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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4au6 | ||||||
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タイトル | Location of the dsRNA-dependent polymerase, VP1, in rotavirus particles | ||||||
要素 | RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / DSRNA-DEPENDENT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component => GO:0044423 / viral genome replication / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BOVINE ROTAVIRUS (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å | ||||||
データ登録者 | Estrozi, L.F. / Settembre, E.C. / Goret, G. / McClain, B. / Zhang, X. / Chen, J.Z. / Grigorieff, N. / Harrison, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2013 タイトル: Location of the dsRNA-dependent polymerase, VP1, in rotavirus particles. 著者: Leandro F Estrozi / Ethan C Settembre / Gaël Goret / Brian McClain / Xing Zhang / James Z Chen / Nikolaus Grigorieff / Stephen C Harrison / 要旨: Double-stranded RNA (dsRNA) viruses transcribe and replicate RNA within an assembled, inner capsid particle; only plus-sense mRNA emerges into the intracellular milieu. During infectious entry of a ...Double-stranded RNA (dsRNA) viruses transcribe and replicate RNA within an assembled, inner capsid particle; only plus-sense mRNA emerges into the intracellular milieu. During infectious entry of a rotavirus particle, the outer layer of its three-layer structure dissociates, delivering the inner double-layered particle (DLP) into the cytosol. DLP structures determined by X-ray crystallography and electron cryomicroscopy (cryoEM) show that the RNA coils uniformly into the particle interior, avoiding a "fivefold hub" of more structured density projecting inward from the VP2 shell of the DLP along each of the twelve 5-fold axes. Analysis of the X-ray crystallographic electron density map suggested that principal contributors to the hub are the N-terminal arms of VP2, but reexamination of the cryoEM map has shown that many features come from a molecule of VP1, randomly occupying five equivalent and partly overlapping positions. We confirm here that the electron density in the X-ray map leads to the same conclusion, and we describe the functional implications of the orientation and position of the polymerase. The exit channel for the nascent transcript directs the nascent transcript toward an opening along the 5-fold axis. The template strand enters from within the particle, and the dsRNA product of the initial replication step exits in a direction tangential to the inner surface of the VP2 shell, allowing it to coil optimally within the DLP. The polymerases of reoviruses appear to have similar positions and functional orientations. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4au6.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4au6.ent.gz | 875.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4au6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4au6_validation.pdf.gz | 950.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4au6_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4au6_validation.xml.gz | 652.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4au6_validation.cif.gz | 837.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/4au6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/4au6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 126324.484 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BOVINE ROTAVIRUS (ウイルス) / 参照: UniProt: B3IWN8*PLUS, RNA-directed RNA polymerase 配列の詳細 | THIS SEQUENCE IS FITTED FROM SIMIAN ROTAVIRUS, UNIPROT ID 10922 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ROTAVIRUS DLP / タイプ: VIRUS |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2007年6月1日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 56540 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 90 K / 傾斜角・最大: 0.001 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 386 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: INDIVIDUAL PARTICLE PHASE FLIPPING | |||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: SYMMETRY-ADAPTED FUNCTIONS / 解像度: 6 Å / 粒子像の数: 7000 / ピクセルサイズ(公称値): 1.18 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.23 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2100.(DEPOSITION ID: 10810). 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--URO REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY | |||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2R7O Accession code: 2R7O / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 6 Å | |||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 6 Å
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