PDB-4z90: ELIC bound with the anesthetic isoflurane in the resting state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z90

タイトル

ELIC bound with the anesthetic isoflurane in the resting state

要素

Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ELIC / isoflurane / inhibition / anesthetics / resting state

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Dickeya dadantii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Chen, Q. / Kinde, M. / Arjunan, P. / Cohen, A. / Xu, Y. / Tang, P.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM056257	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM066358	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R37GM049202	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32GM075770	米国

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Direct Pore Binding as a Mechanism for Isoflurane Inhibition of the Pentameric Ligand-gated Ion Channel ELIC.
著者: Chen, Q. / Kinde, M.N. / Arjunan, P. / Wells, M.M. / Cohen, A.E. / Xu, Y. / Tang, P.

履歴

登録	2015年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z90.cif.gz	628.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z90.ent.gz	521 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z90.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z90_validation.pdf.gz	547.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z90_full_validation.pdf.gz	612.5 KB	表示
XML形式データ	4z90_validation.xml.gz	117.2 KB	表示
CIF形式データ	4z90_validation.cif.gz	158.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/4z90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/4z90	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z91C 3rquS 3rqw S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zkr-2 5sxv-2 2yoe-1 5sxu-2 5sxu-1 4twh-2 3uq7-2 4twh-1 6hk0-2 2yoe-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

B: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

C: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

D: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

E: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

F: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

G: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

H: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

I: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

J: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

ヘテロ分子

371 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

B: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

C: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

D: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

E: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
186 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

G: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

H: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

I: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

J: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
186 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.848, 267.079, 111.128
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1 分子量: 36879.000 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dickeya dadantii (strain 3937) (バクテリア) 株: 3937 / 遺伝子: Dda3937_00520 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0SJQ4
#2: 化合物	ChemComp-4LE / (2R)-2-chloro-2-(difluoromethoxy)-1,1,1-trifluoroethane / (R)-(-)-イソフルラン分子量: 184.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂ClF₅O
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: isoflurane, PEG 4000, ammonium sulfate, MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→39.63 Å / Num. obs: 117464 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.4 % / R_merge(I) obs: 0.251 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RQU

3rqu

解像度: 3→36.973 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2432	5880	5.02 %
R_work	0.209	-	-
obs	0.2107	117183	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→36.973 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25270	0	160	420	25850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	26106
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.328	35572
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.311	9444
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	3924
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	4520

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.0341	0.3865	164	0.3753	3528	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0341-3.0698	0.3757	193	0.3346	3715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0698-3.1072	0.3574	197	0.3131	3734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1072-3.1465	0.3528	201	0.3013	3669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1465-3.1879	0.3245	184	0.2902	3729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1879-3.2315	0.3003	229	0.2905	3678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2315-3.2777	0.3254	203	0.2897	3695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2777-3.3266	0.3165	193	0.2856	3724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3266-3.3785	0.3214	182	0.2774	3723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3785-3.4339	0.3061	193	0.2672	3713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4339-3.493	0.3127	195	0.2623	3744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.493-3.5565	0.3017	181	0.2693	3685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5565-3.6248	0.323	223	0.2544	3706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6248-3.6988	0.308	204	0.2493	3708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6988-3.7791	0.2655	179	0.2508	3720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7791-3.8669	0.2691	172	0.2255	3719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8669-3.9635	0.2669	225	0.2259	3702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9635-4.0706	0.2579	203	0.2168	3725	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0706-4.1902	0.2403	181	0.2044	3716	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1902-4.3252	0.2223	194	0.1929	3704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3252-4.4796	0.2132	198	0.1749	3730	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4796-4.6586	0.1802	220	0.1676	3701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6586-4.8702	0.205	171	0.1704	3724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8702-5.1263	0.2078	202	0.1759	3737	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1263-5.4466	0.2313	206	0.179	3715	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4466-5.8656	0.205	189	0.1787	3752	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8656-6.453	0.2179	191	0.1868	3709	X-RAY DIFFRACTION	100
6.453-7.3803	0.2479	203	0.1914	3735	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3803-9.2741	0.1752	200	0.1555	3750	X-RAY DIFFRACTION	100
9.2741-36.9762	0.2356	204	0.2058	3713	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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