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- PDB-4xmb: Crystal structure of 2,2'-(naphthalene-1,4-diylbis(((4-methoxyphe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xmb
タイトルCrystal structure of 2,2'-(naphthalene-1,4-diylbis(((4-methoxyphenyl)sulfonyl)azanediyl))diacetamide bound to human Keap1 Kelch domain
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / nrf2 activators / cul3 / cullin3 / btb
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of response to oxidative stress / regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / cellular response to interleukin-4 / 封入体 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント ...negative regulation of response to oxidative stress / regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / cellular response to interleukin-4 / 封入体 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / 小胞体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif ...Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-41P / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.428 Å
データ登録者Luciano, J.P. / Ryuzoji, A.F. / Mesecar, A.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Walter Cancer Foundation - Purdue UniversityP30 CA023168 米国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Probing the structural requirements of non-electrophilic naphthalene-based Nrf2 activators.
著者: Jain, A.D. / Potteti, H. / Richardson, B.G. / Kingsley, L. / Luciano, J.P. / Ryuzoji, A.F. / Lee, H. / Krunic, A. / Mesecar, A.D. / Reddy, S.P. / Moore, T.W.
履歴
登録2015年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2672
ポリマ－31,6541
非ポリマー6131
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.470, 51.521, 67.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19 / Keap1


分子量: 31654.373 Da / 分子数: 1 / 断片: Kelch domain (UNP residues 321-609) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物 ChemComp-41P / 2,2'-(naphthalene-1,4-diylbis(((4-methoxyphenyl)sulfonyl)azanediyl))diacetamide


分子量: 612.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H28N4O8S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.42 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium chloride, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.547 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.547 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4275→32.971 Å / Num. obs: 9899 / % possible obs: 94.99 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4IN4

4in4


解像度: 2.428→27.771 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 940 10 %
Rwork0.1707 --
obs0.1765 9401 94.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.428→27.771 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2201 0 42 143 2386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6563143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.908840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4275-2.55540.30211300.20041176X-RAY DIFFRACTION92
2.5554-2.71540.25421340.20911203X-RAY DIFFRACTION96
2.7154-2.92490.29041360.19731214X-RAY DIFFRACTION96
2.9249-3.21880.26681340.20481205X-RAY DIFFRACTION95
3.2188-3.68370.19721320.15151191X-RAY DIFFRACTION95
3.6837-4.63750.1951330.13871199X-RAY DIFFRACTION93
4.6375-27.77290.20171410.16431273X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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