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万見
- EMDB-5674: Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5674
タイトルObstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody
マップデータReconstruction of immature Dengue virus complexed with high-concentration 2H2 Fab at pH 7
試料
  • 試料: High-concentration Fab Fragment of 2H2 antibody binding to immature Dengue virus at pH 7
  • ウイルス: Dengue virus (デング熱ウイルス)
キーワードDengue Maturation Immature Dengue Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / complement activation, classical pathway / antigen binding ...immunoglobulin complex / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / complement activation, classical pathway / antigen binding / double-stranded RNA binding / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / adaptive immune response / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / blood microparticle / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / immune response / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / DEAD-like helicases superfamily / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Helicase, C-terminal / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Ig kappa chain V-V region MOPC 21 / : / Genome polyprotein / Igh protein / Anti-colorectal carcinoma light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus (デング熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Wang Z / Li L / Penningtona JG / Sheng J / Yap M / Plevk P / Meng G / Sun L / Jiang W / Rossmann MG
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: Obstruction of dengue virus maturation by Fab fragments of the 2H2 antibody.
著者: Zhiqing Wang / Long Li / Janice G Pennington / Ju Sheng / Moh Lan Yap / Pavel Plevka / Geng Meng / Lei Sun / Wen Jiang / Michael G Rossmann /
要旨: The 2H2 monoclonal antibody recognizes the precursor peptide on immature dengue virus and might therefore be a useful tool for investigating the conformational change that occurs when the immature ...The 2H2 monoclonal antibody recognizes the precursor peptide on immature dengue virus and might therefore be a useful tool for investigating the conformational change that occurs when the immature virus enters an acidic environment. During dengue virus maturation, spiky, immature, noninfectious virions change their structure to form smooth-surfaced particles in the slightly acidic environment of the trans-Golgi network, thereby allowing cellular furin to cleave the precursor-membrane proteins. The dengue virions become fully infectious when they release the cleaved precursor peptide upon reaching the neutral-pH environment of the extracellular space. Here we report on the cryo-electron microscopy structures of the immature virus complexed with the 2H2 antigen binding fragments (Fab) at different concentrations and under various pH conditions. At neutral pH and a high concentration of Fab molecules, three Fab molecules bind to three precursor-membrane proteins on each spike of the immature virus. However, at a low concentration of Fab molecules and pH 7.0, only two Fab molecules bind to each spike. Changing to a slightly acidic pH caused no detectable change of structure for the sample with a high Fab concentration but caused severe structural damage to the low-concentration sample. Therefore, the 2H2 Fab inhibits the maturation process of immature dengue virus when Fab molecules are present at a high concentration, because the three Fab molecules on each spike hold the precursor-membrane molecules together, thereby inhibiting the normal conformational change that occurs during maturation.
履歴
登録2013年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月3日-
マップ公開2013年7月3日-
更新2015年5月13日-
現状2015年5月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j42
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j42
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5674_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5674.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of immature Dengue virus complexed with high-concentration 2H2 Fab at pH 7
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.72 Å/pix.
x 240 pix.
= 892.8 Å		3.72 Å/pix.
x 240 pix.
= 892.8 Å		3.72 Å/pix.
x 240 pix.
= 892.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 2.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-4.58107519 - 13.34346676
平均 (標準偏差)0.61698598 (±1.8204031)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-120-120-120
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 892.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.723.723.72
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z892.800892.800892.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-120-120-120
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-4.58113.3430.617

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : High-concentration Fab Fragment of 2H2 antibody binding to immatu...

全体名称: High-concentration Fab Fragment of 2H2 antibody binding to immature Dengue virus at pH 7
要素
  • 試料: High-concentration Fab Fragment of 2H2 antibody binding to immature Dengue virus at pH 7
  • ウイルス: Dengue virus (デング熱ウイルス)

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超分子 #1000: High-concentration Fab Fragment of 2H2 antibody binding to immatu...

超分子名称: High-concentration Fab Fragment of 2H2 antibody binding to immature Dengue virus at pH 7
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Three Fab fragments bind to three pr on each trimeric spike
Number unique components: 3

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超分子 #1: Dengue virus

超分子名称: Dengue virus / タイプ: virus / ID: 1 / 詳細: immature virus / NCBI-ID: 12637 / 生物種: Dengue virus / Sci species strain: P16881 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 株: C6/36 / 別称: INVERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: prM and E / 直径: 600 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: 100mM phosphate buffer
グリッド詳細: Quantifoil 200 mesh
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度最低: 80 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2011年4月7日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: NIKON COOLSCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 6 µm / 実像数: 49 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 51040 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Film
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: JSPR, EMAN2, EMAN / 使用した粒子像数: 378

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3c6d

ソフトウェア名称: EMFit
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3j42:
Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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