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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xwa | ||||||
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タイトル | TMK from S.aureus in complex with the Piperidinyl Thymine class inhibitor with a C5 ethyl-amine | ||||||
要素 | Thymidylate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / TMK / kinase / antibacterial / piperidine / thymidine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å | ||||||
データ登録者 | Olivier, N.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg Med Chem Lett / 年: 2015 タイトル: A highly potent antibacterial inhibitor of Gram-positive bacterial thymidylate kinase (TMK): SAR of piperidinyl thymines at position C5 and L1 著者: Guler, S.Y. / Martinez-Botella, G. / Breen, J. / Kawatkar, S. / Loch, J. / Olivier, N.B. / Wang, H. / Keating, T. / Otterson, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xwa.cif.gz | 101.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xwa.ent.gz | 76.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xwa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xwa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23454.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu3 / ATCC 700698) (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: tmk, SAHV_0479 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A7WYM2, dTMP kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 % / 解説: bars |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: To obtain the inhibitor bound crystal form of TMK-S.aureus crystals were initially grown in the absence of compound using the sitting drop method at 293 K with a reservoir solution of 100 mM ...詳細: To obtain the inhibitor bound crystal form of TMK-S.aureus crystals were initially grown in the absence of compound using the sitting drop method at 293 K with a reservoir solution of 100 mM PCPT (propionate-cacodylate-bistris propane buffer) pH 7-8, 21-24% PEG 3350, 200 mM Mg2Cl using 1:1 protein:reservoir solution with the protein solution at 13 mg/mL. Crystals were harvested and soaked overnight in a solution containing 100 mM PCPT, 35% PEG 3350, 200 mM Mg2Cl and 1-2 mM TK-666 from a 100 mM DMSO stock. After soaking the crystals were cryoprotected by soaking for 15 minutes in compound-soak solution supplemented with 20% ethylene glycol. Cryoprotected crystals were mounted on nylon loops and flash-cooled in liquid nitrogen. PH範囲: 7-8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.887→33.831 Å / Num. all: 31072 / Num. obs: 31072 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 23.81 Å2 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.053 / Rsym value: 0.037 / Net I/av σ(I): 15.813 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 88375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: apo-state structure 解像度: 1.89→33.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9136 / SU R Cruickshank DPI: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.173 / SU Rfree Blow DPI: 0.149 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.148
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原子変位パラメータ | Biso max: 114.56 Å2 / Biso mean: 27.39 Å2 / Biso min: 9.27 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.228 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.89→33.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.89→1.95 Å / Total num. of bins used: 16
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