PDB-4d2w: Structure of MELK in complex with inhibitors

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d2w

タイトル

Structure of MELK in complex with inhibitors

要素

MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

キーワード

TRANSFERASE / FRAGMENT BASED DRUG DESIGN

機能・相同性

機能・相同性情報

neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / cell population proliferation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 / OTHER / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. ...

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Fragment-Based Discovery of Type I Inhibitors of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase
著者: Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. / Hamlett, C.C.F. / Howard, S. / Meerpoel, ...

履歴

登録	2014年5月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月28日	Group: Database references
改定 1.2	2018年4月4日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d2w.cif.gz	548 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d2w.ent.gz	452.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4d2w_validation.pdf.gz	747 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d2w_full_validation.pdf.gz	769.2 KB	表示
XML形式データ	4d2w_validation.xml.gz	57.5 KB	表示
CIF形式データ	4d2w_validation.cif.gz	84.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/4d2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/4d2w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d2pC 4d2tC 4d2vC 4umpC 4umqC 4umrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d2p-2 4d2v-2 5twu-d 4d2v-1 6sjy-d 4ump-1 5gkq-2 6gvx-d 1h0m-2 5dxa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

B: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

C: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

D: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

ヘテロ分子

165 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

D: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

C: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.956, 74.947, 78.216
Angle α, β, γ (deg.)	85.74, 70.07, 89.94
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE / HMELK / PROTEIN KINASE EG3 / PEG3 KINASE / PROTEIN KINASE PK38 / HPK38 / TYROSINE-PROTEIN KINASE MELK / MELK 分子量: 40876.273 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: IMAGE CLONE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q14680, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-NF5 / 4-bromo-N-(2,3,4,5-tetrahydro-1H-3-benzazepin-7-yl)benzamide 分子量: 345.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₇BrN₂O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1077 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	HIS TAG ADDED AND C-TERMINAL RESIDUES NOT INCLUDED (304)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月24日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→35.01 Å / Num. obs: 107563 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0.75 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 35.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 4.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.5	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.92→35.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9404 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9112 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.182 / SU R_free Blow DPI: 0.162 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.162
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY ATOMS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2468	5074	5 %	RANDOM
R_work	0.2008	-	-	-
obs	0.2031	101580	94.76 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.817 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.559 Å²	1.7634 Å²	-1.7244 Å²
2-	-	-2.8762 Å²	-0.6897 Å²
3-	-	-	-2.6827 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.275 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→35.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10332	0	84	1077	11493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.012	10697	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.1	14467	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3796	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		254	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1559	HARMONIC	16
X-RAY DIFFRACTION	t_it		10697	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	6.16
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.94
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1346	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		12811	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2685	285	4.85 %
R_work	0.2326	5589	-
all	0.2344	5874	-
obs	-	-	94.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5438	-0.6188	-0.054	0.5127	1.0068	2.8511	0.04	0.1564	0.1848	-0.1324	-0.1028	-0.1218	-0.1976	0.1849	0.0628	0.0028	0.0872	0.0414	-0.0332	0.0483	-0.0538	8.7217	-0.5381	-12.4053
2	3.3563	-0.725	-0.815	1.9329	0.1578	1.3673	-0.0727	-0.2011	0.1593	0.2016	0.0766	0.053	-0.0586	-0.0971	-0.0039	0.0153	0.1092	0.0435	-0.0807	-0.0073	-0.1555	-11.1656	3.9436	6.024
3	2.8762	-3.0136	-0.8924	3.9029	0.5097	4.4553	-0.1173	-0.0902	-0.1586	0.3126	-0.0729	-0.223	0.4438	0.6351	0.1901	-0.0639	0.1506	-0.035	-0.0063	0.0401	-0.0551	19.6749	-11.3264	-0.5881
4	3.136	0.6769	-0.7949	1.8628	-0.6671	1.7732	-0.2804	0.3573	0.0264	-0.3027	0.2305	-0.1003	0.0702	0.0004	0.05	-0.1064	-0.028	0.0267	-0.0118	-0.0186	-0.0328	-3.0186	-34.3839	-20.8843
5	2.3192	-0.16	-0.5797	1.2855	-0.0923	2.0084	-0.0773	-0.067	0.1207	0.0931	0.0646	0.0938	0.0306	0.0608	0.0126	-0.0628	0.0726	0.0199	-0.0995	-0.0041	-0.0257	-23.2575	-35.1813	-2.6147
6	2.6876	-0.8113	0.9057	0.796	1.7681	1.9041	-0.0242	-0.3062	-0.4724	0.1941	0.0201	-0.311	0.1558	0.3595	0.0042	-0.213	0.0417	-0.0392	0.0737	0.0899	0.0914	10.6684	-38.5104	-7.7266
7	2.8932	1.1688	-0.5041	1.7411	-1.662	2.8836	0.0695	-0.4346	0.4308	0.2175	-0.0622	0.1981	-0.207	-0.0812	-0.0072	-0.0886	-0.0289	0.0155	-0.081	-0.0896	0.0197	-26.8392	-38.4203	-30.9399
8	8.354	3.0385	-1.2344	3.3437	-0.4567	1.2855	-0.1705	0.4715	0.2815	-0.2772	0.1863	-0.0248	0.1081	-0.0312	-0.0158	-0.0922	-0.0289	0.0084	-0.2122	0.0033	-0.1494	-6.9047	-33.3071	-49.1297
9	2.8158	2.994	-0.3491	6.3082	0.5651	2.2293	-0.1181	0.345	0.1434	-0.3034	-0.0249	0.5427	0.2578	-0.3415	0.1431	-0.1012	-0.0981	-0.1056	-0.0515	0.0149	0.0208	-37.5799	-48.5929	-43.0603
10	1.5069	-0.1862	-0.3136	1.0956	-0.1696	1.7684	-0.1315	-0.2275	0.0068	0.2049	0.0898	0.0053	-0.0338	-0.2034	0.0417	-0.0469	0.0443	0.0311	0.0394	-0.0068	-0.0698	-14.867	3.0077	-22.533
11	2.3076	-0.0984	-0.4316	1.1204	0.0731	2.2534	-0.0121	0.0312	0.1918	-0.0983	0.0273	-0.0734	-0.0447	0.0572	-0.0152	-0.0403	-0.0075	0.0344	-0.077	-0.0002	-0.0751	5.516	2.67	-40.9229
12	7.2056	0.0383	1.833	1.3637	-1.3047	3.1521	0.0237	0.3918	-0.3932	-0.3462	0.0833	0.3319	0.3535	-0.4444	-0.1069	-0.1352	-0.0345	-0.0068	0.0321	-0.0466	-0.0745	-28.8711	-0.8608	-35.5835

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|91 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|92 - A\|274 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|275 - A\|333 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|1 - B\|91 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ B\|92 - B\|274 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ B\|275 - B\|333 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ C\|1 - C\|91 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ C\|92 - C\|274 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ C\|275 - C\|333 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ D\|1 - D\|91 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ D\|92 - D\|274 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ D\|275 - D\|333 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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