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万見
- EMDB-5128: Reconstruction of ParM in the closed state using cryo-EM -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5128
タイトルReconstruction of ParM in the closed state using cryo-EM
マップデータReconstruction of ParM in the closed state
試料
  • 試料: ParM
  • タンパク質・ペプチド: ParM
キーワードpolymorphic protein polymers
機能・相同性Plasmid segregation protein ParM/StbA / : / Plasmid segregation protein ParM, N-terminal / Plasmid segregation protein ParM, C-terminal / ParM-like / plasmid partitioning / ATPase, nucleotide binding domain / identical protein binding / Plasmid segregation protein ParM
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Galkin VE / Orlova A / Rivera C / Mullins RD / Egelman EH
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural polymorphism of the ParM filament and dynamic instability.
著者: Vitold E Galkin / Albina Orlova / Chris Rivera / R Dyche Mullins / Edward H Egelman /
要旨: Segregation of the R1 plasmid in bacteria relies on ParM, an actin homolog that segregates plasmids by switching between cycles of polymerization and depolymerization. We find similar polymerization ...Segregation of the R1 plasmid in bacteria relies on ParM, an actin homolog that segregates plasmids by switching between cycles of polymerization and depolymerization. We find similar polymerization kinetics and stability in the presence of either ATP or GTP and a 10-fold affinity preference for ATP over GTP. We used electron cryo-microscopy to evaluate the heterogeneity within ParM filaments. In addition to variable twist, ParM has variable axial rise, and both parameters are coupled. Subunits in the same ParM filaments can exist in two different structural states, with the nucleotide-binding cleft closed or open, and the bound nucleotide biases the distribution of states. The interface between protomers is different between these states, and in neither state is it similar to F-actin. Our results suggest that the closed state of the cleft is required but not sufficient for ParM polymerization, and provide a structural basis for the dynamic instability of ParM filaments.
履歴
登録2009年8月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年8月24日-
マップ公開2009年9月17日-
更新2014年4月2日-
現状2014年4月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3iku
  • 表面レベル: 2000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5128_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of ParM in the closed state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.38 Å/pix.
x 200 pix.
= 476. Å		2.38 Å/pix.
x 100 pix.
= 238. Å		2.38 Å/pix.
x 100 pix.
= 238. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1000.0 / ムービー #1: 2000
最小 - 最大-1110.42578125 - 6755.08984375
平均 (標準偏差)95.112388609999996 (±599.969482419999963)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-100
サイズ100100200
Spacing100100200
セルA: 238.00002 Å / B: 238.00002 Å / C: 476.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.382.382.38
M x/y/z100100200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z238.000238.000476.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-50-100
NC/NR/NS100100200
D min/max/mean-1110.4266755.09095.112

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ParM

全体名称: ParM
要素
  • 試料: ParM
  • タンパク質・ペプチド: ParM

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超分子 #1000: ParM

超分子名称: ParM / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: ParM

分子名称: ParM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ParM / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 24.3 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 165.2 °

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1mwk

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-3iku:
Structural model of ParM filament in closed state from cryo-EM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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