+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5425 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM reconstruction of fully-mature capsid of Nudaurelia capensis omega virus (NwV) | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of fully mature NwV capsid | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | T=4 / quasi-equivalence / maturation | |||||||||
生物種 | Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Matsui T / Lander GC / Khayat R / Johnson JE | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010 タイトル: Subunits fold at position-dependent rates during maturation of a eukaryotic RNA virus. 著者: Tsutomu Matsui / Gabriel C Lander / Reza Khayat / John E Johnson / 要旨: Effective antiviral agents are difficult to develop because of the close relationship between the cell biology of the virus and host. However, viral capsid maturation, the in vivo process where the ...Effective antiviral agents are difficult to develop because of the close relationship between the cell biology of the virus and host. However, viral capsid maturation, the in vivo process where the particle transitions from a noninfectious provirion to an infectious virion, is an ideal process to interrupt because the provirion is usually fragile and the conversion to the virion often involves large conformational changes and autocatalytic chemistry that can be hampered by small molecules. The Nudaurelia capensis omega virus (N omegaV) is one of the few eukaryotic viruses where this process can be investigated in vitro with a variety of biophysical methods, allowing fundamental chemical and structural principles of the maturation to be established. It has a T = 4 quasi-equivalent capsid with a dramatic maturation pathway that includes a particle size reduction of 100 A and an autocatalytic cleavage. Here we use cryo-EM and difference maps, computed at three time points following maturation initiation, to show that regions of N omegaV subunit folding are maturation dependent and occur at rates determined by their quasi-equivalent position in the capsid, explaining the unusual kinetics of the maturation cleavage. This study shows that folding is rapid and peptide chain self-cleavage occurs early for subunits adjacent to 3-fold and 5-fold icosahedral symmetry elements and that folding is slower in regions where molecular switches are required for the formation of the proper interfacial contacts. The results connect viral maturation to the well-studied assembly-dependent folding that occurs in the formation of cellular complexes. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5425.map.gz | 27.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-5425-v30.xml emd-5425.xml | 8.6 KB 8.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5425_1.png | 157.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5425 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5425 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5425_validation.pdf.gz | 78.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_5425_full_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5425_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5425 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5425 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5425.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Reconstruction of fully mature NwV capsid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.768 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Fully-mature capsid of Nudaurelia capensis omega virus (NwV)
全体 | 名称: Fully-mature capsid of Nudaurelia capensis omega virus (NwV) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Fully-mature capsid of Nudaurelia capensis omega virus (NwV)
超分子 | 名称: Fully-mature capsid of Nudaurelia capensis omega virus (NwV) タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral virus / Number unique components: 1 |
---|
-超分子 #1: Nudaurelia capensis omega virus
超分子 | 名称: Nudaurelia capensis omega virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: NwV (N omega V) / NCBI-ID: 12541 / 生物種: Nudaurelia capensis omega virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: NwV (N omega V) |
---|---|
宿主 | 生物種: Lepidoptera (昆虫) / 別称: INVERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 400 Å / T番号(三角分割数): 4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 20 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 5 / 詳細: 50mM NaOAc, 250mM NaCl |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: Blot for 4sec before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
---|---|
日付 | 2007年6月19日 |
撮影 | 実像数: 228 / 平均電子線量: 16.5 e/Å2 詳細: Data were collected using the Leginon automated electron microscopy package and data processing was performed using the Appion pipeline. |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each image |
---|---|
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN 詳細: Data processing was performed using the Appion pipeline. 使用した粒子像数: 24514 |