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- PDB-4zur: Crystal structure of acetylpolyamine amidohydrolase from Mycoplan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zur
タイトルCrystal structure of acetylpolyamine amidohydrolase from Mycoplana ramosa in complex with a hydroxamate inhibitor
要素Acetylpolyamine aminohydrolase
キーワードHydrolase/Hydrolase inhibitor / acetylpolyamine amidohydrolase / arginase fold / enzyme-inhibitor complex / polyamine / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylspermidine deacetylase / acetylspermidine deacetylase activity / acetylputrescine deacetylase / acetylputrescine deacetylase activity / histone deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / epigenetic regulation of gene expression / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-amino-N-hydroxyheptanamide / : / AMMONIUM ION / Acetylpolyamine amidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplana ramosa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Decroos, C. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM49758 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Design, Synthesis, and Evaluation of Polyamine Deacetylase Inhibitors, and High-Resolution Crystal Structures of Their Complexes with Acetylpolyamine Amidohydrolase.
著者: Decroos, C. / Christianson, D.W.
履歴
登録2015年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylpolyamine aminohydrolase
B: Acetylpolyamine aminohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,58213
ポリマ－72,7402
非ポリマー84211
水18,9701053
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.990, 120.700, 64.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acetylpolyamine aminohydrolase


分子量: 36369.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycoplana ramosa (バクテリア) / 遺伝子: aphA, aph / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q48935

-
非ポリマー , 6種, 1064分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 化合物 ChemComp-7XA / 7-amino-N-hydroxyheptanamide


分子量: 160.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16N2O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1053 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M NH4Cl, 20% (w/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→22.8 Å / Num. obs: 248014 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.13→1.19 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXDEV_1833精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q9B

3q9b


解像度: 1.13→22.8 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 11.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.136 12379 4.99 %
Rwork0.114 --
obs0.115 247921 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.13→22.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5127 0 46 1053 6226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4347774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.452029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088822
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091046
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.132-1.14490.22533920.19347578X-RAY DIFFRACTION95
1.1449-1.15830.19223920.18247734X-RAY DIFFRACTION96
1.1583-1.17250.19983970.1697677X-RAY DIFFRACTION96
1.1725-1.18730.1944120.1577726X-RAY DIFFRACTION97
1.1873-1.20290.17584220.14547675X-RAY DIFFRACTION97
1.2029-1.21940.16833920.14027787X-RAY DIFFRACTION97
1.2194-1.23680.16684100.13497725X-RAY DIFFRACTION97
1.2368-1.25530.1524300.12737775X-RAY DIFFRACTION97
1.2553-1.27490.1494160.12467829X-RAY DIFFRACTION98
1.2749-1.29580.1434480.12057718X-RAY DIFFRACTION97
1.2958-1.31810.13993700.11587857X-RAY DIFFRACTION98
1.3181-1.34210.14024150.11227811X-RAY DIFFRACTION98
1.3421-1.36790.14673970.11117820X-RAY DIFFRACTION98
1.3679-1.39580.1363900.10897810X-RAY DIFFRACTION98
1.3958-1.42620.14244240.10447855X-RAY DIFFRACTION98
1.4262-1.45930.1283700.10267907X-RAY DIFFRACTION98
1.4593-1.49580.12754150.1017844X-RAY DIFFRACTION98
1.4958-1.53630.12374110.09387873X-RAY DIFFRACTION98
1.5363-1.58150.12184350.09177841X-RAY DIFFRACTION99
1.5815-1.63250.11814490.09287900X-RAY DIFFRACTION99
1.6325-1.69080.11374430.09277941X-RAY DIFFRACTION99
1.6908-1.75850.11383770.09558016X-RAY DIFFRACTION100
1.7585-1.83850.11984330.10027999X-RAY DIFFRACTION100
1.8385-1.93540.12034210.10928004X-RAY DIFFRACTION100
1.9354-2.05660.13474160.11418037X-RAY DIFFRACTION100
2.0566-2.21520.12394000.10988037X-RAY DIFFRACTION100
2.2152-2.43790.11894210.10778009X-RAY DIFFRACTION100
2.4379-2.79020.13114800.10978007X-RAY DIFFRACTION100
2.7902-3.51320.13733970.11698043X-RAY DIFFRACTION100
3.5132-22.80770.13614040.11937707X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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