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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d2q | ||||||
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タイトル | Negative-stain electron microscopy of E. coli ClpB mutant E432A (BAP form bound to ClpP) | ||||||
![]() | CLPB | ||||||
![]() | CHAPERONE / DISAGGREGASE / CLPB / BAP / COILED-COIL DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein unfolding / cellular response to heat / response to heat / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18 Å | ||||||
![]() | Carroni, M. / Kummer, E. / Oguchi, Y. / Clare, D.K. / Wendler, P. / Sinning, I. / Kopp, J. / Mogk, A. / Bukau, B. / Saibil, H.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Head-to-tail interactions of the coiled-coil domains regulate ClpB activity and cooperation with Hsp70 in protein disaggregation. 著者: Marta Carroni / Eva Kummer / Yuki Oguchi / Petra Wendler / Daniel K Clare / Irmgard Sinning / Jürgen Kopp / Axel Mogk / Bernd Bukau / Helen R Saibil / ![]() ![]() 要旨: The hexameric AAA+ chaperone ClpB reactivates aggregated proteins in cooperation with the Hsp70 system. Essential for disaggregation, the ClpB middle domain (MD) is a coiled-coil propeller that binds ...The hexameric AAA+ chaperone ClpB reactivates aggregated proteins in cooperation with the Hsp70 system. Essential for disaggregation, the ClpB middle domain (MD) is a coiled-coil propeller that binds Hsp70. Although the ClpB subunit structure is known, positioning of the MD in the hexamer and its mechanism of action are unclear. We obtained electron microscopy (EM) structures of the BAP variant of ClpB that binds the protease ClpP, clearly revealing MD density on the surface of the ClpB ring. Mutant analysis and asymmetric reconstructions show that MDs adopt diverse positions in a single ClpB hexamer. Adjacent, horizontally oriented MDs form head-to-tail contacts and repress ClpB activity by preventing Hsp70 interaction. Tilting of the MD breaks this contact, allowing Hsp70 binding, and releasing the contact in adjacent subunits. Our data suggest a wavelike activation of ClpB subunits around the ring.DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.02481.001. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 571.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 336.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 695.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 704.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 93.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 162 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2555MC ![]() 2556C ![]() 2557C ![]() 2558C ![]() 2559C ![]() 2560C ![]() 2561C ![]() 2562C ![]() 2563C ![]() 4ciuC ![]() 4d2uC ![]() 4d2xC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96835.086 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THE PROTEIN IS ENGINEERED TO BIND TO CLPP. / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: BAP FORM OF CLPB E432A REPRESSED MUTANT WITH ATPGS / タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.03 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: uranyl acetate |
試料支持 | 詳細: CARBON |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2011年6月6日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 68000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2 mm |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 110 |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: PHASE FLIPPING ENTIRE FRAME | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: ANGULAR RECONSTITUTION AND PROJECTION MATCHING / 解像度: 18 Å / 粒子像の数: 11570 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2555. (DEPOSITION ID: 12235). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 18 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 18 Å
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