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Yorodumi- PDB-4z3x: Active site complex BamBC of Benzoyl Coenzyme A reductase in comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z3x | ||||||
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Title | Active site complex BamBC of Benzoyl Coenzyme A reductase in complex with 1-Monoenoyl-CoA | ||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / aromatics / reductase / Benzoyl-CoA / anaerobic | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Geobacter metallireducens GS-15 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Weinert, T. / Kung, J.W. / Weidenweber, S. / Huwiler, S.G. / Boll, M. / Ermler, U. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2015 Title: Structural basis of enzymatic benzene ring reduction. Authors: Weinert, T. / Huwiler, S.G. / Kung, J.W. / Weidenweber, S. / Hellwig, P. / Stark, H.J. / Biskup, T. / Weber, S. / Cotelesage, J.J. / George, G.N. / Ermler, U. / Boll, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4z3x.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4z3x.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4z3x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4z3x_validation.pdf.gz | 4.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4z3x_full_validation.pdf.gz | 4.7 MB | Display | |
Data in XML | 4z3x_validation.xml.gz | 129.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4z3x_validation.cif.gz | 179.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3x | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4z3wC 4z3yC 4z3zC 4z40C 1aorS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
-Protein , 2 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 73895.477 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacter metallireducens GS-15 (bacteria) Gene: bamB-1, Gmet_2087 / Production host: Geobacter metallireducens GS-15 (bacteria) / References: UniProt: Q39TV8 #2: Protein | Mass: 20133.945 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacter metallireducens GS-15 (bacteria) Gene: bamC-1, Gmet_2086 / Production host: Geobacter metallireducens GS-15 (bacteria) / References: UniProt: Q39TV9 |
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-Non-polymers , 9 types, 1195 molecules
#3: Chemical | ChemComp-SF4 / #4: Chemical | ChemComp-MTE / #5: Chemical | ChemComp-W / #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-UNL / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-4KX / #10: Chemical | ChemComp-PG4 / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 8% PEG 4000, 0.2 M LiCl, 2 mM DTT, 0.2 M Tris pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1.25 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 28, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.25 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→88.071 Å / Num. all: 330481 / Num. obs: 306743 / % possible obs: 92.8 % / Redundancy: 2.6 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 5.46 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.96 Å / Redundancy: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 1.384 / Mean I/σ(I) obs: 0.47 / % possible all: 66.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1AOR Resolution: 1.85→88.071 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 30.26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→88.071 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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