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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v9p | |||||||||
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タイトル | Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G | |||||||||
要素 |
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キーワード | ribosome/antibiotic / Protein biosynthesis / ribosome / RNA / EF-G / elongation / factor / GTP / GDPCP / viomycin / tRNA / tranlocation / exit / peptidyl / 50S / 70S / 23S / ribosomal subunit / ribosome-antibiotic complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / translational elongation / transcriptional attenuation ...ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / translational elongation / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translation elongation factor activity / four-way junction DNA binding / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / DNA endonuclease activity / response to reactive oxygen species / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Streptomyces (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Pulk, A. / Cate, J.H.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2013 タイトル: Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G. 著者: Pulk, A. / Cate, J.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v9p.cif.gz | 14.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v9p.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v9p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4v9p_validation.pdf.gz | 3.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4v9p_full_validation.pdf.gz | 5.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4v9p_validation.xml.gz | 1.4 MB | 表示 | |
CIF形式データ | 4v9p_validation.cif.gz | 2.1 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/4v9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/4v9p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 12分子 AACAEAGAABCBEBGBBADAFAHA
#1: RNA鎖 | 分子量: 941612.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: GenBank: AP012306.1 #2: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: GenBank: AP012306.1 #33: RNA鎖 | 分子量: 499690.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: GenBank: AP012306.1 |
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+50S ribosomal protein ... , 30種, 118分子 ACCCECGCADCDEDGDAECEEEGEAFCFEFGFAGCGEGGGAHCHEHGHAICIEIGIAJCJ...
-30S ribosomal protein ... , 20種, 80分子 BBDBFBHBBCDCFCHCBDDDFDHDBEDEFEHEBFDFFFHFBGDGFGHGBHDHFHHHBIDI...
#34: タンパク質 | 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7V0 #35: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7V3 #36: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7V8 #37: タンパク質 | 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7W1 #38: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P02358 #39: タンパク質 | 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P02359 #40: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7W7 #41: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7X3 #42: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7R5 #43: タンパク質 | 分子量: 13870.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7R9 #44: タンパク質 | 分子量: 13768.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7S3 #45: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7S9 #46: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0AG59 #47: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0ADZ4 #48: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7T3 #49: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0AG63 #50: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7T7 #51: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7U3 #52: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P0A7U7 #53: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k-12 / 参照: UniProt: P68679 |
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-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 7分子 BVDVFVHVBWDWFW
#54: タンパク質 | 分子量: 77676.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: fusA / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A6M8 #55: タンパク質・ペプチド | |
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-非ポリマー , 4種, 4224分子
#56: 化合物 | ChemComp-MG / #57: 化合物 | ChemComp-ZN / #58: 化合物 | ChemComp-GCP / #59: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 24 |
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-試料調製
結晶 |
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結晶化 |
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→70 Å / Num. obs: 1984536 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(F): 0.58 / Observed criterion σ(I): 0.58 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→70 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.89 / σ(F): 0.58 詳細: Zero B values occur for some waters due to scaling from the use of bulk solvent correction in the refinement
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原子変位パラメータ | Biso max: 145.92 Å2 / Biso mean: 32.7421 Å2 / Biso min: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→70 Å
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