PDB-4zec: PBP AccA from A. tumefaciens C58 in complex with agrocin 84

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zec

タイトル

PBP AccA from A. tumefaciens C58 in complex with agrocin 84

要素

ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A and B)

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / PBP / CLASS C

機能・相同性

機能・相同性情報

dipeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium fabrum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

El Sahili, A. / Morera, S.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
著者: El Sahili, A. / Li, S.Z. / Lang, J. / Virus, C. / Planamente, S. / Ahmar, M. / Guimaraes, B.G. / Aumont-Nicaise, M. / Vigouroux, A. / Soulere, L. / Reader, J. / Queneau, Y. / Faure, D. / Morera, S.

履歴

登録	2015年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月9日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 2.0	2021年2月10日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_PDB_caveat / diffrn / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_torsion / refine / refine_analyze / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_asym / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] ..._atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_database_status.deposit_site / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI / _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI / _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI / _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI / _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function / _refine_ls_restr.weight / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.R_factor_all / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.d_resolution_high / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.number_unique_obs / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id 解説: Ligand geometry 詳細: I have corrected the glucose geometry within the agrocin 84. Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zec.cif.gz	217.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zec.ent.gz	170.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zec_validation.pdf.gz	737.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zec_full_validation.pdf.gz	741.3 KB	表示
XML形式データ	4zec_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	4zec_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/4zec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/4zec	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ra1C 4ze8C 4ze9C 4zebC 4zedC 4zeiC 4zekC 4oup PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zek-d 4ze9-d 7c1u-d 5veu-6 6lu3-d 4k9w-3 6e4d-d 4ra1-d 5veu-10 5du9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A and B)

ヘテロ分子

57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.180, 114.170, 111.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-875- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A and B) / AccA 分子量: 55960.781 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-521 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア) 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: accA, Atu6139 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q52012

#1: タンパク質

ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A and B) / AccA

分子量: 55960.781 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-521 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: accA, Atu6139 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q52012

-
非ポリマー , 5種, 231分子

#2: 化合物	ChemComp-C84 / [(2R,3R,4S,5S,6R)-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl]oxy-N-[9-[(2R,3S,5R)-5-[[[(2R,3S)-4-methyl-2,3-bis(oxidanyl)pentanoyl]amino]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]purin-6-yl]phosphonamidic acid / Agrocin 84 (beta-D-glucopyranose form) 分子量: 688.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₄N₆O₁₆P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 20% PEG 4K, 0.2M ACNH4, 0.1M NA CITRATE PH 5.6 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K PH範囲: 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月17日
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.147→45 Å / Num. obs: 26755 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 36.95 Å² / R_sym value: 0.2 / Net I/σ(I): 8.24
反射シェル	解像度: 2.147→2.28 Å / Num. unique obs: 4191 / R_sym value: 1.04 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3 (6-FEB-2020)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OUP

4oup
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.15→42.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.285 / SU R_free Blow DPI: 0.206 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.205

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2388	1337	5 %	RANDOM
R_work	0.1918	-	-	-
obs	0.1941	26728	97.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.4262 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.5188 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.9074 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→42.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3945	0	70	225	4240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	4122	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.05	5595	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1405	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		683	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4122	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.82
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	12.01
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		522	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3592	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.17 Å / Total num. of bins used: 51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2508	-	5.05 %
R_work	0.3202	508	-
all	0.3168	535	-
obs	-	-	83.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -16.7464 Å / Origin y: -26.2935 Å / Origin z: 14.3506 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.2085 Å²	0.0187 Å²	-0.0133 Å²	-	-0.1238 Å²	-0.0275 Å²	-	-	-0.1433 Å²
L	1.1889 °²	0.2414 °²	-0.3112 °²	-	0.9385 °²	-0.18 °²	-	-	0.5864 °²
S	0.0336 Å °	0.0346 Å °	0.0232 Å °	0.065 Å °	0.0239 Å °	-0.0089 Å °	-0.0351 Å °	0.0657 Å °	-0.0575 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 231分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 231分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 231分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)