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- PDB-4yht: bRaf complexed with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yht
タイトルbRaf complexed with an inhibitor
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / kinase / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function ...CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / regulation of T cell differentiation / positive regulation of axonogenesis / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / face development / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / somatic stem cell population maintenance / synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to calcium ion / thymus development / animal organ morphogenesis / sperm end piece / RAF activation / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / cellular response to xenobiotic stimulus / centriolar satellite / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / long-term synaptic potentiation / T cell differentiation in thymus / MAPK cascade / regulation of cell population proliferation / T cell receptor signaling pathway / sperm principal piece / presynapse / cell body / sperm midpiece / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / protein phosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / neuron projection / postsynapse / cilium / ciliary basal body / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / : / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / : / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4EF / Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Shewchuk, L.M. / Lawhorn, B.G.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: GSK114: A selective inhibitor for elucidating the biological role of TNNI3K.
著者: Lawhorn, B.G. / Philp, J. / Graves, A.P. / Shewchuk, L. / Holt, D.A. / Gatto, G.J. / Kallander, L.S.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9876
ポリマ－61,9572
非ポリマー1,0304
水1,29772
1
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4943
ポリマ－30,9791
非ポリマー5152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4943
ポリマ－30,9791
非ポリマー5152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.783, 99.783, 161.504
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A448 - 626
2112B448 - 626
1122A626 - 630
2122B626 - 630
1132A631 - 661
2132B631 - 661
1142A663 - 719
2142B663 - 719
1151A2001
2151B2001

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.078417, -0.994866, -0.063966), (-0.994774, 0.073879, 0.070467), (-0.065379, 0.069157, -0.995461)-57.776951, -48.836781, -71.072197

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 30978.697 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 449-720 / 変異: I542T, I543N, I550T, L705T, L715T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-4EF / 3-[(5-chloro-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)amino]-N-methyl-4-(morpholin-4-yl)benzenesulfonamide


分子量: 422.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19ClN6O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.0, 650 mM NaCl, 3-6 % PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 16082 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Χ2: 1.401 / Net I/av σ(I): 16 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 139786
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.05-3.18.70.6927981.29199.9
3.1-3.168.90.67811.41100
3.16-3.228.70.5638001.396100
3.22-3.2990.4837761.427100
3.29-3.368.90.3948011.33299.8
3.36-3.438.80.3217921.323100
3.43-3.5290.2937871.40999.9
3.52-3.628.80.2377881.33299.9
3.62-3.728.80.1997941.41499.7
3.72-3.848.80.1797951.34599.6
3.84-3.988.80.1477941.32199.9
3.98-4.148.80.128011.30999.6
4.14-4.338.80.1028001.31299.6
4.33-4.568.70.18071.40499
4.56-4.848.70.0988011.47499.3
4.84-5.218.60.1088071.70399.1
5.21-5.748.60.1298071.78898.7
5.74-6.578.40.1128301.59198.5
6.57-8.278.10.068331.27197.5
8.27-5080.0388901.18196.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 3.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 30.849 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.381 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2329 806 5 %RANDOM
Rwork0.1986 ---
obs0.2003 15207 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 150.35 Å2 / Biso mean: 48.996 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å20 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---1.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4052 0 68 72 4192
Biso mean--38.41 29.37 -
残基数----514
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1731.9675693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4835508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.06424.033181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.51115727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3231523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6162.4142050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8143.6042552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7332.4582160
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1638MEDIUM POSITIONAL0.030.5
1664TIGHT THERMAL3.510.5
1638MEDIUM THERMAL4.082
213MEDIUM POSITIONAL0.030.5
212TIGHT THERMAL1.950.5
213MEDIUM THERMAL1.322
3130MEDIUM POSITIONAL0.040.5
3124TIGHT THERMAL1.410.5
3130MEDIUM THERMAL2.092
4210MEDIUM POSITIONAL0.040.5
4224TIGHT THERMAL1.790.5
4210MEDIUM THERMAL2.92
528TIGHT THERMAL3.290.5
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.131 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 63 -
Rwork0.252 1105 -
all-1168 -
obs--98.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25851.21050.75332.41521.62062.2727-0.12580.17420.021-0.07430.1412-0.1669-0.09220.0287-0.01540.2449-0.0225-0.01720.3368-0.04680.0456-9.423-22.849-28.297
21.77090.74661.49120.76530.27852.0023-0.03940.0189-0.0892-0.04390.1175-0.0121-0.06440.0418-0.0780.2994-0.032-0.00050.3363-0.05930.0229-32.473-43.187-44.04
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A448 - 2001
2X-RAY DIFFRACTION2B448 - 2001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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