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万見
- EMDB-5719: Electron microscopy of the negatively-stained Cmr complex from Th... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5719
タイトルElectron microscopy of the negatively-stained Cmr complex from Thermus thermophilus HB8.
マップデータ3D structure by EM single particle analysis of negatively-stained images
試料
  • 試料: Cmr complex from Thermus thermophilus
  • タンパク質・ペプチド: Cmr2
  • タンパク質・ペプチド: Cmr3
  • タンパク質・ペプチド: Cmr1
  • タンパク質・ペプチド: Cmr4
  • タンパク質・ペプチド: Cmr5
  • タンパク質・ペプチド: Cmr6
  • RNA: crRNA
キーワードadaptive immune system / cmr complex / CRISPR-Cas / Thermus thermophilus
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein TM1795 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / AF1862-like domain superfamily / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal ...CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein TM1795 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / AF1862-like domain superfamily / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / Cas10/Cmr2, second palm domain / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr6 / CRISPR system Cmr subunit Cmr5 / Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4 / Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr1 / CRISPR-associated protein Cmr3 / GGDEF domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Agari Y / Maki-Yonekura S / Staals RH / van Duijin E / Heck AJ / Yonekura K / van der Oost J / Shinkai A
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2013
タイトル: Structure and activity of the RNA-targeting Type III-B CRISPR-Cas complex of Thermus thermophilus.
著者: Raymond H J Staals / Yoshihiro Agari / Saori Maki-Yonekura / Yifan Zhu / David W Taylor / Esther van Duijn / Arjan Barendregt / Marnix Vlot / Jasper J Koehorst / Keiko Sakamoto / Akiko Masuda ...著者: Raymond H J Staals / Yoshihiro Agari / Saori Maki-Yonekura / Yifan Zhu / David W Taylor / Esther van Duijn / Arjan Barendregt / Marnix Vlot / Jasper J Koehorst / Keiko Sakamoto / Akiko Masuda / Naoshi Dohmae / Peter J Schaap / Jennifer A Doudna / Albert J R Heck / Koji Yonekura / John van der Oost / Akeo Shinkai /
要旨: The CRISPR-Cas system is a prokaryotic host defense system against genetic elements. The Type III-B CRISPR-Cas system of the bacterium Thermus thermophilus, the TtCmr complex, is composed of six ...The CRISPR-Cas system is a prokaryotic host defense system against genetic elements. The Type III-B CRISPR-Cas system of the bacterium Thermus thermophilus, the TtCmr complex, is composed of six different protein subunits (Cmr1-6) and one crRNA with a stoichiometry of Cmr112131445361:crRNA1. The TtCmr complex copurifies with crRNA species of 40 and 46 nt, originating from a distinct subset of CRISPR loci and spacers. The TtCmr complex cleaves the target RNA at multiple sites with 6 nt intervals via a 5' ruler mechanism. Electron microscopy revealed that the structure of TtCmr resembles a "sea worm" and is composed of a Cmr2-3 heterodimer "tail," a helical backbone of Cmr4 subunits capped by Cmr5 subunits, and a curled "head" containing Cmr1 and Cmr6. Despite having a backbone of only four Cmr4 subunits and being both longer and narrower, the overall architecture of TtCmr resembles that of Type I Cascade complexes.
履歴
登録2013年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年8月28日-
マップ公開2013年10月23日-
更新2013年10月23日-
現状2013年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.62
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.62
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5719_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5719.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 309.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D structure by EM single particle analysis of negatively-stained images
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.6 Å/pix.
x 48 pix.
= 220.8 Å		4.6 Å/pix.
x 41 pix.
= 188.6 Å		4.6 Å/pix.
x 41 pix.
= 188.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.62 / ムービー #1: 0.62
最小 - 最大-1.27373731 - 2.00673509
平均 (標準偏差)0.01052072 (±0.40630186)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin424242
サイズ414148
Spacing414148
セルA: 188.59999 Å / B: 188.59999 Å / C: 220.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.64.64.6
M x/y/z414148
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z188.600188.600220.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS424242
NC/NR/NS414148
D min/max/mean-1.2742.0070.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cmr complex from Thermus thermophilus

全体名称: Cmr complex from Thermus thermophilus
要素
  • 試料: Cmr complex from Thermus thermophilus
  • タンパク質・ペプチド: Cmr2
  • タンパク質・ペプチド: Cmr3
  • タンパク質・ペプチド: Cmr1
  • タンパク質・ペプチド: Cmr4
  • タンパク質・ペプチド: Cmr5
  • タンパク質・ペプチド: Cmr6
  • RNA: crRNA

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超分子 #1000: Cmr complex from Thermus thermophilus

超分子名称: Cmr complex from Thermus thermophilus / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: sample was monodisperse / 集合状態: hetero multimer / Number unique components: 7
分子量実験値: 400 KDa / 理論値: 360 KDa / 手法: mass spectorometry

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分子 #1: Cmr2

分子名称: Cmr2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 65 KDa / 理論値: 65 KDa
配列UniProtKB: GGDEF domain-containing protein

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分子 #2: Cmr3

分子名称: Cmr3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
分子量実験値: 40 KDa / 理論値: 40 KDa
配列UniProtKB: CRISPR-associated protein Cmr3

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分子 #3: Cmr1

分子名称: Cmr1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
分子量実験値: 40 KDa / 理論値: 40 KDa
配列UniProtKB: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr1

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分子 #4: Cmr4

分子名称: Cmr4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 集合状態: tetramer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
分子量実験値: 30 KDa / 理論値: 30 KDa
配列UniProtKB: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4

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分子 #5: Cmr5

分子名称: Cmr5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
分子量実験値: 10 KDa / 理論値: 10 KDa
配列UniProtKB: CRISPR system Cmr subunit Cmr5

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分子 #6: Cmr6

分子名称: Cmr6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
分子量実験値: 40 KDa / 理論値: 40 KDa
配列UniProtKB: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr6

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分子 #7: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 7 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
分子量理論値: 20 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 150mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl acetate for 30 seconds.
グリッド詳細: 200 mesh gold grid with thin carbon support
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
日付2011年3月11日
撮影実像数: 105
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

詳細The particles were selected interactively at the computer terminal.
CTF補正詳細: whole micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 8976

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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