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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50498 | |||||||||||||||
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タイトル | Expanded CVB1-VLP (Tween80) | |||||||||||||||
マップデータ | Density map of expanded CVB1 VLP in presence of Tween80 resolved to 2.15 A resolution. | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | coxsackievirus B1 / vaccine / Tween80 / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / monoatomic ion transmembrane transport / nucleoside-triphosphate phosphatase / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Plavec Z / Butcher SJ | |||||||||||||||
資金援助 | フィンランド, 4件
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引用 | ジャーナル: Res Sq / 年: 2024 タイトル: Comparison of structure and immunogenicity of CVB1-VLP and inactivated CVB1 vaccine candidates. 著者: Saana Soppela / Zlatka Plavec / Stina Gröhn / Minne Jartti / Sami Oikarinen / Mira Laajala / Varpu Marjomaki / Sarah J Butcher / Minna M Hankaniemi 要旨: Coxsackievirus B1 (CVB1) is a common cause of acute and chronic myocarditis, dilated cardiomyopathy and aseptic meningitis. However, no CVB-vaccines are available for human use. In this study, we ...Coxsackievirus B1 (CVB1) is a common cause of acute and chronic myocarditis, dilated cardiomyopathy and aseptic meningitis. However, no CVB-vaccines are available for human use. In this study, we investigated the immunogenicity of virus-like particle (VLP) and inactivated whole-virus vaccines for CVB1 when administrated to mice via either subcutaneous or intranasal routes formulated with and without commercial and experimental adjuvants. Here, the potential of utilizing epigallocatechin-3-gallate (EGCG) as a mucosal adjuvant synergistically with its ability to inactivate the virus were investigated. EGCG had promising adjuvant properties for CVB1-VLP when administered via the parenteral route but limited efficacy via intranasal administration. However, intranasal administration of the formalin-inactivated virus induced high CVB1-specific humoral, cellular, and mucosal immune responses. Also, based on CVB1-specific IgG-antibody responses, we conclude that CVB1-VLP can be taken up by immune cells when administrated intranasally and further structural engineering for the VLP may increase the mucosal immunogenicity. The preparations contained mixtures of compact and expanded A particles with 85% expanded in the formalin-inactivated virus, but only 52% in the VLP observed by cryogenic electron microscopy. To correlate the structure to immunogenicity, we solved the structures of the CVB1-VLP and the formalin-inactivated CVB1 virus at resolutions ranging from 2.15 A to 4.1 A for the expanded and compact VLP and virus particles by image reconstruction. These structures can be used in designing mutations increasing the stability and immunogenicity of CVB1-VLP in the future. Overall, our results highlight the potential of using formalin inactivated CVB1 vaccine in mucosal immunization programs and provide important information for future development of VLP-based vaccines against all enteroviruses. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50498.map.gz | 118.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50498-v30.xml emd-50498.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_50498_fsc.xml | 13.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_50498.png | 69.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-50498.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_50498_half_map_1.map.gz emd_50498_half_map_2.map.gz | 225 MB 225 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50498 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50498 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_50498_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_50498_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_50498_validation.xml.gz | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_50498_validation.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50498 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50498 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9fjdMC 9fjcC 9fjeC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50498.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Density map of expanded CVB1 VLP in presence of Tween80 resolved to 2.15 A resolution. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map of expanded CVB1 VLP in presence of Tween80.
ファイル | emd_50498_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of expanded CVB1 VLP in presence of Tween80. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of expanded CVB1 VLP in presence of Tween80.
ファイル | emd_50498_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of expanded CVB1 VLP in presence of Tween80. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Coxsackievirus B1
全体 | 名称: Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Coxsackievirus B1
超分子 | 名称: Coxsackievirus B1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Coxsackievirus B1 virus-like particle based on CVB1-10796, isolated from Argentina. NCBI-ID: 12071 / 生物種: Coxsackievirus B1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 25.013381 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: SRSESSIENF LCRSACVYYA TYTNNSKKGF AEWVINTRQV AQLRRKLELF TYLRFDLELT FVITSAQQPS TASSVDAPVQ THQIMYVPP GGPVPTKVKD YAWQTSTNPS VFWTEGNAPP RMSIPFISIG NAYSCFYDGW TQFSRNGVYG INTLNNMGTL Y MRHVNEAG ...文字列: SRSESSIENF LCRSACVYYA TYTNNSKKGF AEWVINTRQV AQLRRKLELF TYLRFDLELT FVITSAQQPS TASSVDAPVQ THQIMYVPP GGPVPTKVKD YAWQTSTNPS VFWTEGNAPP RMSIPFISIG NAYSCFYDGW TQFSRNGVYG INTLNNMGTL Y MRHVNEAG QGPIKSTVRI YFKPKHVKAW VPRPPRLCQY EKQKNVNFSP IGVTTSRTDI IT UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Capsid protein VP2
分子 | 名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 27.71035 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: RVRSITLGNS TITTQECNNV VVGYGVWPEY LKDNEATAED QPTQPDVATC RFYTLESVQW MKNSAGWWWK LPDALSQMGL FGQNMQYHY LGRTGYTIHV QCNASKFHQG CLLVVCVPEA EMGCSNLNNT PEFSELSGGD SARMFTDTQV GESNAKKVQT A VWNAGMGV ...文字列: RVRSITLGNS TITTQECNNV VVGYGVWPEY LKDNEATAED QPTQPDVATC RFYTLESVQW MKNSAGWWWK LPDALSQMGL FGQNMQYHY LGRTGYTIHV QCNASKFHQG CLLVVCVPEA EMGCSNLNNT PEFSELSGGD SARMFTDTQV GESNAKKVQT A VWNAGMGV GVGNLTIFPH QWINLRTNNS ATLVMPYINS VPMDNMFRHN NLTLMIIPFV PLNYSEGSSP YVPITVTIAP MC AEYNGLR LA UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: Capsid protein VP3
分子 | 名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 25.545963 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: GLPVMTTPGS TQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMQIPGRV NNLMEIAEVD SVVPVNNTED NVSSLKAYQI PVQSNSDNGK QVFGFPLQP GANNVLNRTL LGEILNYYTH WSGSIKLTFM FCGSAMATGK FLLAYSPPGA GVPKNRKDAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCV ...文字列: GLPVMTTPGS TQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMQIPGRV NNLMEIAEVD SVVPVNNTED NVSSLKAYQI PVQSNSDNGK QVFGFPLQP GANNVLNRTL LGEILNYYTH WSGSIKLTFM FCGSAMATGK FLLAYSPPGA GVPKNRKDAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCV PWISQTHYRY VVEDEYTAAG YVTCWYQTNI VVPADVQSSC DILCFVSACN DFSVRMLKDT PFIR UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 63.368 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.1 µm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |