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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5209 | |||||||||
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タイトル | Epsilon15 asymmetric reconstruction using conventional cryo-EM | |||||||||
マップデータ | asymmetric reconstruction of epsilon15 from conventional cryoEM particles | |||||||||
試料 |
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キーワード | Electron microscopy / phase plate / Bacteriophage / epsilon15 | |||||||||
生物種 | epsilon15 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Murata K / Liu X / Danev R / Jakana J / Schmid MF / King J / Nagayama K / Chiu W | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2010 タイトル: Zernike phase contrast cryo-electron microscopy and tomography for structure determination at nanometer and subnanometer resolutions. 著者: Kazuyoshi Murata / Xiangan Liu / Radostin Danev / Joanita Jakana / Michael F Schmid / Jonathan King / Kuniaki Nagayama / Wah Chiu / 要旨: Zernike phase contrast cryo-electron microscopy (ZPC-cryoEM) is an emerging technique that is capable of producing higher image contrast than conventional cryoEM. By combining this technique with ...Zernike phase contrast cryo-electron microscopy (ZPC-cryoEM) is an emerging technique that is capable of producing higher image contrast than conventional cryoEM. By combining this technique with advanced image processing methods, we achieved subnanometer resolution for two biological specimens: 2D bacteriorhodopsin crystal and epsilon15 bacteriophage. For an asymmetric reconstruction of epsilon15 bacteriophage, ZPC-cryoEM can reduce the required amount of data by a factor of approximately 3, compared with conventional cryoEM. The reconstruction was carried out to 13 A resolution without the need to correct the contrast transfer function. New structural features at the portal vertex of the epsilon15 bacteriophage are revealed in this reconstruction. Using ZPC cryo-electron tomography (ZPC-cryoET), a similar level of data reduction and higher resolution structures of epsilon15 bacteriophage can be obtained relative to conventional cryoET. These results show quantitatively the benefits of ZPC-cryoEM and ZPC-cryoET for structural determinations of macromolecular machines at nanometer and subnanometer resolutions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5209.map.gz | 97.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5209-v30.xml emd-5209.xml | 9.6 KB 9.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd=5209_1.png | 317.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5209 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5209 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5209_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5209_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5209_validation.xml.gz | 492 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5209 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5209 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5209.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 711.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | asymmetric reconstruction of epsilon15 from conventional cryoEM particles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.95 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Epsilon15
全体 | 名称: Epsilon15 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Epsilon15
超分子 | 名称: Epsilon15 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / Number unique components: 6 |
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分子量 | 理論値: 500 KDa |
-超分子 #1: epsilon15
超分子 | 名称: epsilon15 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: bacteriophage / 生物種: epsilon15 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: bacteriophage |
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宿主 | 生物種: Salmonella (サルモネラ菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris pH7.5, 25 mM NaCl and 5 mM MgCl2 |
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グリッド | 詳細: Quantifoil R2/2 grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: vitrobot / 手法: Blot for 2 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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温度 | 平均: 90 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: JEOL エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
詳細 | Weak beam illumination |
日付 | 2009年12月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k) 実像数: 722 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.3 mm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | The particles were selected using the consistency criterion of MPSA |
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CTF補正 | 詳細: each micrograph |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MPSA / 詳細: the map was reconstructed with ctf correction. / 使用した粒子像数: 17800 |