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- EMDB-5764: A new topology of the HK97-like fold revealed in Bordetella bacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5764
タイトルA new topology of the HK97-like fold revealed in Bordetella bacteriophage by cryoEM at 3.5A resolution
マップデータ3.5A cryoEM structure of Bordetella bacteriophage
試料
  • 試料: Bordetella bacteriophage
  • ウイルス: Bordetella phage BPP-1 (ファージ)
キーワードProtein topology / HK97 like / cryoEM / bacteriophage
機能・相同性Bbp17 / Bbp16
機能・相同性情報
生物種Bordetella phage BPP-1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang X / Guo H / Jin L / Czornyj E / Hodes A / Hui WH / Nieh AW / Miller JF / Zhou ZH
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: A new topology of the HK97-like fold revealed in Bordetella bacteriophage by cryoEM at 3.5 A resolution.
著者: Xing Zhang / Huatao Guo / Lei Jin / Elizabeth Czornyj / Asher Hodes / Wong H Hui / Angela W Nieh / Jeff F Miller / Z Hong Zhou /
要旨: Bacteriophage BPP-1 infects and kills Bordetella species that cause whooping cough. Its diversity-generating retroelement (DGR) provides a naturally occurring phage-display system, but engineering ...Bacteriophage BPP-1 infects and kills Bordetella species that cause whooping cough. Its diversity-generating retroelement (DGR) provides a naturally occurring phage-display system, but engineering efforts are hampered without atomic structures. Here, we report a cryo electron microscopy structure of the BPP-1 head at 3.5 Å resolution. Our atomic model shows two of the three protein folds representing major viral lineages: jellyroll for its cement protein (CP) and HK97-like ('Johnson') for its major capsid protein (MCP). Strikingly, the fold topology of MCP is permuted non-circularly from the Johnson fold topology previously seen in viral and cellular proteins. We illustrate that the new topology is likely the only feasible alternative of the old topology. β-sheet augmentation and electrostatic interactions contribute to the formation of non-covalent chainmail in BPP-1, unlike covalent inter-protein linkages of the HK97 chainmail. Despite these complex interactions, the termini of both CP and MCP are ideally positioned for DGR-based phage-display engineering. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.01299.001.
履歴
登録2013年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年10月23日-
マップ公開2013年12月25日-
更新2014年1月8日-
現状2014年1月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j4u
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j4u
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5764.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5764.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3.5A cryoEM structure of Bordetella bacteriophage
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 680 pix.
= 748. Å		1.1 Å/pix.
x 680 pix.
= 748. Å		1.1 Å/pix.
x 680 pix.
= 748. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.05044425 - 0.10458055
平均 (標準偏差)-0.00510094 (±0.01007237)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-340-340-340
サイズ680680680
Spacing680680680
セルA=B=C: 748.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z680680680
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z748.000748.000748.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-340-340-340
NC/NR/NS680680680
D min/max/mean-0.0500.105-0.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bordetella bacteriophage

全体名称: Bordetella bacteriophage
要素
  • 試料: Bordetella bacteriophage
  • ウイルス: Bordetella phage BPP-1 (ファージ)

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超分子 #1000: Bordetella bacteriophage

超分子名称: Bordetella bacteriophage / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Bordetella phage BPP-1

超分子名称: Bordetella phage BPP-1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Bordetella bacteriophage / NCBI-ID: 194699 / 生物種: Bordetella phage BPP-1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Bordetella bacteriophage
宿主生物種: Bordetella (バクテリア) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: BPP-1 / 直径: 670 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 250 mM NaCl
グリッド詳細: 400 mesh holey carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 80 K
アライメント法Legacy - 非点収差: manual correction / Legacy - Electron beam tilt params: 0
日付2009年7月12日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 895 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 57660 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: eLite3D, Frealign / 使用した粒子像数: 39549
最終 2次元分類クラス数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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