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万見
- EMDB-5037: 3D EM map of E.coli NhaA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5037
タイトル3D EM map of E.coli NhaA
マップデータNhaA
試料
  • 試料: 3D EM map of NhaA 2D crystals
  • 細胞器官・細胞要素: NhaA
キーワードSodium proton antiporter
機能・相同性
機能・相同性情報


response to alkaline pH / sodium:proton antiporter activity / cardiolipin binding / response to salt stress / regulation of intracellular pH / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na+/H+ antiporter NhaA / Na+/H+ antiporter domain superfamily / Na+/H+ antiporter 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) antiporter NhaA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Williams K / Kuehlbrandt W
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Three-dimensional structure of the ion-coupled transport protein NhaA.
著者: K A Williams /
要旨: Ion-coupled membrane-transport proteins, or secondary transporters, comprise a diverse and abundant group of membrane proteins that are found in all organisms. These proteins facilitate solute ...Ion-coupled membrane-transport proteins, or secondary transporters, comprise a diverse and abundant group of membrane proteins that are found in all organisms. These proteins facilitate solute accumulation and toxin removal against concentration gradients using energy supplied by ion gradients across membranes. NhaA is a Na+/H+ antiporter of relative molecular mass 42,000, which is found in the inner membrane of Escherichia coli, and which has been cloned and characterized. NhaA uses the H+ electrochemical gradient to expel Na+ from the cytoplasm, and functions primarily in the adaptation to high salinity at alkaline pH. Most secondary transporters, including NhaA, are predicted to have 12 transmembrane helices. Here we report the structure of NhaA, at 7 A resolution in the membrane plane and at 14 A vertical resolution, determined from two-dimensional crystals using electron cryo-microscopy. The three-dimensional map of NhaA reveals 12 tilted, bilayer-spanning helices. A roughly linear arrangement of six helices is adjacent to a compact bundle of six helices, with the density for one helix in the bundle not continuous through the membrane. The molecular organization of NhaA represents a new membrane-protein structural motif and offers the first insights into the architecture of an ion-coupled transport protein.
履歴
登録2008年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年12月23日-
マップ公開2009年5月5日-
更新2016年11月9日-
現状2016年11月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3fi1
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3fi1
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5037_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5037.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 335 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈NhaA
ボクセルのサイズX: 1.97917 Å / Y: 2.06136 Å / Z: 2.08333 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 8.0 / ムービー #1: 8
最小 - 最大-29.815614700000001 - 61.20326996
平均 (標準偏差)-0.14365764 (±8.409098630000001)
対称性空間群: 18
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-20-19-28
サイズ413856
Spacing882496
セルA: 47.50008 Å / B: 181.39967 Å / C: 199.99966 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.97916666666672.06136363636362.0833333333333
M x/y/z248896
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z47.500181.400200.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-20-28-19
NX/NY/NZ415638
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-19-20-28
NC/NR/NS384156
D min/max/mean-29.81661.203-0.144

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 3D EM map of NhaA 2D crystals

全体名称: 3D EM map of NhaA 2D crystals
要素
  • 試料: 3D EM map of NhaA 2D crystals
  • 細胞器官・細胞要素: NhaA

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超分子 #1000: 3D EM map of NhaA 2D crystals

超分子名称: 3D EM map of NhaA 2D crystals / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: 2D crystals / 集合状態: Dimer / Number unique components: 2

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超分子 #1: NhaA

超分子名称: NhaA / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: NhaA / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3000SFF
温度最低: 4 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION
試料ステージ試料ホルダー: Holder / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 45 / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 45 °

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画像解析

詳細ab is plane as defined by unit cell parameters (s.g P 21 21 2)
最終 再構成ソフトウェア - 名称: CCP4
結晶パラメータ単位格子 - A: 47.50 Å / 単位格子 - B: 181.40 Å / 単位格子 - C: 200.00 Å / 単位格子 - γ: 90.00 ° / 単位格子 - α: 90.00 ° / 単位格子 - β: 90.00 ° / 面群: P 2 21 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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