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万見
- EMDB-5584: Life in the extremes: atomic structure of Sulfolobus Turreted Ico... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5584
タイトルLife in the extremes: atomic structure of Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus
マップデータReconstruction of mature STIV
試料
  • 試料: Mature Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus
  • ウイルス: Sulfolobus turreted icosahedral virus (ウイルス)
キーワードVirus assembly / Evolution / Electron microscopy / Archaea
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / C381 turret protein 2nd galactose-binding domain-like / C381 turret protein 1st galactose-binding domain-like / C381 turret protein Nucleoplasmin-like/VP domain / Sulfolobus turreted icosahedral virus 1-like, major capsid protein / : / A223 penton protein second domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Coat protein / Uncharacterized protein / A223 penton protein C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus turreted icosahedral virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Veesler D / Ng TS / Sendamarai AK / Eilers BJ / Lawrence CM / Lok SM / Young MJ / Johnson JE / Fu CY
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013
タイトル: Atomic structure of the 75 MDa extremophile Sulfolobus turreted icosahedral virus determined by CryoEM and X-ray crystallography.
著者: David Veesler / Thiam-Seng Ng / Anoop K Sendamarai / Brian J Eilers / C Martin Lawrence / Shee-Mei Lok / Mark J Young / John E Johnson / Chi-yu Fu /
要旨: Sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV) was isolated in acidic hot springs where it infects the archeon Sulfolobus solfataricus. We determined the STIV structure using near-atomic resolution ...Sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV) was isolated in acidic hot springs where it infects the archeon Sulfolobus solfataricus. We determined the STIV structure using near-atomic resolution electron microscopy and X-ray crystallography allowing tracing of structural polypeptide chains and visualization of transmembrane proteins embedded in the viral membrane. We propose that the vertex complexes orchestrate virion assembly by coordinating interactions of the membrane and various protein components involved. STIV shares the same coat subunit and penton base protein folds as some eukaryotic and bacterial viruses, suggesting that they derive from a common ancestor predating the divergence of the three kingdoms of life. One architectural motif (β-jelly roll fold) forms virtually the entire capsid (distributed in three different gene products), indicating that a single ancestral protein module may have been at the origin of its evolution.
履歴
登録2013年2月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年4月3日-
マップ公開2013年5月1日-
更新2013年11月20日-
現状2013年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j31
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j31
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5584_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5584.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of mature STIV
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 1024 pix.
= 1402.88 Å		1.37 Å/pix.
x 1024 pix.
= 1402.88 Å		1.37 Å/pix.
x 1024 pix.
= 1402.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.19078529 - 0.33287722
平均 (標準偏差)-0.00098297 (±0.01407928)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-512-512-512
サイズ102410241024
Spacing102410241024
セルA: 1402.88 Å / B: 1402.8801 Å / C: 1402.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.371.371.37
M x/y/z102410241024
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1402.8801402.8801402.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-512-512-512
NC/NR/NS102410241024
D min/max/mean-0.1910.333-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mature Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus

全体名称: Mature Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus
要素
  • 試料: Mature Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus
  • ウイルス: Sulfolobus turreted icosahedral virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Mature Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus

超分子名称: Mature Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 5
分子量理論値: 75 MDa

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超分子 #1: Sulfolobus turreted icosahedral virus

超分子名称: Sulfolobus turreted icosahedral virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 269145 / 生物種: Sulfolobus turreted icosahedral virus / Sci species strain: Isolate YNPRC179 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: 2-2-12 / 別称: ARCHAEA
分子量理論値: 75 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: B345-A223 / 直径: 730 Å / T番号(三角分割数): 31

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 3.5
詳細: 23 mM KH2PO4, 19 mM (NH4)2SO4, 1 mM MgSO4, 2 mM CaCl2
グリッド詳細: glow-discharged C-flat holey carbon grids (CF-2/2-4C, Protochips)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 94 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification carried out at room temperature

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 103,000 times magnification
詳細Nanoprobe mode was used
日付2011年3月30日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
実像数: 878 / 平均電子線量: 18 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 102189 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Frealign
詳細: The final reconstruction was sharpened with a negative temperature factor of 400A2.
使用した粒子像数: 8903

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2bbd

ソフトウェア名称: CNS
詳細Positional (xyz) minimization and isotropic B factor refinement. Real space refinement was also carried out using Coot.
精密化空間: RECIPROCAL
得られたモデル

PDB-3j31:
Life in the extremes: atomic structure of Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4il7

ソフトウェア名称: CNS
詳細Positional (xyz) minimization and isotropic B factor refinement. Real space refinement was also carried out using Coot. Only the N-terminal domain was refined using CNS (residues 3-134). The C-terminal domain (residues 135-222) was only rigid-body fit using Coot and an arbitrary B-factor value of 150 A2 was assigned to it.
精密化空間: RECIPROCAL
得られたモデル

PDB-3j31:
Life in the extremes: atomic structure of Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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