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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ysx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mitochondrial rhodoquinol-fumarate reductase from Ascaris suum with the specific inhibitor NN23 | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / rhodoquinol-fumarate reductase / Complex II / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / protein insertion into mitochondrial inner membrane / succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / protein transmembrane transporter activity / ubiquinone binding / tricarboxylic acid cycle ...TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / protein insertion into mitochondrial inner membrane / succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / protein transmembrane transporter activity / ubiquinone binding / tricarboxylic acid cycle / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Harada, S. / Shiba, T. / Sato, D. / Yamamoto, A. / Nagahama, M. / Yone, A. / Inaoka, D.K. / Sakamoto, K. / Inoue, M. / Honma, T. / Kita, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into the Molecular Design of Flutolanil Derivatives Targeted for Fumarate Respiration of Parasite Mitochondria 著者: Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Sato, D. / Balogun, E.O. / Sasaki, T. / Nagahama, M. / Oda, M. / Matsuoka, S. / Ohmori, J. / Honma, T. / Inoue, M. / Kita, K. / Harada, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 487.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 389.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3abvC ![]() 3ae7C ![]() 3ae9C ![]() 3aeaC ![]() 4ysyC ![]() 4yszC ![]() 4yt0C ![]() 4ytmC ![]() 4ytpC ![]() 4yxdC ![]() 5c2tC ![]() 3vrbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 AECG
#1: タンパク質 | 分子量: 71392.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 21168.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-Succinate dehydrogenase [ubiquinone] ... , 2種, 4分子 BFDH
#2: タンパク質 | 分子量: 31673.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 17014.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 9種, 737分子 ![](data/chem/img/MLI.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/E23.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/EPH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/E23.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/EPH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: microdialysis / pH: 8.4 詳細: 15% (W/V) PEG 3350, 100MM TRIS-HCL, 200MM NACL, 1MM SODIUM MALONATE, 0.06% (W/V) C12E8, 0.04% (W/V) C12M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月11日 |
放射 | モノクロメーター: double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 166618 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 91.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3VRB 解像度: 2.25→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.422 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
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拘束条件 |
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