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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zs0 | |||||||||
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タイトル | Human Aurora A catalytic domain bound to SB-6-OH | |||||||||
要素 | Aurora kinase AオーロラAキナーゼ | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Aurora (オーロラ) / kinase (キナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / 卵母細胞 / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / positive regulation of mitochondrial fission / spindle organization / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / positive regulation of mitotic nuclear division / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / ciliary basal body / negative regulation of protein binding / regulation of cytokinesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / regulation of protein stability / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / 紡錘体 / 動原体 / spindle / response to wounding / microtubule cytoskeleton / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / 微小管 / postsynaptic density / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Marcaida, M.J. / Kilchmann, F. / Schick, T. / Reymond, J.L. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016 タイトル: Discovery of a Selective Aurora A Kinase Inhibitor by Virtual Screening. 著者: Kilchmann, F. / Marcaida, M.J. / Kotak, S. / Schick, T. / Boss, S.D. / Awale, M. / Gonczy, P. / Reymond, J.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zs0.cif.gz | 121.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zs0.ent.gz | 94.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zs0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/4zs0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/4zs0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32948.781 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 122-403 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-4QV / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 4% v/v Tacsimate pH 8.0, 12% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→44.4 Å / Num. obs: 7543 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1OL5 解像度: 3→44.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 46.074 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.413 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 87.831 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3→44.4 Å
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拘束条件 |
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