cdc48*20S proteasome.
著者: Dominik Barthelme / James Z Chen / Jonathan Grabenstatter / Tania A Baker / Robert T Sauer /
要旨: ATP-dependent proteases maintain protein quality control and regulate diverse intracellular functions. Proteasomes are primarily responsible for these tasks in the archaeal and eukaryotic domains of ...ATP-dependent proteases maintain protein quality control and regulate diverse intracellular functions. Proteasomes are primarily responsible for these tasks in the archaeal and eukaryotic domains of life. Even the simplest of these proteases function as large complexes, consisting of the 20S peptidase, a barrel-like structure composed of four heptameric rings, and one or two AAA+ (ATPase associated with a variety of cellular activities) ring hexamers, which use cycles of ATP binding and hydrolysis to unfold and translocate substrates into the 20S proteolytic chamber. Understanding how the AAA+ and 20S components of these enzymes interact and collaborate to execute protein degradation is important, but the highly dynamic nature of prokaryotic proteasomes has hampered structural characterization. Here, we use electron microscopy to determine the architecture of an archaeal Cdc48 ⋅ 20S proteasome, which we stabilized by site-specific cross-linking. This complex displays coaxial alignment of Cdc48 and 20S and is enzymatically active, demonstrating that AAA+ unfoldase wobbling with respect to 20S is not required for function. In the complex, the N-terminal domain of Cdc48, which regulates ATP hydrolysis and degradation, packs against the D1 ring of Cdc48 in a coplanar fashion, constraining mechanisms by which the N-terminal domain alters 20S affinity and degradation activity.
履歴
登録2014年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年4月9日-
マップ公開2014年4月9日-
更新2014年5月14日-
現状2014年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5923.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5923.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single-particle reconstruction of the archaeal Cdc48-20S proteasome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.05 Å/pix.
x 64 pix.
= 451.2 Å		7.05 Å/pix.
x 64 pix.
= 451.2 Å		7.05 Å/pix.
x 64 pix.
= 451.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-4.16351271 - 10.672816279999999
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 451.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.057.057.05
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z451.200451.200451.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-4.16410.6730.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Archaeal proteasome Cdc48-20S

全体名称: Archaeal proteasome Cdc48-20S
要素
  • 試料: Archaeal proteasome Cdc48-20S
  • タンパク質・ペプチド: Cdc48
  • タンパク質・ペプチド: 20S alpha subunit
  • タンパク質・ペプチド: 20S beta subunit

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超分子 #1000: Archaeal proteasome Cdc48-20S

超分子名称: Archaeal proteasome Cdc48-20S / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One homo-hexamer of Cdc48 binds to one homo-heptamer of 20S
Number unique components: 3
分子量理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: Cdc48

分子名称: Cdc48 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: p97/VCP/VAT / コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 株: DSM 1728
分子量理論値: 500 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 (DE3) / 組換プラスミド: pET22b
配列UniProtKB: VCP-like ATPase

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分子 #2: 20S alpha subunit

分子名称: 20S alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 集合状態: Heptamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 株: DSM 1728
分子量理論値: 360 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 (DE3) / 組換プラスミド: pRSET-A
配列UniProtKB: Proteasome subunit alpha

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分子 #3: 20S beta subunit

分子名称: 20S beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 7 / 集合状態: Heptamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 株: DSM 1728
分子量理論値: 360 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 (DE3)
配列UniProtKB: Proteasome subunit alpha

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.023 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM HEPES, 100mM KCl, 20mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 1% w/v uranyl acetate for 15 seconds.
グリッド詳細: 400 mesh Cu-grid with thin carbon support, glow-discharged before specimen loading
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
温度最低: 290 K / 最高: 300 K / 平均: 295 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 30,000 times magnification
詳細Weak beam illumination
日付2013年9月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 183 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Every image was 2x-binned before processing. / Od range: 1.4 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 42857 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

詳細Particles were selected manually using the PARTICLE package.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 42.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: PARTICLE / 使用した粒子像数: 4724
最終 2次元分類クラス数: 2612

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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